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- PDB-5byz: ERK5 in complex with small molecule -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5byz
タイトルERK5 in complex with small molecule
要素Mitogen-activated protein kinase 7
キーワードTRANSFERASE / ERk5 / kinase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Signalling to ERK5 / negative regulation of response to cytokine stimulus / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / calcineurin-NFAT signaling cascade / cellular response to laminar fluid shear stress / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / ERKs are inactivated / enzyme inhibitor activity / mitogen-activated protein kinase binding / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade ...Signalling to ERK5 / negative regulation of response to cytokine stimulus / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / calcineurin-NFAT signaling cascade / cellular response to laminar fluid shear stress / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / ERKs are inactivated / enzyme inhibitor activity / mitogen-activated protein kinase binding / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / ERK/MAPK targets / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / RET signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase / regulation of angiogenesis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of protein metabolic process / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / PML body / cellular response to growth factor stimulus / negative regulation of inflammatory response / cellular response to hydrogen peroxide / MAPK cascade / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / cell differentiation / intracellular signal transduction / cell cycle / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4WE / Mitogen-activated protein kinase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Chen, H. / Tucker, J. / Wang, X. / Gavine, P.R. / Philips, C. / Augustin, M.A. / Schreiner, P. / Steinbacher, S. / Preston, M. / Ogg, D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Discovery of a novel allosteric inhibitor-binding site in ERK5: comparison with the canonical kinase hinge ATP-binding site.
著者: Chen, H. / Tucker, J. / Wang, X. / Gavine, P.R. / Phillips, C. / Augustin, M.A. / Schreiner, P. / Steinbacher, S. / Preston, M. / Ogg, D.
履歴
登録2015年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8458
ポリマ－39,8271
非ポリマー1,0187
水6,053336
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area16760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.401, 93.401, 116.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 7 / MAPK 7 / Big MAP kinase 1 / BMK-1 / Extracellular signal-regulated kinase 5 / ERK-5


分子量: 39826.855 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, unp residues 48-395 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK7, BMK1, ERK5, PRKM7
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13164, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-4WE / 4-({5-fluoro-4-[2-methyl-1-(propan-2-yl)-1H-imidazol-5-yl]pyrimidin-2-yl}amino)-N-[2-(piperidin-1-yl)ethyl]benzamide


分子量: 465.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H32FN7O
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 11 % PEG4000 0.01 M MgCl2 0.18 M Na-Formiate 0.10 M MES, pH=6.50 0.01 M Tris/Cl, pH=8.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→72.82 Å / Num. obs: 62385 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 24.22
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→72.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 3.585 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19225 3506 5.6 %RANDOM
Rwork0.17367 ---
obs0.1747 58548 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.515 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å20 Å20 Å2
2--0.88 Å20 Å2
3----1.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→72.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2804 0 70 336 3210
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223084
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022166
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2031.984187
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99435238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2895377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.54222.797143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.01415518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9341528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2445
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213445
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02657
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.20321843
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3582728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9832997
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.85441241
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.35961190
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 272 -
Rwork0.25 4231 -
obs--98.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3859-0.5041-0.57441.99620.44841.66580.02080.13220.0536-0.0686-0.01540.1664-0.1219-0.3329-0.00540.03810.0305-0.01170.11410.0230.0693-7.585-34.298-15.307
21.32430.1264-0.07241.20250.16952.92410.0748-0.15790.09440.1238-0.0028-0.0135-0.20570.2815-0.0720.0434-0.04330.00160.0653-0.01380.062816.696-33.094-1.581
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 139
2X-RAY DIFFRACTION1A365 - 422
3X-RAY DIFFRACTION2A140 - 364

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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