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- PDB-5byn: Canavalia maritima lectin complexed with synthetic selenoamino acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5byn
タイトルCanavalia maritima lectin complexed with synthetic selenoamino acid
要素Concanavalin-A
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Lectin (レクチン) / seleno amiinoacid
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4WM / : / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Concanavalin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia lineata (ハマナタマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.651 Å
データ登録者Nobrega, R.B. / Silva-Filho, J.C. / Kawasoko, C.Y. / Rodrigues, O.E.D. / Schwab, R.S. / Braga, A.L. / Delatorre, P. / Cavada, B.S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Canavalia maritima lectin complexed with synthetic selenoamino acid
著者: Nobrega, R.B. / Silva-Filho, J.C. / Kawasoko, C.Y. / Rodrigues, O.E.D. / Schwab, R.S. / Braga, A.L. / Delatorre, P. / Cavada, B.S.
履歴
登録2015年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Concanavalin-A
B: Concanavalin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,39813
ポリマ－51,0422
非ポリマー1,35611
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area17990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)190.640, 190.640, 190.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number196
Space group name H-MF23

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Concanavalin-A / Con A


分子量: 25521.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia lineata (ハマナタマメ) / 参照: UniProt: P81460

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非ポリマー , 7種, 76分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-4WM / (4R)-4-{[(S)-tert-butoxy(hydroxy)methyl]amino}-5-[(1S)-cyclohex-2-en-1-ylselanyl]pentane-1,1-diol


分子量: 380.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H31NO4Se
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Hepes-Na, ammonium sulfate, PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.42 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.42 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.912
11-H, L, K20.088
反射解像度: 2.651→110.066 Å / Num. all: 16760 / Num. obs: 16760 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.126 / Rsym value: 0.117 / Net I/av σ(I): 3.497 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 110321
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.65-2.795.60.33621358424310.1530.3363.999.9
2.79-2.966.10.2562.41375222670.1130.2565.4100
2.96-3.176.50.1833.21424021800.0770.1837.6100
3.17-3.426.90.1413.41389420240.0580.1419.8100
3.42-3.7570.1134.51299818610.0460.11311.7100
3.75-4.1970.1024.81191516920.0410.10213100
4.19-4.8470.1074.71049414900.0430.10714.6100
4.84-5.9370.1114.5888112680.0440.11114.4100
5.93-8.3870.0945.169749970.0380.09414.2100
8.38-38.9146.50.0944.435895500.0410.09414.597

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.651→38.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / WRfactor Rfree: 0.2988 / WRfactor Rwork: 0.2196 / FOM work R set: 0.7795 / SU B: 23.033 / SU ML: 0.223 / SU R Cruickshank DPI: 0.0624 / SU Rfree: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2779 858 5.1 %RANDOM
Rwork0.2039 ---
obs0.2075 15900 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.58 Å2 / Biso mean: 42.582 Å2 / Biso min: 26.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.75 Å218.28 Å2-4.62 Å2
2--21.51 Å2-7.69 Å2
3----13.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.651→38.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3589 0 68 65 3722
Biso mean--39.35 33.48 -
残基数----472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0193744
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023482
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8271.9515092
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.29438030
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.795471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.224.808156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.88715570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4341512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2587
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02844
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1752.5561891
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1752.5561890
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5643.8392358
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.45337221
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.031527
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.46257194
LS精密化 シェル解像度: 2.651→2.72 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.45 55 -
Rwork0.279 1194 -
all-1249 -
obs--99.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.299-0.3404-1.22571.95840.0023.04540.16390.27510.2306-0.0660.00620.0355-0.224-0.3074-0.17020.14390.01690.07350.04750.03060.058149.93513.51430.312
22.71270.234-0.63591.8693-0.32813.4106-0.176-0.2523-0.2932-0.02930.0183-0.12680.2520.2720.15760.06030.03250.07220.03930.03310.103264.753-13.4745.317
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 237
2X-RAY DIFFRACTION1A301 - 303
3X-RAY DIFFRACTION1B301
4X-RAY DIFFRACTION2B1 - 237
5X-RAY DIFFRACTION2A306
6X-RAY DIFFRACTION2B302 - 303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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