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- PDB-5c1m: Crystal structure of active mu-opioid receptor bound to the agoni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c1m
タイトルCrystal structure of active mu-opioid receptor bound to the agonist BU72
要素
  • Mu-type opioid receptor
  • Nanobody 39
キーワードSignaling Protein/antagonist / Ligands / Mice / Agonists / Morphinans / Activation / Receptors / Opioid / mu / Nanobody / Signaling Protein-antagonist complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Opioid Signalling / Peptide ligand-binding receptors / beta-endorphin receptor activity / morphine receptor activity / negative regulation of Wnt protein secretion / G-protein activation / G protein-coupled opioid receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway ...Opioid Signalling / Peptide ligand-binding receptors / beta-endorphin receptor activity / morphine receptor activity / negative regulation of Wnt protein secretion / G-protein activation / G protein-coupled opioid receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of NMDA receptor activity / positive regulation of neurogenesis / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / transmission of nerve impulse / G-protein alpha-subunit binding / sensory perception of pain / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / locomotory behavior / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / GABA-ergic synapse / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / presynapse / perikaryon / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endosome / axon / dendrite / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mu opioid receptor / Opioid receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulins ...Mu opioid receptor / Opioid receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / PHOSPHATE ION / Chem-VF1 / Mu-type opioid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Huang, W.J. / Manglik, A. / Venkatakrishnan, A.J. / Laeremans, T. / Feinberg, E.N. / Sanborn, A.L. / Kato, H.E. / Livingston, K.E. / Thorsen, T.S. / Kling, R. ...Huang, W.J. / Manglik, A. / Venkatakrishnan, A.J. / Laeremans, T. / Feinberg, E.N. / Sanborn, A.L. / Kato, H.E. / Livingston, K.E. / Thorsen, T.S. / Kling, R. / Granier, S. / Gmeiner, P. / Husbands, S.M. / Traynor, J.R. / Weis, W.I. / Steyaert, J. / Dror, R.O. / Kobilka, B.K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R37DA036246 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM083118 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structural insights into mu-opioid receptor activation.
著者: Huang, W. / Manglik, A. / Venkatakrishnan, A.J. / Laeremans, T. / Feinberg, E.N. / Sanborn, A.L. / Kato, H.E. / Livingston, K.E. / Thorsen, T.S. / Kling, R.C. / Granier, S. / Gmeiner, P. / ...著者: Huang, W. / Manglik, A. / Venkatakrishnan, A.J. / Laeremans, T. / Feinberg, E.N. / Sanborn, A.L. / Kato, H.E. / Livingston, K.E. / Thorsen, T.S. / Kling, R.C. / Granier, S. / Gmeiner, P. / Husbands, S.M. / Traynor, J.R. / Weis, W.I. / Steyaert, J. / Dror, R.O. / Kobilka, B.K.
履歴
登録2015年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22015年8月26日Group: Data collection
改定 1.32015年9月2日Group: Database references
改定 1.42017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02021年2月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / cell / chem_comp / diffrn / entity / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen / symmetry
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _cell.volume / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_method_to_determine_struct / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_starting_model / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns.Rmerge_F_obs / _reflns.d_resolution_high / _reflns.d_resolution_low / _reflns.number_obs / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns.pdbx_chi_squared / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns.pdbx_number_measured_all / _reflns.pdbx_redundancy / _reflns.percent_possible_obs / _struct.pdbx_CASP_flag / _struct_asym.entity_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Chirality error / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mu-type opioid receptor
B: Nanobody 39
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5859
ポリマ－47,3972
非ポリマー2,1887
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.430, 144.000, 209.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Space group name HallI2b2c

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Mu-type opioid receptor / MOR-1


分子量: 33728.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Oprm1, Mor, Oprm
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P42866
#2: 抗体 Nanobody 39


分子量: 13668.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 101分子

#3: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-VF1 / (2R,3S,3aR,5aR,6R,11bR,11cS)-3a-methoxy-3,14-dimethyl-2-phenyl-2,3,3a,6,7,11c-hexahydro-1H-6,11b-(epiminoethano)-3,5a-methanonaphtho[2,1-g]indol-10-ol / BU72


