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- PDB-5bvk: Fragment-based discovery of potent and selective DDR1/2 inhibitors -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bvk
タイトルFragment-based discovery of potent and selective DDR1/2 inhibitors
要素Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
キーワードTRANSFERASE / DDR1
機能・相同性
機能・相同性情報


protein tyrosine kinase collagen receptor activity / smooth muscle cell-matrix adhesion / regulation of extracellular matrix disassembly / ear development / regulation of cell-matrix adhesion / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / wound healing, spreading of cells / smooth muscle cell migration / neuron projection extension ...protein tyrosine kinase collagen receptor activity / smooth muscle cell-matrix adhesion / regulation of extracellular matrix disassembly / ear development / regulation of cell-matrix adhesion / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / wound healing, spreading of cells / smooth muscle cell migration / neuron projection extension / axon development / Non-integrin membrane-ECM interactions / mammary gland alveolus development / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / collagen binding / lactation / embryo implantation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / regulation of cell growth / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / protein autophosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / cell adhesion / negative regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Discoidin domain-containing receptor 1/2, DS-like domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. ...: / Discoidin domain-containing receptor 1/2, DS-like domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / : / Galactose-binding-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-(2-chlorophenyl)-3-(pyridin-3-ylmethyl)urea / IODIDE ION / Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Murray, C. / Berdini, V. / Buck, I. / Carr, M. / Cleasby, A. / Coyle, J. / Curry, J. / Day, J. / Hearn, K. / Iqbal, A. ...Murray, C. / Berdini, V. / Buck, I. / Carr, M. / Cleasby, A. / Coyle, J. / Curry, J. / Day, J. / Hearn, K. / Iqbal, A. / Lee, L. / Martins, V. / Mortenson, P. / Munck, J. / Page, L. / Patel, S. / Roomans, S. / Kirsten, T. / Saxty, G.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Fragment-Based Discovery of Potent and Selective DDR1/2 Inhibitors.
著者: Murray, C.W. / Berdini, V. / Buck, I.M. / Carr, M.E. / Cleasby, A. / Coyle, J.E. / Curry, J.E. / Day, J.E. / Day, P.J. / Hearn, K. / Iqbal, A. / Lee, L.Y. / Martins, V. / Mortenson, P.N. / ...著者: Murray, C.W. / Berdini, V. / Buck, I.M. / Carr, M.E. / Cleasby, A. / Coyle, J.E. / Curry, J.E. / Day, J.E. / Day, P.J. / Hearn, K. / Iqbal, A. / Lee, L.Y. / Martins, V. / Mortenson, P.N. / Munck, J.M. / Page, L.W. / Patel, S. / Roomans, S. / Smith, K. / Tamanini, E. / Saxty, G.
履歴
登録2015年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4598
ポリマ－36,4361
非ポリマー1,0237
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area14030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.026, 71.505, 76.682
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Epithelial discoidin domain-containing receptor 1 / Epithelial discoidin domain receptor 1 / CD167 antigen-like family member A / Cell adhesion kinase ...Epithelial discoidin domain receptor 1 / CD167 antigen-like family member A / Cell adhesion kinase / Discoidin receptor tyrosine kinase / HGK2 / Mammary carcinoma kinase 10 / MCK-10 / Protein-tyrosine kinase 3A / Protein-tyrosine kinase RTK-6 / TRK E / Tyrosine kinase DDR / Tyrosine-protein kinase CAK


分子量: 36435.785 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 576-894 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDR1, CAK, EDDR1, NEP, NTRK4, PTK3A, RTK6, TRKE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08345, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-4VC / 1-(2-chlorophenyl)-3-(pyridin-3-ylmethyl)urea


分子量: 261.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H12ClN3O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 15-25% (W/V) PEG3350, 0.2M NH4I

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→52 Å / Num. obs: 14992 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/σ(I): 6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.29→52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 11.802 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.289 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2324 827 5.2 %RANDOM
Rwork0.1873 ---
obs0.1897 14992 99.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 134.27 Å2 / Biso mean: 38.299 Å2 / Biso min: 5.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.77 Å2-0 Å20 Å2
2--1.47 Å2-0 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.29→52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2245 0 36 113 2394
Biso mean--42.93 38.67 -
残基数----278
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192314
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02612
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5061.9533124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4541.0825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5545275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26322.983118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.03315399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8881522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined00.0211774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.05110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6914.3521109
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3945.0321205
LS精密化 シェル解像度: 2.288→2.347 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 57 -
Rwork0.221 1090 -
all-1147 -
obs--99.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2032-1.46991.3622.38662.37115.9103-0.3947-0.0570.6799-0.03820.1525-0.318-0.7010.1670.24210.31860.00520.01080.08580.0090.2526.657341.220940.3218
23.50140.21840.26162.745-1.31153.17180.0739-0.1259-0.0027-0.0731-0.0706-0.12910.0219-0.0084-0.00330.0229-0.00390.00690.00690.00340.008215.112418.922130.3852
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A604 - 703
2X-RAY DIFFRACTION2A704 - 911

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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