PDB-5btz: Structure of the middle domain of lpg1496 from Legionella pneumop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5btz

タイトル

Structure of the middle domain of lpg1496 from Legionella pneumophila in P212121 space group

要素

lpg1496

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / bacterial effector / alpha-beta fold / nucleotide-binding / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Wong, K. / Kozlov, G. / Gehring, K. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structure of the Legionella Effector, lpg1496, Suggests a Role in Nucleotide Metabolism.
著者: Wong, K. / Kozlov, G. / Zhang, Y. / Gehring, K.

履歴

登録	2015年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月2日	Group: Database references
改定 1.2	2015年10月21日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5btz.cif.gz	69.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5btz.ent.gz	50.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5btz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5btz_validation.pdf.gz	412.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5btz_full_validation.pdf.gz	412.5 KB	表示
XML形式データ	5btz_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	5btz_validation.cif.gz	11.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/5btz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/5btz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5btwC 5btxC 5btyC 5bu0C 5bu1C 5bu2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4esp-d 6dxt-1 2g43-1 4qhf-d 2fmh-d 1oh1-d 1l6v-d 4dx9-3 1ael-d 4jfi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: lpg1496

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.137, 44.066, 77.529
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	lpg1496 分子量: 15528.203 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 151-289 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (バクテリア) 遺伝子: lp12_1434 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8UY02
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 25% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 16116 / Num. obs: 16100 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 49.7
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 8.7 % / R_merge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXDE		位相決定
ARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→38.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 3.63 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23125	862	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19975	-	-	-
obs	0.20124	16100	99.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.75 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.6→38.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1025	0	0	130	1155

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.031	1.951	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.325	5	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.771	25.306	49
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.549	15	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.43	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	167
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	805
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.184	0.2	459
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	761
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.069	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.154	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.128	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.508	1.5	684
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.823	2	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.374	3	418
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.172	4.5	355
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.638 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	65	-
R_work	0.237	1103	-
obs	-	-	93.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5387	-2.3491	-2.8366	4.0402	0.4899	4.164	0.0868	0.0578	-0.0204	-0.0452	-0.0162	-0.0147	0.0437	-0.1388	-0.0706	0.0166	-0.0033	-0.0122	0.0404	0.0071	0.0575	6.4172	6.0243	2.071
2	1.5746	-0.6702	-0.051	1.9247	-0.6059	2.7925	0.047	0.0288	-0.0619	-0.2352	-0.0032	0.0158	0.3031	0.0455	-0.0438	0.0713	0.0079	-0.021	0.0417	-0.0048	0.0311	12.0164	-8.5257	0.2641
3	2.4651	-0.1326	-1.1693	0.7986	-2.4398	8.8105	-0.0034	0.1743	-0.0798	-0.1893	0.115	0.2258	0.2307	-0.35	-0.1116	0.0625	-0.044	-0.0377	0.0216	-0.0014	0.057	3.6341	-6.2058	2.433
4	2.513	-0.5055	0.0883	5.7404	3.1502	17.2898	-0.0226	-0.2724	-0.0824	0.53	0.0736	0.6792	0.3833	-0.7748	-0.0511	0.0373	-0.0109	0.0328	0.0418	0.022	0.0903	2.8168	-1.159	9.4977
5	2.5804	-0.8756	-0.2987	2.7103	-0.5275	2.127	0.0163	-0.1542	0.1443	0.189	-0.0056	-0.0929	-0.1259	0.1522	-0.0107	0.0572	-0.0245	-0.0148	0.0517	-0.009	0.0105	13.8657	2.0482	10.9433
6	1.533	-0.3662	0.8492	0.9224	-0.6243	3.3562	0.0758	-0.0476	0.1529	0.1066	-0.0191	-0.1007	0.0232	0.2411	-0.0566	0.0372	-0.0283	-0.0036	0.045	-0.0183	0.0344	16.4923	7.151	8.9009

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	155 - 169
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	170 - 196
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	197 - 209
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	210 - 223
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	224 - 254
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	255 - 288

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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