[日本語] English
万見
- PDB-5bxg: Crystal structure of an uncharacterized beta-sandwich protein (CD... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bxg
タイトルCrystal structure of an uncharacterized beta-sandwich protein (CD630_09570) from Clostridium difficile 630 at 1.90 A resolution
要素uncharacterized beta-sandwich protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性Immunoprotective extracellular, immunoglobulin-like domain superfamily / Putative phage lipoprotein
機能・相同性情報
生物種Peptoclostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an uncharacterized beta-sandwich protein (CD630_09570) from Clostridium difficile 630 at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2015年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: uncharacterized beta-sandwich protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7634
ポリマ－18,5761
非ポリマー1863
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.108, 69.108, 87.802
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質 uncharacterized beta-sandwich protein


分子量: 18576.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile (バクテリア)
株: 630
遺伝子: CD630_09570, CD630_29070, CDIF630_03179, YP_001087438.1
プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: Q183Z1
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT (26-186) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THE CONSTRUCT (26-186) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% polyethylene glycol 3350, 0.2M tri-sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月15日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.453 Å / Num. obs: 18773 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.253 % / Biso Wilson estimate: 32.52 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 15.17 / Num. measured all: 117394
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) allDiffraction-ID% possible all
1.9-1.970.6890.6151.76442194519090.73198.1
1.97-2.050.8940.4923.311871187618740.53699.9
2.05-2.140.9450.3414.912021179717930.3799.8
2.14-2.250.9780.2277.212659183018300.245100
2.25-2.390.9850.1679.612579187718770.181100
2.39-2.580.990.13211.912376191319130.143100
2.58-2.840.9950.09517.313042188418840.103100
2.84-3.250.9970.06224.711981187518730.06899.9
3.25-4.080.9980.04633.212297188718830.0599.8
4.08-49.4530.9990.0436.812126194319370.04499.7

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSNovember 3, 2014 BUILT=20141118データスケーリング
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
SHARP位相決定
SHELXD位相決定
BUSTER2.10.2精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→49.453 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9618 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9525 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. THE SAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. 3. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1891 960 5.13 %RANDOM
Rwork0.1651 ---
obs0.1663 18713 99.71 %-
原子変位パラメータBiso max: 106.92 Å2 / Biso mean: 39.6601 Å2 / Biso min: 22.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9933 Å20 Å20 Å2
2---1.9933 Å20 Å2
3---3.9866 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.206 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.453 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1217 0 12 243 1472
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d628SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes44HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes181HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1290HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion179SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1582SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1290HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1748HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.75
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.7
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2444 141 4.74 %
Rwork0.2047 2834 -
all0.2066 2975 -
obs--99.71 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.6207 Å / Origin y: 25.4638 Å / Origin z: 4.6174 Å
111213212223313233
T-0.0314 Å2-0.0091 Å2-0.0242 Å2--0.0413 Å20.0279 Å2---0.0387 Å2
L1.0361 °2-0.637 °20.4104 °2-0.8573 °2-0.249 °2--1.103 °2
S0.0823 Å °-0.078 Å °-0.0151 Å °-0.1005 Å °0.0482 Å °0.0744 Å °0.0173 Å °-0.0644 Å °-0.1305 Å °
精密化 TLSグループSelection details: {A|36 - 186}

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る