[日本語] English
万見
- PDB-5c0k: Fragment-Based Drug Discovery Targeting Inhibitor of Apoptosis Pr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c0k
タイトルFragment-Based Drug Discovery Targeting Inhibitor of Apoptosis Proteins: Compound 3
要素E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
キーワードAPOPTOSIS / ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / copper ion homeostasis / regulation of BMP signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage ...regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / copper ion homeostasis / regulation of BMP signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of innate immune response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / protein K63-linked ubiquitination / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of type I interferon production / protein serine/threonine kinase binding / Regulation of PTEN localization / positive regulation of protein ubiquitination / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / positive regulation of JNK cascade / Regulation of TNFR1 signaling / RING-type E3 ubiquitin transferase / Regulation of necroptotic cell death / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of inflammatory response / neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of cell cycle / defense response to bacterium / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. ...XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4WK / E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chessari, G. / Buck, I.M. / Day, J.E.H. / Day, P.J. / Iqbal, A. / Johnson, C.N. / Lewis, E.J. / Martins, V. / Miller, D. / Reader, M. ...Chessari, G. / Buck, I.M. / Day, J.E.H. / Day, P.J. / Iqbal, A. / Johnson, C.N. / Lewis, E.J. / Martins, V. / Miller, D. / Reader, M. / Rees, D.C. / Rich, S.J. / Tamanini, E. / Vitorino, M. / Ward, G.A. / Williams, P.A. / Williams, G. / Wilsher, N.E. / Woolford, A.J.-A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Fragment-Based Drug Discovery Targeting Inhibitor of Apoptosis Proteins: Discovery of a Non-Alanine Lead Series with Dual Activity Against cIAP1 and XIAP.
著者: Chessari, G. / Buck, I.M. / Day, J.E. / Day, P.J. / Iqbal, A. / Johnson, C.N. / Lewis, E.J. / Martins, V. / Miller, D. / Reader, M. / Rees, D.C. / Rich, S.J. / Tamanini, E. / Vitorino, M. / ...著者: Chessari, G. / Buck, I.M. / Day, J.E. / Day, P.J. / Iqbal, A. / Johnson, C.N. / Lewis, E.J. / Martins, V. / Miller, D. / Reader, M. / Rees, D.C. / Rich, S.J. / Tamanini, E. / Vitorino, M. / Ward, G.A. / Williams, P.A. / Williams, G. / Wilsher, N.E. / Woolford, A.J.
履歴
登録2015年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0645
ポリマ－12,6861
非ポリマー3784
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area180 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area6350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.430, 71.430, 104.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-604-

HOH

21A-605-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase XIAP / Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / IAP-like protein / hILP / Inhibitor of apoptosis ...Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / IAP-like protein / hILP / Inhibitor of apoptosis protein 3 / hIAP3 / X-linked inhibitor of apoptosis protein / X-linked IAP


分子量: 12686.206 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 249-354 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Image clone / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XIAP, API3, BIRC4, IAP3 / プラスミド: pET 28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P98170, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-4WK / (2S)-1-{[(2S)-1-amino-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]amino}-1-oxopropan-2-aminium


分子量: 188.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / Density meas: 1.35 Mg/m3 / 溶媒含有率: 47 % / 解説: Blocks
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 3.9M NaCl, 0.1M HEPES/NaOH pH=7.5 / PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→27.29 Å / Num. all: 14177 / Num. obs: 14177 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.58 % / Biso Wilson estimate: 60.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OPY

2opy


解像度: 2.2→27.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9484 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9397 / SU R Cruickshank DPI: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.156 / SU Rfree Blow DPI: 0.141 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.131
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2239 767 5.41 %RANDOM
Rwork0.2016 ---
obs0.2028 14177 98.47 %-
原子変位パラメータBiso mean: 62.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3183 Å20 Å20 Å2
2---2.3183 Å20 Å2
3---4.6366 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.289 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→27.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数847 0 22 126 995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012911HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.041245HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d298SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes24HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes135HARMONIC16
X-RAY DIFFRACTIONt_it911HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion5.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.79
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion106SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1129SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.38 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2891 142 4.95 %
Rwork0.2482 2729 -
all0.25 2871 -
obs--99.14 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.073 Å / Origin y: -29.2196 Å / Origin z: -4.1285 Å
111213212223313233
T-0.1532 Å2-0.0203 Å2-0.035 Å2--0.0668 Å2-0.0839 Å2---0.1346 Å2
L4.4069 °2-0.6779 °20.076 °2-0.9254 °2-1.2092 °2--1.2816 °2
S0.1697 Å °-0.3399 Å °0.0073 Å °0.0686 Å °-0.0489 Å °-0.0639 Å °0.0722 Å °0.0535 Å °-0.1209 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|249 - A|352 }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る