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- PDB-5bwk: 6.0 A Crystal structure of a Get3-Get4-Get5 intermediate complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bwk
タイトル6.0 A Crystal structure of a Get3-Get4-Get5 intermediate complex from S.cerevisiae
要素
  • ATPase GET3
  • Golgi to ER traffic protein 4
  • Ubiquitin-like protein MDY2
キーワードHydrolase/Transport / Tail-anchored targeting / ATPase / electrostatic interaction / Hydrolase-Transport complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cell morphogenesis involved in conjugation with cellular fusion / GET complex / TRC complex / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / response to arsenic-containing substance ...cell morphogenesis involved in conjugation with cellular fusion / GET complex / TRC complex / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / response to arsenic-containing substance / response to metal ion / vesicle-mediated transport / protein folding chaperone / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cytoplasmic stress granule / unfolded protein binding / response to heat / cellular response to oxidative stress / protein-macromolecule adaptor activity / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mdy2, Get4 binding domain / Get5, C-terminal domain / Binding domain to Get4 on Get5, Golgi to ER traffic protein / Ubiquitin-like protein MDY2, C-terminal domain / Golgi to ER traffic protein 4 / Golgi to ER traffic protein 4 / : / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3, eukaryotic / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3 / Anion-transporting ATPase-like domain ...Mdy2, Get4 binding domain / Get5, C-terminal domain / Binding domain to Get4 on Get5, Golgi to ER traffic protein / Ubiquitin-like protein MDY2, C-terminal domain / Golgi to ER traffic protein 4 / Golgi to ER traffic protein 4 / : / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3, eukaryotic / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3 / Anion-transporting ATPase-like domain / Anion-transporting ATPase / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATPase GET3 / Golgi to ER traffic protein 4 / ATPase GET3 / Ubiquitin-like protein MDY2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6 Å
データ登録者Gristick, H.B. / Chartron, J.W. / Clemons, W.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Mechanism of Assembly of a Substrate Transfer Complex during Tail-anchored Protein Targeting.
著者: Gristick, H.B. / Rome, M.E. / Chartron, J.W. / Rao, M. / Hess, S. / Shan, S.O. / Clemons, W.M.
履歴
登録2015年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references
改定 1.22015年12月30日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATPase GET3
B: ATPase GET3
D: ATPase GET3
E: Golgi to ER traffic protein 4
F: Ubiquitin-like protein MDY2
G: Golgi to ER traffic protein 4
H: Ubiquitin-like protein MDY2
I: Golgi to ER traffic protein 4
J: Ubiquitin-like protein MDY2
K: Golgi to ER traffic protein 4
L: Ubiquitin-like protein MDY2
M: ATPase GET3
N: ATPase GET3
O: ATPase GET3
P: ATPase GET3
Q: Golgi to ER traffic protein 4
R: Ubiquitin-like protein MDY2
S: Golgi to ER traffic protein 4
T: Ubiquitin-like protein MDY2
U: Golgi to ER traffic protein 4
V: Ubiquitin-like protein MDY2
W: Golgi to ER traffic protein 4
X: Ubiquitin-like protein MDY2
C: ATPase GET3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)681,28728
ポリマ－681,02524
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area71940 Å2
ΔGint-614 kcal/mol
Surface area237520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.430, 127.330, 210.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
ATPase GET3 / Arsenical pump-driving ATPase / Arsenite-stimulated ATPase / Golgi to ER traffic protein 3 / Guided ...Arsenical pump-driving ATPase / Arsenite-stimulated ATPase / Golgi to ER traffic protein 3 / Guided entry of tail-anchored proteins 3


分子量: 41576.848 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain RM11-1a) (パン酵母)
株: RM11-1a / 遺伝子: GET3, SCRG_00595 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B3LGZ3, UniProt: Q12154*PLUS, 加水分解酵素; 酸無水物に作用
#2: タンパク質
Golgi to ER traffic protein 4 / Guided entry of tail-anchored proteins 4


分子量: 37245.977 Da / 分子数: 8 / Fragment: UNP residues 11-311 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GET4, YOR164C, O3580 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12125
#3: タンパク質
Ubiquitin-like protein MDY2 / Golgi to ER traffic protein 5 / Mating-deficient protein 2 / Translation machinery-associated protein 24


分子量: 6305.339 Da / 分子数: 8 / Fragment: UNP residues 1-56 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MDY2, GET5, TMA24, YOL111C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12285
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 12% PEG 3350 and 0.1 M Na malonate (pH 5.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6→30 Å / Num. obs: 18388 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 6→6.6 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A37 and 3LKU

3a37

3lku


解像度: 6→30 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3025 917 4.8 %
Rwork0.2739 17462 -
obs0.274 18379 96.5 %
溶媒の処理Bsol: 295.14 Å2
原子変位パラメータBiso max: 386.38 Å2 / Biso mean: 361.6852 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-34.317 Å20 Å2-14.815 Å2
2---47.101 Å20 Å2
3---12.785 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数41920 0 4 0 41924
Biso mean--357.54 --
残基数----5192
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.737
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it015
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it020
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it020
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it025
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
6-6.210.4169930.43941748184199.1
6.21-6.460.43791020.39161754185697.7
6.46-6.750.40291000.38771740184097.5
6.75-7.10.3784970.37331757185497.4
7.1-7.540.3981090.33341727183696.8
7.54-8.110.3714680.32941608167688.8
8.11-8.910.2961760.26891761183796.5
8.91-10.150.2239790.21851824190399.3
10.15-12.630.1937990.19461775187497.6
12.63-300.3515940.28021768186294.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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