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- PDB-5bzx: Crystal structure of human phosphatase PTEN treated with a bisper... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bzx
タイトルCrystal structure of human phosphatase PTEN treated with a bisperoxovanadium complex
要素Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN
キーワードHYDROLASE / phosphatase / C2 domain / disulfide / oxidized / vanadate
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate 3-phosphatase activity / PTEN Loss of Function in Cancer / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase / regulation of cellular component size / negative regulation of keratinocyte migration / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate 3-phosphatase activity / negative regulation of synaptic vesicle clustering / phosphatidylinositol phosphate phosphatase activity / rhythmic synaptic transmission / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 3-phosphatase activity ...inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate 3-phosphatase activity / PTEN Loss of Function in Cancer / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase / regulation of cellular component size / negative regulation of keratinocyte migration / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate 3-phosphatase activity / negative regulation of synaptic vesicle clustering / phosphatidylinositol phosphate phosphatase activity / rhythmic synaptic transmission / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 3-phosphatase activity / central nervous system myelin maintenance / negative regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / phosphatidylinositol-3-phosphate phosphatase activity / central nervous system neuron axonogenesis / postsynaptic density assembly / neuron-neuron synaptic transmission / negative regulation of dendritic spine morphogenesis / Regulation of PTEN mRNA translation / synapse maturation / presynaptic membrane assembly / Negative regulation of the PI3K/AKT network / cellular response to electrical stimulus / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / negative regulation of axonogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / myelin sheath adaxonal region / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase activity / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / negative regulation of organ growth / forebrain morphogenesis / negative regulation of focal adhesion assembly / Schmidt-Lanterman incisure / anaphase-promoting complex binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / phosphatidylinositol dephosphorylation / dentate gyrus development / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / spindle assembly involved in female meiosis / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of cell size / phosphatidylinositol biosynthetic process / dendritic spine morphogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / brain morphogenesis / regulation of neuron projection development / myosin phosphatase activity / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / protein serine/threonine phosphatase activity / molecular function inhibitor activity / protein-serine/threonine phosphatase / ubiquitin-specific protease binding / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / locomotor rhythm / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / negative regulation of cellular senescence / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / phosphoprotein phosphatase activity / social behavior / localization / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / canonical Wnt signaling pathway / prepulse inhibition / multicellular organismal response to stress / synapse assembly / Regulation of PTEN localization / protein dephosphorylation / negative regulation of cell migration / protein-tyrosine-phosphatase / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of protein phosphorylation / protein tyrosine phosphatase activity / locomotory behavior / central nervous system development / cell projection / PDZ domain binding / cell motility / TP53 Regulates Metabolic Genes / regulation of protein stability / cytoplasmic side of plasma membrane / PML body / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Regulation of PTEN stability and activity / Ovarian tumor domain proteases / cell migration / Downstream TCR signaling / negative regulation of neuron projection development / heart development / dendritic spine / postsynaptic density / learning or memory / protein stabilization / Ub-specific processing proteases / neuron projection / apical plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / lipid binding
類似検索 - 分子機能
PTEN, phosphatase domain / Bifunctional phosphatidylinositol trisphosphate phosphatase/dual specificity phosphatase PTEN / Inositol hexakisphosphate / Immunoglobulin-like - #1110 / Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein ...PTEN, phosphatase domain / Bifunctional phosphatidylinositol trisphosphate phosphatase/dual specificity phosphatase PTEN / Inositol hexakisphosphate / Immunoglobulin-like - #1110 / Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / C2 domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / VANADATE ION / Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lee, C.-U. / Bier, D. / Hennig, S. / Grossmann, T.N.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationGR3592/2-1 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Redox Modulation of PTEN Phosphatase Activity by Hydrogen Peroxide and Bisperoxidovanadium Complexes.
著者: Lee, C.U. / Hahne, G. / Hanske, J. / Bange, T. / Bier, D. / Rademacher, C. / Hennig, S. / Grossmann, T.N.
履歴
登録2015年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月11日Group: Database references
改定 2.02024年1月10日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN
B: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN
C: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN
D: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,9119
ポリマ－149,2314
非ポリマー6805
水15,853880
1
A: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4232
ポリマ－37,3081
非ポリマー1151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4582
ポリマ－37,3081
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5733
ポリマ－37,3081
非ポリマー2652
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4582
ポリマ－37,3081
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.060, 206.900, 87.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-510-

HOH

21A-522-

HOH

31A-624-

HOH

41C-620-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN / Mutated in multiple advanced cancers 1 / Phosphatase and tensin homolog


分子量: 37307.805 Da / 分子数: 4 / 断片: PTEN wt 7-353 delta 286-309 / 変異: Deletion 286-309 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTEN, MMAC1, TEP1 / プラスミド: pFH1
詳細 (発現宿主): Bacmid DNA derived from pFH1 transformed in DH10Bac E. coli
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P60484, protein-serine/threonine phosphatase, protein-tyrosine-phosphatase, phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 880 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 1.25 M L-tartrat, 7.5% glycerol / PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.77119 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月12日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.77119 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.501
11K, H, -L20.499
反射解像度: 2.5→46.293 Å / Num. obs: 65393 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.91 % / Biso Wilson estimate: 56.698 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 17.43 / Num. measured all: 843899
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.5-2.60.7311.5521.5387652714771451.619100
2.6-2.70.8511.12.2577080614461421.147100
2.7-2.80.9210.8193.0467403534153410.854100
2.8-2.90.960.5764.3458498459145900.6100
2.9-30.9780.4245.7149248404940490.442100
3-3.10.980.3796.5642575349734960.396100
3.1-40.9980.1318.5124842618312183110.135100
4-60.9990.05539.8614957111341113410.057100
6-80.9990.05139.7335011283328320.054100
8-1010.03457.6913692102410240.036100
10-1510.03565.55107157787780.036100
15-2010.03959.4324761921920.041100
2010.03552.5115521671520.03791

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7 Å46.29 Å
Translation7 Å46.29 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1d5r

1d5r


解像度: 2.5→46.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / WRfactor Rfree: 0.1852 / WRfactor Rwork: 0.1601 / FOM work R set: 0.8448 / SU B: 4.673 / SU ML: 0.111 / SU R Cruickshank DPI: 0.0763 / SU Rfree: 0.0467 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2037 3297 5 %RANDOM
Rwork0.1752 ---
obs0.1767 62095 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 146.99 Å2 / Biso mean: 59.842 Å2 / Biso min: 29.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--33.11 Å20 Å20 Å2
2---30.39 Å20 Å2
3---63.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→46.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10310 0 40 880 11230
Biso mean--55.13 57.52 -
残基数----1256
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01910650
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.029820
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5381.95214409
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.451322568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.4651252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.76223.499543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.237151772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5341562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02112052
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022672
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.556.1095020
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5496.1085019
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.6669.1636268
LS精密化 シェル解像度: 2.498→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 231 -
Rwork0.342 4369 -
all-4600 -
obs--96.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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