PDB-5c1f: Structure of the Imp2 F-BAR domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c1f

タイトル

Structure of the Imp2 F-BAR domain

要素

Septation protein imp2

キーワード

CELL CYCLE / Imp2 F-BAR Membrane binding

機能・相同性

機能・相同性情報

mitotic actomyosin contractile ring, proximal layer / Clathrin-mediated endocytosis / mitotic actomyosin contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring assembly / mitotic actomyosin contractile ring contraction / cytoskeletal protein-membrane anchor activity / actomyosin contractile ring / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / cell division site / phosphatidylserine binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3551 Å

データ登録者

Vander Kooi, C.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: The Tubulation Activity of a Fission Yeast F-BAR Protein Is Dispensable for Its Function in Cytokinesis.
著者: McDonald, N.A. / Takizawa, Y. / Feoktistova, A. / Xu, P. / Ohi, M.D. / Vander Kooi, C.W. / Gould, K.L.

履歴

登録	2015年6月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c1f.cif.gz	259.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c1f.ent.gz	210.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c1f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/5c1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/5c1f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4wpe-1 3edv-d 12260 5i6r-d 1ojw-d 494 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Septation protein imp2

B: Septation protein imp2

ヘテロ分子

72 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	187.337, 33.802, 120.765
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 122.54, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

Analytical ultracentrifugation, homology

#1: タンパク質	Septation protein imp2 分子量: 35957.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: imp2, SPBC11C11.02 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-2 / 参照: UniProt: Q10199
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.12 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 18% PEG 3350, 0.2 M AmFormate

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	22-BM	1	1
シンクロトロン	APS	22-ID	2	0.9792

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 225 mm CCD	1	CCD	2011年7月28日
MARMOSAIC 300 mm CCD	2	CCD	2011年8月17日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9792	1

反射

解像度: 2.35→20 Å / Num. obs: 26635 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 11.8

反射シェル

解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 88.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3551→19.968 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2391	1330	5 %
R_work	0.1904	-	-
obs	0.1929	26626	98.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3551→19.968 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4864	0	3	154	5021

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5030
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.531	6767
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.325	1910
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.02	715
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	881

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3551-2.4492	0.2568	120	0.2251	2424	X-RAY DIFFRACTION	85
2.4492-2.5605	0.2916	142	0.2312	2786	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5605-2.6952	0.2746	148	0.2228	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6952-2.8636	0.2862	133	0.2218	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8636-3.0839	0.2692	163	0.2248	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0839-3.3929	0.2539	154	0.2063	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3929-3.8807	0.2449	146	0.1804	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8807-4.8775	0.1968	148	0.157	2924	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8775-19.9689	0.2033	176	0.1597	2971	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3007	0.7163	1.7091	0.5434	0.7533	2.3803	0.0211	-0.1765	-0.1717	0.051	0.0264	-0.0683	0.0598	0.2349	-0.0517	0.2589	0.0099	0.0398	0.2597	0.031	0.216	56.6314	7.5824	22.8972
2	2.5253	0.0237	2.8657	1.2184	0.3401	6.659	-0.0295	0.1407	-0.1124	0.0775	-0.0197	0.2956	0.43	0.098	-0.075	0.3319	-0.0205	-0.0424	0.4466	0.0197	0.3268	89.2842	14.2926	61.7235
3	2.1579	0.4497	1.3565	0.4456	-0.4958	3.9313	-0.2236	0.4129	-0.0395	0.1823	-0.2047	-0.1266	-0.5808	0.9937	0.0341	0.3498	-0.0184	-0.0035	0.4329	0.0243	0.3261	97.5122	17.7846	73.2149
4	2.1837	0.4445	1.7311	0.3499	0.5404	2.5395	-0.236	0.2011	0.0998	-0.0907	0.0365	0.0765	-0.2012	0.2621	0.1181	0.1922	-0.0056	0.043	0.1442	0.0034	0.2203	41.5164	9.829	4.9098
5	0.7328	-0.7119	-0.4359	1.6718	-1.0048	2.3506	-0.0268	0.1602	-0.2821	0.0209	-0.2035	-0.4453	0.5458	-0.1287	-0.3232	1.2029	0.0184	0.0079	1.3529	-0.518	1.0386	-0.2921	-22.0235	-40.4451
6	2.3687	0.4362	1.9761	1.615	1.3556	5.7206	-0.4501	0.5425	0.0213	-0.6757	0.3344	0.1119	-0.6011	-0.2544	0.0447	0.3139	0.0158	-0.006	0.5117	-0.0703	0.4756	9.1471	-1.1496	-26.6539
7	2.185	0.7264	1.4677	0.7454	0.9771	2.5007	0.1722	-0.3653	-0.1758	0.155	-0.1842	0.1349	0.4656	-0.3783	0.0381	0.2789	-0.0327	0.0733	0.167	0.0274	0.2776	29.1816	1.3374	9.4744
8	1.2639	1.7996	0.6969	2.0048	0.8836	0.6973	0.2241	0.1848	-0.7414	-0.1392	0.0918	-0.7242	0.1765	0.0184	-0.1061	0.6796	-0.1569	-0.1059	0.6885	-0.2308	0.9429	-7.0529	-32.6901	-35.1097
9	3.0129	1.666	1.699	2.017	1.64	2.5431	0.05	0.0607	0.1297	0.0159	-0.2672	0.4813	0.2236	-0.6492	0.2081	0.3054	-0.076	0.0108	0.4003	-0.1195	0.495	2.0364	-9.097	-20.3554
10	2.574	0.4981	2.2541	0.5527	0.3748	1.7725	-0.2511	-0.5075	0.3277	0.0945	-0.0675	0.0587	-0.2173	-0.1275	0.1316	0.2549	0.0212	0.0219	0.4036	-0.057	0.2219	53.9561	20.2569	30.2243
11	1.2525	-0.3881	-1.1848	2.3339	0.1358	1.134	0.2581	-0.4955	0.1713	0.297	0.6076	-0.0054	0.3457	-0.377	-0.1311	1.1472	0.0471	0.0185	1.5021	-0.1764	0.7745	89.1443	26.4056	73.0567
12	3.3649	1.1027	1.9686	2.5045	2.1879	4.5266	-0.7059	-0.7182	0.4693	0.4836	0.052	-0.2068	-0.3644	0.3426	0.0722	0.9033	0.0688	-0.1861	0.7155	-0.0596	0.4953	78.3237	31.3226	49.6721

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 5:119)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 120:150)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 151:206)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 207:281)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 282:292)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 293:302)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 5:123)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 124:176)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 177:221)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 222:283)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 284:292)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 293:302)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)