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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5bzm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the murine cd44 hyaluronan binding domain complex with a small molecule | ||||||
![]() | CD44 antigen | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / Link module | ||||||
機能・相同性 | ![]() Hyaluronan uptake and degradation / hyaluronic acid binding / macrophage fusion / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / negative regulation of regulatory T cell differentiation / Degradation of the extracellular matrix / regulation of lamellipodium morphogenesis / Cell surface interactions at the vascular wall / Integrin cell surface interactions / hyaluronan catabolic process ...Hyaluronan uptake and degradation / hyaluronic acid binding / macrophage fusion / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / negative regulation of regulatory T cell differentiation / Degradation of the extracellular matrix / regulation of lamellipodium morphogenesis / Cell surface interactions at the vascular wall / Integrin cell surface interactions / hyaluronan catabolic process / wound healing involved in inflammatory response / positive regulation of adaptive immune response / positive regulation of neutrophil apoptotic process / branching involved in prostate gland morphogenesis / type II transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of mature B cell apoptotic process / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / channel regulator activity / cargo receptor activity / wound healing, spreading of cells / cytokine receptor activity / branching involved in ureteric bud morphogenesis / epidermal growth factor receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / microvillus / lamellipodium membrane / Neutrophil degranulation / receptor-mediated endocytosis / cell projection / regulation of cell growth / phosphoprotein binding / Wnt signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / neuron projection development / cell migration / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / basolateral plasma membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / inflammatory response / membrane raft / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / cell surface / protein-containing complex / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, L.K. / Finzel, B.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the murine cd44 hyaluronan binding domain complex with a small molecule 著者: Liu, L.K. / Finzel, B.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 43.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 753.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 754.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5bzcC ![]() 5bzeC ![]() 5bzfC ![]() 5bzgC ![]() 5bzhC ![]() 5bziC ![]() 5bzjC ![]() 5bzkC ![]() 5bzlC ![]() 5bznC ![]() 5bzoC ![]() 5bzpC ![]() 5bzqC ![]() 5bzrC ![]() 5bzsC ![]() 5bztC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16855.803 Da / 分子数: 1 / 断片: HYALURONAN BINDING DOMAIN, RESIDUES 21-171 / 変異: H23M; Q24N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-4X8 / |
#3: 化合物 | ChemComp-DMS / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.35 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG MME 5000, MES, (NH4)2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月15日 | ||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.25→40.758 Å / Num. obs: 36505 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 119038 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 40.61 Å2 / Biso mean: 13.516 Å2 / Biso min: 4.63 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.25→40.758 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.249→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
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