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- PDB-5bxx: Crystal structure of the ectoine synthase from the cold-adapted m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bxx
タイトルCrystal structure of the ectoine synthase from the cold-adapted marine bacterium Sphingopyxis alaskensis
要素L-ectoine synthase
キーワードLYASE / Compatible solute / Osmostress protectant / Chemical chaperone / Cupin
機能・相同性
機能・相同性情報


ectoine synthase / ectoine synthase activity / ectoine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Ectoine synthase / Ectoine synthase / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-ectoine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingopyxis alaskensis RB2256 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Widderich, N. / Kobus, S. / Hoeppner, A. / Bremer, E. / Smits, S.H.J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Biochemistry and Crystal Structure of Ectoine Synthase: A Metal-Containing Member of the Cupin Superfamily.
著者: Widderich, N. / Kobus, S. / Hoppner, A. / Riclea, R. / Seubert, A. / Dickschat, J.S. / Heider, J. / Smits, S.H. / Bremer, E.
履歴
登録2015年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-ectoine synthase
B: L-ectoine synthase
C: L-ectoine synthase
D: L-ectoine synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3094
ポリマ－65,3094
非ポリマー00
水3,711206
1
A: L-ectoine synthase
B: L-ectoine synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6552
ポリマ－32,6552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area10430 Å2
手法PISA
2
C: L-ectoine synthase
D: L-ectoine synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6552
ポリマ－32,6552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area10260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.520, 43.960, 138.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
L-ectoine synthase / N-acetyldiaminobutyrate dehydratase


分子量: 16327.341 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingopyxis alaskensis RB2256 (バクテリア)
遺伝子: ectC, Sala_2951 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1GNW6, ectoine synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.83 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 0.05 M calcium acetate, 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 40% (v/v) 1,2-propanediol, hexanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.3 Å / Num. obs: 38862 / % possible obs: 98.73 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.532

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→45.253 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2574 1730 4.45 %
Rwork0.2042 --
obs0.2065 38862 98.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.253 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3568 0 0 206 3774
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0153637
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5734924
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1171330
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063560
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007642
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.0590.32091430.27713056X-RAY DIFFRACTION99
2.059-2.12550.3281410.25783045X-RAY DIFFRACTION98
2.1255-2.20140.29031440.24163093X-RAY DIFFRACTION99
2.2014-2.28960.35191330.30762860X-RAY DIFFRACTION93
2.2896-2.39380.31621440.23513098X-RAY DIFFRACTION99
2.3938-2.520.27551450.23593100X-RAY DIFFRACTION99
2.52-2.67780.31450.24153116X-RAY DIFFRACTION99
2.6778-2.88450.29411440.24073094X-RAY DIFFRACTION100
2.8845-3.17480.30831460.23273140X-RAY DIFFRACTION100
3.1748-3.6340.25761470.20253124X-RAY DIFFRACTION99
3.634-4.57770.22331460.15993154X-RAY DIFFRACTION100
4.5777-45.26430.19171520.16033252X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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