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- PDB-5c00: MdbA protein, a thiol-disulfide oxidoreductase from Corynebacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c00
タイトルMdbA protein, a thiol-disulfide oxidoreductase from Corynebacterium diphtheriae
要素MdbA protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / MdbA / dip1880 / thiol-disulfide oxidoreductase / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology
機能・相同性Thioredoxin / Thioredoxin-like fold / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / membrane / Alpha Beta / Exported protein
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者OSIPIUK, J. / REARDON-ROBINSON, M.E. / TON-THAT, H. / JOACHIMIAK, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE025015 米国
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2015
タイトル: A thiol-disulfide oxidoreductase of the Gram-positive pathogen Corynebacterium diphtheriae is essential for viability, pilus assembly, toxin production and virulence.
著者: Reardon-Robinson, M.E. / Osipiuk, J. / Jooya, N. / Chang, C. / Joachimiak, A. / Das, A. / Ton-That, H.
履歴
登録2015年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22016年1月27日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MdbA protein
B: MdbA protein
C: MdbA protein
D: MdbA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,1874
ポリマ－91,1874
非ポリマー00
水7,170398
1
A: MdbA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7971
ポリマ－22,7971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MdbA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7971
ポリマ－22,7971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: MdbA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7971
ポリマ－22,7971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: MdbA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7971
ポリマ－22,7971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.532, 76.621, 72.586
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.170, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
MdbA protein


分子量: 22796.859 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 40-244 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (strain ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis) (ジフテリア菌)
株: ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis / 遺伝子: DIP1880 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6NFK7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.05 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 4.3 % w/v PEG 2000, 50 mM Tris pH 8.0, 28.6 % v/v PEG 550 MME, microseeding

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月30日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. all: 65737 / Num. obs: 65737 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 2.007 / Net I/av σ(I): 29.901 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 318208
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.77-1.840.6172.0232430.7520.3510.7130.75699.4
1.8-1.834.40.5232640.8540.2790.5920.785100
1.83-1.874.90.48933120.8840.2450.5480.848100
1.87-1.9150.39632670.9450.1960.4430.847100
1.91-1.9550.33332420.9380.1640.3720.905100
1.95-1.9950.27132980.9630.1350.3040.967100
1.99-2.0450.22432770.9720.1110.251.037100
2.04-2.150.18332680.9790.090.2051.134100
2.1-2.1650.15432920.9850.0750.1721.285100
2.16-2.2350.13732590.9860.0680.1531.441100
2.23-2.3150.11832880.9890.0580.1321.599100
2.31-2.450.10932760.9910.0540.1221.677100
2.4-2.5150.09933010.9920.0490.111.81100
2.51-2.6450.09132900.9930.0450.1012.158100
2.64-2.8150.08432880.9930.0410.0942.486100
2.81-3.034.90.07632780.9940.0380.0853.017100
3.03-3.334.80.06933030.9950.0350.0783.75199.9
3.33-3.814.70.06233220.9950.0320.0694.36799.9
3.81-4.84.70.05133070.9970.0260.0584.12599.9
4.8-504.70.04933620.9970.0250.0555.07899

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.77→34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 5.996 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2098 3299 5 %RANDOM
Rwork0.1619 ---
obs0.1642 62417 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.53 Å2 / Biso mean: 33.462 Å2 / Biso min: 14.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å2-0 Å2-0.52 Å2
2--2.4 Å20 Å2
3----1.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6109 0 0 399 6508
Biso mean---35.08 -
残基数----792
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.026508
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026086
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5031.9518830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.812314158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4655877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.17226.055327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.618151158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2471524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2940
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027630
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3731.9253256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3731.9253255
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0872.8784086
LS精密化 シェル解像度: 1.769→1.815 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 244 -
Rwork0.269 4531 -
all-4775 -
obs--98.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1542-0.46030.15910.280.020.8174-0.0153-0.015-0.10.02580.01690.0266-0.0396-0.0305-0.00160.0206-0.00080.00350.00670.00310.088247.489531.724656.1333
20.85370.0512-0.06310.2191-0.13750.8036-0.02660.0835-0.0115-0.01830.0026-0.05390.0267-0.05640.0240.0328-0.00320.0230.012-0.00180.082416.828546.913548.0067
30.81770.50320.16821.8014-1.09794.3216-0.07060.19420.2203-0.14510.07220.1689-0.42180.4172-0.00160.0943-0.0582-0.01040.12240.01860.100842.168745.532322.1542
41.3821-0.00740.37212.03340.00094.12760.0472-0.2815-0.28190.4791-0.03180.09640.5645-0.2316-0.01540.2281-0.0316-0.00230.12080.04070.141312.043133.65419.4593
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A43 - 244
2X-RAY DIFFRACTION2B43 - 244
3X-RAY DIFFRACTION3C47 - 243
4X-RAY DIFFRACTION4D49 - 239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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