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- PDB-5buv: X-ray structure of WbcA from Yersinia enterocolitica -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5buv
タイトルX-ray structure of WbcA from Yersinia enterocolitica
要素Putative epimerase
キーワードISOMERASE / lipopolysaccharide
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase-related / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE / PHOSPHATE ION / Thymidine diphospho-4-keto-rhamnose 3,5-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081 (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Holden, H.M. / Salinger, A.J. / Brown, H.A. / Thoden, J.B.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Biochemical studies on WbcA, a sugar epimerase from Yersinia enterocolitica.
著者: Salinger, A.J. / Brown, H.A. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.
履歴
登録2015年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22015年10月28日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative epimerase
B: Putative epimerase
C: Putative epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,44911
ポリマ－61,6903
非ポリマー7598
水7,206400
1
A: Putative epimerase
C: Putative epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5857
ポリマ－41,1262
非ポリマー4585
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area15330 Å2
手法PISA
2
B: Putative epimerase
ヘテロ分子

B: Putative epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7298
ポリマ－41,1262
非ポリマー6026
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area14990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.160, 42.678, 150.463
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Putative epimerase / WbcA


分子量: 20563.232 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081 (腸炎エルシニア)
株: NCTC 13174 / 8081 / 遺伝子: wbcA, YE3085 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: A1JNA0
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CYT / 6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE / CYTOSINE / シトシン


分子量: 111.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5N3O
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 14-18% PEG5000-OMe, 5 mM CPD-6-deoxygulose, 2% glycerol, 100 mM MOPS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 50180 / Num. obs: 50180 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4hn0

4hn0


解像度: 1.75→27.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 3.442 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24795 2541 5.1 %RANDOM
Rwork0.19229 ---
obs0.19513 47639 98.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.778 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0.03 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.75→27.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4253 0 45 400 4698
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194449
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.024073
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9981.9416024
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80839399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1825536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.48424.156231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.59915754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3431524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215076
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021122
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 191 -
Rwork0.298 3422 -
obs--95.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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