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- PDB-5by8: The structure of Rpf2-Rrs1 explains its role in ribosome biogenesis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5by8
タイトルThe structure of Rpf2-Rrs1 explains its role in ribosome biogenesis
要素
  • Rpf2
  • Rrs1
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / ribosome biogenesis / Brix domain / protein-RNA interaction / 5S RNP / protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


preribosome, large subunit precursor / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / single-stranded RNA binding / rRNA binding / nucleolus
類似検索 - 分子機能
Ribosome biogenesis protein Rpf2 / Ribosomal biogenesis regulatory protein / Ribosome biogenesis regulatory protein (RRS1) / Brix domain / Brix domain / Brix domain profile. / Brix
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome production factor 2 homolog / Ribosome biogenesis regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Emericella nidulans FGSC A4 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.515 Å
データ登録者Kharde, S. / Calvino, F.R. / Gumiero, A. / Wild, K. / Sinning, I.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: The structure of Rpf2-Rrs1 explains its role in ribosome biogenesis.
著者: Kharde, S. / Calvino, F.R. / Gumiero, A. / Wild, K. / Sinning, I.
履歴
登録2015年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rpf2
B: Rrs1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4532
ポリマ－35,4532
非ポリマー00
水7,656425
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5160 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area15450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.160, 84.140, 194.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-324-

HOH

21B-279-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Rpf2


分子量: 26315.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Emericella nidulans FGSC A4 (カビ) / 遺伝子: ANIA_10200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C8VMF9
#2: タンパク質 Rrs1


分子量: 9137.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Emericella nidulans FGSC A4 (カビ) / 遺伝子: AN3745.2, ANIA_03745 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5B6T5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M KCl and 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.968 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.515→42.45 Å / Num. all: 61799 / Num. obs: 61799 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.515→1.569 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 1.22 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / % possible all: 84.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.515→42.446 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1908 3074 4.97 %
Rwork0.1455 --
obs0.1478 61794 98.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.515→42.446 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2530 0 0 425 2955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122671
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3243653
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1321055
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066429
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007472
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5153-1.53890.35091050.34792096X-RAY DIFFRACTION77
1.5389-1.56420.3691650.32032341X-RAY DIFFRACTION89
1.5642-1.59110.4002920.30462578X-RAY DIFFRACTION95
1.5911-1.62010.33441610.27352619X-RAY DIFFRACTION98
1.6201-1.65120.27971530.24922646X-RAY DIFFRACTION99
1.6512-1.68490.2581400.20762726X-RAY DIFFRACTION100
1.6849-1.72160.23481360.17782660X-RAY DIFFRACTION100
1.7216-1.76160.22081390.16412721X-RAY DIFFRACTION100
1.7616-1.80570.22421460.14992707X-RAY DIFFRACTION100
1.8057-1.85450.22011150.14342689X-RAY DIFFRACTION100
1.8545-1.90910.19611770.13892684X-RAY DIFFRACTION100
1.9091-1.97070.22041620.14152672X-RAY DIFFRACTION100
1.9707-2.04110.17771200.13622740X-RAY DIFFRACTION100
2.0411-2.12280.18941350.12992735X-RAY DIFFRACTION100
2.1228-2.21950.18171260.11952733X-RAY DIFFRACTION100
2.2195-2.33650.2041350.11932721X-RAY DIFFRACTION100
2.3365-2.48280.1815930.1282764X-RAY DIFFRACTION100
2.4828-2.67450.17831390.14082726X-RAY DIFFRACTION100
2.6745-2.94360.18681480.13962750X-RAY DIFFRACTION100
2.9436-3.36940.17351420.13822754X-RAY DIFFRACTION100
3.3694-4.24440.1551750.12792769X-RAY DIFFRACTION100
4.2444-42.46280.16271700.12882889X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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