PDB-5c0q: Crystal structure of Zn bound CbsA from Thermotoga neapolitana

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c0q

タイトル

Crystal structure of Zn bound CbsA from Thermotoga neapolitana

要素

Beta-N-acetylhexosaminidase

キーワード

HYDROLASE / cbsA / Thermotoga / thermostable enzyme / beta-N-acetylglucosaminidase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga neapolitana (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.499 Å

データ登録者

Ha, N.C. / Kim, J.S. / Yoon, B.Y.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of beta-N-acetylglucosaminidase CbsA from Thermotoga neapolitana
著者: Kim, J.S. / Yoon, B.Y. / Ahn, J. / Cha, J. / Ha, N.C.

履歴

登録	2015年6月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c0q.cif.gz	351.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c0q.ent.gz	296.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c0q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5c0q_validation.pdf.gz	467.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5c0q_full_validation.pdf.gz	497.7 KB	表示
XML形式データ	5c0q_validation.xml.gz	61.2 KB	表示
CIF形式データ	5c0q_validation.cif.gz	84.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/5c0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/5c0q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5bzaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5bza-1 3wo8-d 5bza-2 3uet-d 4gnx-1 1xla-d 3ues-d 1xlg-d 3mo4-d 1ff3-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-N-acetylhexosaminidase

B: Beta-N-acetylhexosaminidase

C: Beta-N-acetylhexosaminidase

D: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

213 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-N-acetylhexosaminidase

B: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Beta-N-acetylhexosaminidase

D: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.843, 158.843, 520.569
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	Beta-N-acetylhexosaminidase 分子量: 52637.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga neapolitana (バクテリア) 遺伝子: cbsA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AG27, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物	... ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.02 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.0 M sodium acetate, 0.05 M CdCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1.28248 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28248 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.499→20 Å / Num. obs: 169006 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.4 % / Net I/σ(I): 31

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

解像度: 2.499→19.966 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 24.19 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2425	3854	2.28 %
R_work	0.2006	-	-
obs	0.2016	168872	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.499→19.966 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14173	0	35	0	14208

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	14482
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.555	19543
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.082	5389
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	2153
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2536

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4994-2.5298	0.3232	140	0.2636	5875	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5298-2.5618	0.3398	137	0.2543	5902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5618-2.5954	0.2713	139	0.249	5895	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5954-2.6309	0.3219	135	0.2438	5877	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6309-2.6684	0.2864	134	0.2414	5845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6684-2.7081	0.3122	142	0.241	5919	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7081-2.7503	0.2553	134	0.2302	5884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7503-2.7953	0.2519	136	0.2332	5890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7953-2.8434	0.301	136	0.2382	5929	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8434-2.8949	0.2396	138	0.2361	5918	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8949-2.9504	0.2665	139	0.2312	5816	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9504-3.0105	0.2836	139	0.2266	5916	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0105-3.0757	0.2425	137	0.2298	5871	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0757-3.147	0.2571	141	0.2301	5889	X-RAY DIFFRACTION	100
3.147-3.2254	0.2966	138	0.2265	5901	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2254-3.3122	0.2665	138	0.2192	5941	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3122-3.4092	0.2697	131	0.2213	5852	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4092-3.5187	0.2718	141	0.2132	5918	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5187-3.6437	0.2019	133	0.1902	5867	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6437-3.7886	0.2537	140	0.1927	5954	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7886-3.9598	0.2007	140	0.1791	5901	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9598-4.1668	0.2271	140	0.1706	5881	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1668-4.4252	0.2316	140	0.1658	5890	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4252-4.7625	0.2202	131	0.1553	5897	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7625-5.234	0.1921	140	0.1603	5918	X-RAY DIFFRACTION	100
5.234-5.9735	0.1941	143	0.1814	5917	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9735-7.4602	0.2447	133	0.1958	5907	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4602-19.9667	0.1953	139	0.1748	5848	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)