PDB-5byc: Crystal structure of human ribokinase in C2 spacegroup

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5byc

タイトル

Crystal structure of human ribokinase in C2 spacegroup

要素

Ribokinase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

ribokinase / ribokinase activity / Pentose phosphate pathway / D-ribose catabolic process / pentose-phosphate shunt / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Park, J. / Chakrabarti, J. / Singh, B. / Gupta, R.S. / Junop, M.S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of unliganded human ribokinase in C2 spacegroup
著者: Park, J. / Chakrabarti, J. / Singh, B. / Gupta, R.S. / Junop, M.S.

履歴

登録	2015年6月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月26日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5byc.cif.gz	259.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5byc.ent.gz	210.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5byc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/5byc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/5byc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fv7S 5byd 5bye 5byf S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5bye-d 5c3y-2 2jgv-1 5c3y-3 5byd-d 2c4e-1 7c1z-d 5jmd-d 6w0n-d 5c3y-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribokinase

B: Ribokinase

ヘテロ分子

70.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.920, 47.040, 80.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.73, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 11 - 325 / Label seq-ID: 11 - 325

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Ribokinase 分子量: 35241.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBKS, RBSK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H477, ribokinase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M sodium HEPES, 10% isopropanol, 20% PEG 4000, 0.1M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→45.49 Å / Num. obs: 49417 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 13.799 Å² / R_merge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 1.002 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0123	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2FV7

2fv7

解像度: 1.95→45.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 8.361 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22044	2508	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17263	-	-	-
obs	0.17507	46908	99.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.526 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.71 Å²	0 Å²	-0.49 Å²
2-	-	1.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→45.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4700	0	2	511	5213

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.019	4820
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.02	4623
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.112	1.962	6567
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.641	3	10635
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.476	5	642
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.162	25.585	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.756	15	784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.056	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	795
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	5563
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.907	1.316	2559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.906	1.315	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.404	1.965	3204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.404	1.966	3205
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.352	1.496	2261
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.352	1.497	2262
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.17	2.18	3364
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.867	12.109	5635
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.684	11.23	5389
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 35544 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.951→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	205	-
R_work	0.274	3360	-
obs	-	-	98.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1567	1.979	-2.1766	11.3162	-7.2399	5.6561	-0.1206	-0.0641	0.0042	-0.4071	0.2182	0.2348	0.297	-0.0224	-0.0976	0.3472	-0.0342	-0.0162	0.2891	0.0223	0.3429	31.4828	-24.1915	61.0846
2	2.9727	0.0888	-1.4926	0.8801	-0.3171	1.9544	-0.0305	0.2296	0.1392	-0.098	0.0356	-0.0636	0.0656	0.0527	-0.0052	0.0156	0.0161	0.0009	0.1271	-0.0104	0.0216	51.8736	-3.1279	48.2264
3	2.9445	0.0851	0.4161	2.0835	0.3829	3.9141	-0.0135	0.0359	0.3552	0.0059	0.0012	0.2212	-0.4988	-0.2758	0.0123	0.0678	0.0467	0.0119	0.0836	0.0201	0.0699	37.276	6.5693	60.1797
4	10.7491	-3.4032	-1.7154	5.4971	-0.7587	6.1692	-0.1542	-0.5847	0.4444	0.5543	0.1945	0.0132	-0.4086	-0.1682	-0.0403	0.1831	0.0274	0.0332	0.0717	-0.0388	0.0658	42.4742	8.3384	73.6308
5	3.1248	0.1848	-0.0595	2.6422	0.5556	4.5881	-0.0082	-0.2179	0.0659	0.1683	-0.016	-0.1121	-0.1275	0.3346	0.0242	0.0169	-0.0128	-0.0097	0.056	0.0034	0.0081	50.2339	-4.2911	69.1078
6	8.5461	-2.6761	-5.3831	9.0298	4.5374	11.9573	-0.3868	-0.4919	-0.3054	0.5374	0.042	0.3617	0.6543	-0.0224	0.3448	0.1319	-0.0305	-0.0283	0.0846	0.0385	0.0827	47.5844	-13.9474	75.8764
7	3.9102	-3.5408	-3.2287	3.5532	2.2586	4.0985	-0.0656	-0.0856	0.1215	0.1163	0.1016	-0.1098	-0.0881	-0.0986	-0.0361	0.0301	-0.0121	-0.0437	0.1793	0.0236	0.0987	63.0218	-1.0049	34.1199
8	9.0254	-3.9122	-6.0768	3.032	2.7819	4.1092	0.2345	0.1033	-0.0561	-0.1924	-0.2955	0.3126	-0.1795	-0.102	0.061	0.0488	0.057	-0.0142	0.3007	-0.0285	0.0651	60.5272	-1.9443	31.799
9	2.1885	0.3464	-0.5965	1.446	0.1034	3.9053	-0.0861	-0.1322	-0.0445	0.0683	-0.0148	0.0502	0.2546	0.0001	0.1009	0.0213	-0.0002	0.0084	0.0923	0.0358	0.0185	66.6496	-9.2424	32.0667
10	3.4392	0.6709	0.1604	2.0069	-0.9114	4.1008	-0.1045	0.0578	0.1297	-0.1016	-0.1083	-0.1999	-0.1617	0.3982	0.2128	0.02	-0.0001	0.0058	0.1861	0.0342	0.0522	83.0216	-2.3212	20.064
11	3.285	-0.2319	-0.4308	3.1141	-0.1458	4.596	-0.0169	0.3009	0.1934	-0.0893	-0.0184	0.0841	-0.0763	-0.1024	0.0353	0.0079	-0.0118	-0.0058	0.1125	0.0143	0.0161	67.1497	-2.2889	12.6457
12	8.7058	3.1421	-2.6163	4.895	-1.6862	12.432	-0.2539	0.5667	-0.2245	-0.0676	0.0255	-0.1628	0.465	-0.0419	0.2284	0.1336	-0.033	-0.0128	0.175	-0.0083	0.0282	67.3306	-8.2324	-0.3614

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	16 - 133
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	134 - 228
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	229 - 252
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	253 - 313
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	314 - 327
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	11 - 45
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	46 - 56
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	57 - 135
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	136 - 257
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	258 - 318
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	319 - 326

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)