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万見
- PDB-5byb: Crystal structure of the catalytic domain of human diphosphoinosi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5byb
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of human diphosphoinositol pentakisphosphate kinase 2 (PPIP5K2) in complex with ADP and 1,5-(PA)2-IP4
要素Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase 2
キーワードTRANSFERASE / methylenebisphosphonate / Phosphonoacetate / Non-hydrolyzable / Pyrophosphate mimics
機能・相同性
機能・相同性情報


diphosphoinositol-pentakisphosphate 1-kinase / diphosphoinositol pentakisphosphate kinase activity / 5-diphosphoinositol pentakisphosphate 1-kinase activity / inositol hexakisphosphate 1-kinase activity / inositol hexakisphosphate 3-kinase activity / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate kinase activity / inositol hexakisphosphate 5-kinase activity / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / inositol hexakisphosphate kinase activity / inositol phosphate metabolic process ...diphosphoinositol-pentakisphosphate 1-kinase / diphosphoinositol pentakisphosphate kinase activity / 5-diphosphoinositol pentakisphosphate 1-kinase activity / inositol hexakisphosphate 1-kinase activity / inositol hexakisphosphate 3-kinase activity / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate kinase activity / inositol hexakisphosphate 5-kinase activity / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / inositol hexakisphosphate kinase activity / inositol phosphate metabolic process / inositol phosphate biosynthetic process / inositol metabolic process / sensory perception of sound / phosphorylation / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11950 / Histidine acid phosphatase, VIP1 family / VIP1, N-terminal / Diphosphoinositol pentakisphosphate kinase 2 N-terminal domain / Histidine acid phosphatases phosphohistidine signature. / Histidine acid phosphatase active site / Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / Histidine phosphatase superfamily / ATP-grasp fold, B domain ...Rossmann fold - #11950 / Histidine acid phosphatase, VIP1 family / VIP1, N-terminal / Diphosphoinositol pentakisphosphate kinase 2 N-terminal domain / Histidine acid phosphatases phosphohistidine signature. / Histidine acid phosphatase active site / Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / Histidine phosphatase superfamily / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4WY / ACETATE ION / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wang, H. / Shears, S.B.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2015
タイトル: Synthetic tools for studying the chemical biology of InsP8.
著者: Riley, A.M. / Wang, H. / Shears, S.B. / L Potter, B.V.
履歴
登録2015年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,23913
ポリマ－37,5691
非ポリマー1,67012
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.807, 110.411, 41.423
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase 2 / Diphosphoinositol pentakisphosphate kinase 2 / Histidine acid phosphatase domain-containing protein ...Diphosphoinositol pentakisphosphate kinase 2 / Histidine acid phosphatase domain-containing protein 1 / InsP6 and PP-IP5 kinase 2 / VIP1 homolog 2 / hsVIP2


分子量: 37568.891 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 41-366 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIP5K2, HISPPD1, KIAA0433, VIP2 / プラスミド: pDest566 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Arctic Express (DE3)
参照: UniProt: O43314, inositol-hexakisphosphate 5-kinase, diphosphoinositol-pentakisphosphate 1-kinase

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非ポリマー , 6種, 218分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-4WY / {[(1R,3S,4S,5R,6S)-2,4,5,6-tetrakis(phosphonooxy)cyclohexane-1,3-diyl]bis[oxy(2-oxoethane-2,1-diyl)]}bis(phosphonic acid)


分子量: 744.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O26P6
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.24 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 12% (w/v) PEG 3350, 20 mM MgCl2, 0.1 M HEPES, pH 7.0, 1 mM ATP and 2 mM CdCl2. The crystals were transferred to a stabilizing buffer containing 22% (w/v) PEG 3350, 10 mM MgCl2, 0.1 M sodium ...詳細: 12% (w/v) PEG 3350, 20 mM MgCl2, 0.1 M HEPES, pH 7.0, 1 mM ATP and 2 mM CdCl2. The crystals were transferred to a stabilizing buffer containing 22% (w/v) PEG 3350, 10 mM MgCl2, 0.1 M sodium acetate, pH 5.2 at 4 oC overnight, while ATP in the crystals was hydrolyzed to ADP. The crystals were soaked under the above stabilizing buffer for three days with 2 mM analog.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月10日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 18773 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.7 % / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.128 / Rsym value: 0.114 / Χ2: 0.921 / Net I/av σ(I): 12.839 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 88600
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.344.70.4388650.890.2150.490.84295.5
2.34-2.384.70.428900.8660.2070.470.83896.8
2.38-2.434.60.3789190.9060.1880.4240.83697.8
2.43-2.484.70.3669080.9190.1790.4090.86998.2
2.48-2.534.70.3278980.9250.1610.3660.84498.4
2.53-2.594.60.2919490.9460.1450.3260.83499
2.59-2.664.70.2769130.950.1360.3090.83299.1
2.66-2.734.70.2329250.960.1150.2610.82699.6
2.73-2.814.70.1999290.9740.0980.2230.824100
2.81-2.94.80.1879390.9750.0930.210.836100
2.9-34.80.1559350.9830.0770.1740.845100
3-3.124.80.1369310.9870.0680.1520.922100
3.12-3.264.90.1159510.9890.0570.1290.942100
3.26-3.444.80.19450.9890.050.1121.13799.9
3.44-3.654.80.0929360.990.0460.1031.428100
3.65-3.934.80.0759700.9950.0380.0851.288100
3.93-4.334.80.0579510.9960.0290.0641.022100
4.33-4.954.70.0489730.9970.0240.0540.933100
4.95-6.244.60.059860.9980.0250.0560.823100
6.24-504.30.0310600.9990.0150.0340.63899

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3T7A

3t7a


解像度: 2.3→35.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 6.292 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.309 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24638 1143 6.1 %RANDOM
Rwork0.18935 ---
obs0.19287 17585 98.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.434 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1 Å20 Å2-0 Å2
2---0.32 Å2-0 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2539 0 100 206 2845
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.022750
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7382.0113725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7525318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.10324.228123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.63615459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6321516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2409
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212025
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7612.1261272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1293.1721585
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7832.2391478
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.81117.7674311
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.354 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 76 -
Rwork0.204 1180 -
obs--93.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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