PDB-5c2i: Crystal structure of Anabaena sp. DyP-type peroxidese (AnaPX)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c2i

タイトル

Crystal structure of Anabaena sp. DyP-type peroxidese (AnaPX)

要素

Alr1585 protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DyP-type peroxidase / Dye-decolorizing peroxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxidase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nostoc sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Yoshida, T. / Amano, Y. / Tsuge, H. / Sugano, Y.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2016
タイトル: Anabaena sp. DyP-type peroxidase is a tetramer consisting of two asymmetric dimers.
著者: Yoshida, T. / Ogola, H.J. / Amano, Y. / Hisabori, T. / Ashida, H. / Sawa, Y. / Tsuge, H. / Sugano, Y.

履歴

登録	2015年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月19日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c2i.cif.gz	754.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c2i.ent.gz	626.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c2i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5c2i_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5c2i_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	5c2i_validation.xml.gz	74.7 KB	表示
CIF形式データ	5c2i_validation.cif.gz	105.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/5c2i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/5c2i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4g2cS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5vn5-1 3tos-6 6e6i-1 6e6i-2 3tty-1 5zfq-1 5e9a-1 4pay-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alr1585 protein

B: Alr1585 protein

C: Alr1585 protein

D: Alr1585 protein

ヘテロ分子

217 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.734, 132.601, 176.528
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 469 / Label seq-ID: 1 - 468

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Alr1585 protein 分子量: 53457.867 Da / 分子数: 4 / 変異: D204H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / UTEX 2576) (バクテリア) 株: PCC 7120 / UTEX 2576 / 遺伝子: alr1585 / プラスミド: pUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8YWM0

-
非ポリマー , 5種, 968分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 956 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月7日
放射	モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 207238 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.06882 / Net I/σ(I): 17.62
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.4 % / % possible all: 81.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP	11.1.03	位相決定
REFMAC	5.8.0107	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G2C

4g2c

解像度: 1.89→34.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / WR_factor R_free: 0.187 / WR_factor R_work: 0.171 / SU B: 4.957 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1993	9114	5 %	RANDOM
R_work	0.1808	172763	-	-
obs	0.1817	172799	91.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.04 Å² / B_iso mean: 29.286 Å² / B_iso min: 6.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.74 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.89→34.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14941	0	214	956	16111
B_iso mean	-	-	20.48	30.13	-
残基数	-	-	-	-	1850

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	15542
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	14507
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.453	1.962	21068
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.254	3	33348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.886	5	1843
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.475	24.689	821
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.612	15	2619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.997	15	96
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	2170
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	17952
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	3830
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.99	1.355	7394
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.99	1.355	7392
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.554	2.025	9229

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	28518	0.1
1	2	B	28518	0.1
2	1	A	28849	0.1
2	2	C	28849	0.1
3	1	A	29173	0.08
3	2	D	29173	0.08
4	1	B	29132	0.08
4	2	C	29132	0.08
5	1	B	28505	0.1
5	2	D	28505	0.1
6	1	C	28663	0.1
6	2	D	28663	0.1

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.89-1.939	0.26	624	0.249	11314	14482	82.433	0.212
1.939-1.992	0.254	592	0.244	11127	14147	82.837	0.203
1.992-2.05	0.244	578	0.22	10937	13718	83.941	0.185
2.05-2.113	0.225	536	0.213	10918	13421	85.344	0.181
2.113-2.182	0.233	586	0.201	10686	12928	87.191	0.168
2.182-2.258	0.229	562	0.196	10567	12546	88.706	0.166
2.258-2.343	0.218	568	0.195	10442	12118	90.857	0.158
2.343-2.439	0.232	538	0.193	10277	11653	92.809	0.158
2.439-2.547	0.209	549	0.187	10057	11256	94.225	0.155
2.547-2.671	0.201	516	0.19	9777	10703	96.169	0.159
2.671-2.815	0.209	477	0.187	9443	10235	96.922	0.163
2.815-2.985	0.207	472	0.182	9053	9689	98.307	0.165
2.985-3.19	0.209	460	0.184	8548	9101	98.978	0.171
3.19-3.445	0.198	392	0.179	8081	8528	99.355	0.175
3.445-3.772	0.185	377	0.181	7450	7863	99.542	0.184
3.772-4.214	0.167	387	0.154	6707	7126	99.551	0.162
4.214-4.86	0.155	326	0.139	5958	6326	99.336	0.153
4.86-5.939	0.187	237	0.169	5162	5410	99.797	0.187
5.939-8.34	0.174	212	0.158	4028	4259	99.554	0.178
8.34-50.005	0.176	125	0.187	2190	2522	91.792	0.219

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.747	0.2704	0.2415	0.8103	0.2953	0.8853	0.0384	-0.0477	-0.0485	0.0246	-0.0099	0.0132	-0.0135	-0.036	-0.0285	0.0637	-0.0125	-0.0019	0.0169	0.0138	0.075	-29.252	-19.386	-27.488
2	1.1681	0.1488	0.0017	0.8576	-0.0795	0.7595	0.0664	-0.0909	-0.0442	0.1192	-0.0644	-0.1734	-0.032	0.0818	-0.002	0.1262	-0.0068	-0.1084	0.0506	0.013	0.1958	13.508	-15.754	-12.527
3	0.8336	0.1329	0.0494	0.9192	-0.1296	0.6808	-0.0278	0.1115	-0.0385	-0.0713	-0.0106	-0.0016	0.056	0.0952	0.0383	0.1344	-0.0496	-0.0272	0.0976	0.0134	0.0428	-18.195	-2.866	-69.414
4	0.5187	0.0163	0.0414	1.098	-0.3666	1.0407	0.0172	0.0875	-0.0565	-0.1056	0.0319	-0.2631	0.07	0.0867	-0.0491	0.0735	0.01	0.0461	0.0983	-0.0076	0.2556	24.921	-6.394	-56.569

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 469
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 469
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 469
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 469

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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