PDB-5by0: Crystal structure of magnesium-bound Duf89 protein Saccharomyces ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5by0

タイトル

Crystal structure of magnesium-bound Duf89 protein Saccharomyces cerevisiae

要素

Protein-glutamate O-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / DUF89 / Mg-bound / family of carbohydrate phosphatases

機能・相同性

機能・相同性情報

fructose-1-phosphatase activity / fructose 6-phosphate aldolase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / phosphatase activity / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Nocek, B. / Cuff, M. / Cui, H. / Xu, X. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Yakunin, A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of magnesium-bound Duf89 protein Saccharomyces cerevisiae
著者: Nocek, B. / Cuff, M. / Cui, H. / Xu, X. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Yakunin, A.

履歴

登録	2015年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月7日	Group: Experimental preparation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5by0.cif.gz	209.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5by0.ent.gz	173.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5by0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5by0_validation.pdf.gz	426.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5by0_full_validation.pdf.gz	427.5 KB	表示
XML形式データ	5by0_validation.xml.gz	23 KB	表示
CIF形式データ	5by0_validation.cif.gz	35.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/5by0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/5by0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3pt1
類似構造データ	3pt1-d 2z8j-1 6dag-d 4ny4-d 5f13-1 5qj3-1 7lxl-d 6da8-d 4dkj-d 3dan-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein-glutamate O-methyltransferase

ヘテロ分子

54.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.407, 108.582, 88.234
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.04, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-947- HOH
2	1	A-1048- HOH

#1: タンパク質	Protein-glutamate O-methyltransferase 分子量: 54720.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YMR027W, YM9711.17 / 細胞株 (発現宿主): BL21DE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q04371, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 510 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.27 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: 0.1 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris, 25% Peg3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月12日
放射	モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→34.4 Å / Num. obs: 46859 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 28
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / R_merge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1888	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→34.4 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1948	2368	5.06 %
R_work	0.1574	-	-
obs	0.1593	46789	99.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3769	0	1	510	4280

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	3884
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.332	5254
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.993	1441
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	570
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	673

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8363	0.2932	127	0.2591	2463	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8363-1.8762	0.2608	142	0.2341	2615	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8762-1.9199	0.3027	150	0.2005	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9199-1.9679	0.245	133	0.1811	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9679-2.0211	0.1847	138	0.1692	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0211-2.0805	0.2329	117	0.172	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0805-2.1477	0.1969	119	0.1663	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1477-2.2244	0.2202	131	0.1642	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2244-2.3135	0.2142	159	0.1593	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3135-2.4187	0.2202	153	0.1601	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4187-2.5462	0.1761	141	0.1549	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5462-2.7057	0.1966	137	0.1567	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7057-2.9145	0.186	140	0.1571	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9145-3.2076	0.196	149	0.1656	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2076-3.6713	0.1822	147	0.1516	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6713-4.6237	0.1627	160	0.1275	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
4.62-34.39	0.175	125	0.146	2661	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7481	-0.218	-0.1129	1.1482	0.062	0.5229	-0.0246	-0.0028	-0.2236	-0.024	-0.0484	-0.0084	0.1752	-0.0301	-0.0004	0.174	0.0093	0.003	0.1401	-0.0008	0.1741	13.674	15.3066	-23.5267
2	0.4459	-0.2171	-0.0482	0.1057	-0.0049	0.0606	0.2694	0.149	0.1185	-0.5148	-0.4717	-0.3073	-0.1927	-0.1054	-0.1072	0.3099	0.0587	0.0119	0.1875	0.0603	0.2091	14.0991	48.0705	-35.0701
3	0.2157	-0.1943	0.0363	0.1746	-0.0967	0.0206	0.0061	0.0266	0.0775	-0.0482	0.025	0.0603	-0.0137	-0.0937	0.0001	0.2048	0.0421	-0.0067	0.157	0.0132	0.1791	4.1861	52.7319	-26.2391
4	0.3082	-0.2172	-0.0404	0.6684	0.0617	0.3637	0.1319	0.0246	0.0664	-0.1004	-0.11	-0.2308	-0.0529	-0.0153	-0.0038	0.2049	0.0305	0.0332	0.1453	0.0288	0.1811	18.6266	43.8808	-26.274
5	0.7218	-0.3568	-0.4579	1.1058	0.0801	0.7687	0.0281	-0.0512	0.0194	0.1254	-0.0089	-0.0572	-0.0503	-0.0554	0.0402	0.1636	0.0116	-0.0107	0.1645	0.0098	0.1129	10.9581	36.8787	-15.4354

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 133 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 134 through 167 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 168 through 226 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 227 through 318 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 319 through 468 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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