分子量: 428.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H32N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.3 % / 解説: Cubic
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.5
詳細: Reconstituted in 10:1 monoolein:cholesterol mix. Precipitant solution:15-25% PEG300, 100 mM HEPES pH 7.0-7.5, 1% 1,2,3-heptanetriol, 0.5-1.0% Polypropylene glycol P 400, 100-300 mM (NH4)2HPO4
PH範囲: 7.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→43.47 Å / Num. obs: 41704 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 43.71 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.07→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 1.536 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2793 / CC1/2: 0.647

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DKL, 3P0G

4dkl

3p0g


解像度: 2.07→43.47 Å / SU ML: 0.2529 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.0482
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2291 2086 5 %
Rwork0.1989 39618 -
obs0.2004 41704 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→43.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3259 0 131 94 3484
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00363513
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.694790
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471560
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004571
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.261400
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.120.33531400.29312653X-RAY DIFFRACTION99.89
2.12-2.170.25851350.25992569X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.230.27291380.25092621X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.30.28561350.23182571X-RAY DIFFRACTION99.93
2.3-2.370.25161380.2232617X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.450.26231390.21152634X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.550.24251360.19662599X-RAY DIFFRACTION99.85
2.55-2.670.22251380.18632619X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.810.20231400.17762650X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.990.22521380.18832623X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.220.22771390.19452645X-RAY DIFFRACTION99.89
3.22-3.540.23711390.19992641X-RAY DIFFRACTION99.86
3.54-4.050.19911420.19112688X-RAY DIFFRACTION99.86
4.05-5.10.2211410.18582680X-RAY DIFFRACTION99.26
5.1-43.470.23471480.20272808X-RAY DIFFRACTION98.6
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00604086354219-0.01492473563160.005431120023110.0117167648675-0.000189576870435-0.003422268385420.3028195385330.3912921715820.406154199702-1.53154750424-0.894906307660.550663979088-0.8560998962570.08780869551410.5554290975441.414886429120.178108858543-0.2471319180770.9370108089760.1495168714391.02443212652-1.5890503248222.6057173756-71.1536083236
23.101288209480.327251323542.907701444973.21975343918-0.5687437186558.06689219649-0.539944543050.1772785332780.489539676193-0.0861036423436-0.0705511097321-0.0474634017038-1.304263760530.2894784039770.6761986959260.562816506393-0.0099419846014-0.0596473771890.260069283315-0.01984827568080.513996017406-2.2398118246130.2150869976-48.4469678677
31.382795030170.82035480804-0.9787997795212.68195906039-1.047989183054.00290503082-0.0633884243558-0.01641801385890.163100843386-0.06911087001660.087541693652-0.101725572909-0.4743058586910.04670621088460.005926078302110.319193556584-0.0253957424574-0.02134239124030.263012450571-0.01563661503230.3366806388353.0657057240516.6333010366-44.1704189494
42.753147055130.179612275352-1.197044264471.842513973470.0508245636938.979295213860.1032188053840.0509014336835-0.0446487352805-0.178378728637-0.0122203499469-0.242749700687-0.4123356361040.172383831498-0.03998923039530.286926485878-0.002803430294520.05328081900870.301450852808-0.04558129229750.43009909564710.871768851411.2197265159-49.9976111954
53.77099369029-0.197200198899-0.3743902901482.680068324280.7723286663731.84956555788-0.00202749626940.1045109303890.0362805336193-0.18011342379-0.1024742520530.025107317076-1.052953926950.2527754202850.09301228069110.537764137351-0.0555838608459-0.006180431499930.3388780915330.004554254912470.2828371649254.896933174277.5273770996-63.8303592011
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 52 through 64 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 65 through 95 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 96 through 180 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 181 through 211 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 212 through 241 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 242 through 267 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 268 through 311 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 312 through 347 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 3 through 9 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 10 through 19 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 20 through 30 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 31 through 39 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 40 through 51 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 52 through 73 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 74 through 83 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 84 through 127 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る