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- PDB-5by0: Crystal structure of magnesium-bound Duf89 protein Saccharomyces ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5by0
タイトルCrystal structure of magnesium-bound Duf89 protein Saccharomyces cerevisiae
要素Protein-glutamate O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / DUF89 / Mg-bound / family of carbohydrate phosphatases
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose 6-phosphate aldolase activity / fructose-1-phosphatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / phosphatase activity / DNA damage response / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription Elongation Factor S-II; Chain A - #60 / Damage-control phosphatase ARMT1 / Damage-control phosphatase ARMT1-like, metal-binding domain / Damage-control phosphatase ARMT1-like, metal-binding domain superfamily / Damage-control phosphatase ARMT1-like domain / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Damage-control phosphatase YMR027W
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nocek, B. / Cuff, M. / Cui, H. / Xu, X. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Yakunin, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of magnesium-bound Duf89 protein Saccharomyces cerevisiae
著者: Nocek, B. / Cuff, M. / Cui, H. / Xu, X. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Yakunin, A.
履歴
登録2015年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Experimental preparation
改定 2.02024年11月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-glutamate O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7452
ポリマ－54,7211
非ポリマー241
水9,188510
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area19880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.407, 108.582, 88.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.04, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-947-

HOH

21A-1048-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Protein-glutamate O-methyltransferase


分子量: 54720.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YMR027W, YM9711.17 / 細胞株 (発現宿主): BL21DE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q04371, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 510 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.27 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: 0.1 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris, 25% Peg3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月12日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→34.4 Å / Num. obs: 46859 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 28
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1888精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→34.4 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1948 2368 5.06 %
Rwork0.1574 --
obs0.1593 46789 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3769 0 1 510 4280
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133884
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3325254
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9931441
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068570
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007673
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.83630.29321270.25912463X-RAY DIFFRACTION94
1.8363-1.87620.26081420.23412615X-RAY DIFFRACTION99
1.8762-1.91990.30271500.20052573X-RAY DIFFRACTION100
1.9199-1.96790.2451330.18112623X-RAY DIFFRACTION100
1.9679-2.02110.18471380.16922621X-RAY DIFFRACTION100
2.0211-2.08050.23291170.1722618X-RAY DIFFRACTION100
2.0805-2.14770.19691190.16632634X-RAY DIFFRACTION100
2.1477-2.22440.22021310.16422650X-RAY DIFFRACTION100
2.2244-2.31350.21421590.15932572X-RAY DIFFRACTION100
2.3135-2.41870.22021530.16012619X-RAY DIFFRACTION100
2.4187-2.54620.17611410.15492635X-RAY DIFFRACTION100
2.5462-2.70570.19661370.15672627X-RAY DIFFRACTION100
2.7057-2.91450.1861400.15712631X-RAY DIFFRACTION100
2.9145-3.20760.1961490.16562634X-RAY DIFFRACTION100
3.2076-3.67130.18221470.15162615X-RAY DIFFRACTION100
3.6713-4.62370.16271600.12752630X-RAY DIFFRACTION100
4.62-34.390.1751250.1462661X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7481-0.218-0.11291.14820.0620.5229-0.0246-0.0028-0.2236-0.024-0.0484-0.00840.1752-0.0301-0.00040.1740.00930.0030.1401-0.00080.174113.67415.3066-23.5267
20.4459-0.2171-0.04820.1057-0.00490.06060.26940.1490.1185-0.5148-0.4717-0.3073-0.1927-0.1054-0.10720.30990.05870.01190.18750.06030.209114.099148.0705-35.0701
30.2157-0.19430.03630.1746-0.09670.02060.00610.02660.0775-0.04820.0250.0603-0.0137-0.09370.00010.20480.0421-0.00670.1570.01320.17914.186152.7319-26.2391
40.3082-0.2172-0.04040.66840.06170.36370.13190.02460.0664-0.1004-0.11-0.2308-0.0529-0.0153-0.00380.20490.03050.03320.14530.02880.181118.626643.8808-26.274
50.7218-0.3568-0.45791.10580.08010.76870.0281-0.05120.01940.1254-0.0089-0.0572-0.0503-0.05540.04020.16360.0116-0.01070.16450.00980.112910.958136.8787-15.4354
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 133 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 134 through 167 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 168 through 226 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 227 through 318 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 319 through 468 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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