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- PDB-5btv: Crystal structure of human 14-3-3 sigma in complex with a Tau-pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5btv
タイトルCrystal structure of human 14-3-3 sigma in complex with a Tau-protein peptide surrounding pS324
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Microtubule-associated protein tau - peptide pS324
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Peptide binding protein / 14-3-3 / Tau-protein
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding / negative regulation of tubulin deacetylation ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding / negative regulation of tubulin deacetylation / generation of neurons / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / rRNA metabolic process / axonal transport of mitochondrion / positive regulation of epidermal cell differentiation / regulation of mitochondrial fission / keratinocyte development / keratinization / axon development / regulation of chromosome organization / central nervous system neuron development / intracellular distribution of mitochondria / regulation of cell-cell adhesion / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / lipoprotein particle binding / microtubule polymerization / negative regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of microtubule polymerization / dynactin binding / cAMP/PKA signal transduction / apolipoprotein binding / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / main axon / protein polymerization / phosphoserine residue binding / glial cell projection / axolemma / negative regulation of mitochondrial fission / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / negative regulation of keratinocyte proliferation / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of axon extension / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of stem cell proliferation / Activation of AMPK downstream of NMDARs / regulation of cellular response to heat / positive regulation of superoxide anion generation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / synapse assembly / supramolecular fiber organization / RHO GTPases activate PKNs / regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of protein localization / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / regulation of calcium-mediated signaling / cytoplasmic microtubule organization / positive regulation of microtubule polymerization / somatodendritic compartment / axon cytoplasm / astrocyte activation / stress granule assembly / phosphatidylinositol binding / positive regulation of cell adhesion / nuclear periphery / regulation of microtubule cytoskeleton organization / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / protein phosphatase 2A binding / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / cellular response to reactive oxygen species / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / Hsp90 protein binding / microglial cell activation / synapse organization / PKR-mediated signaling / cellular response to nerve growth factor stimulus / protein homooligomerization / regulation of synaptic plasticity / SH3 domain binding / response to lead ion / microtubule cytoskeleton organization / memory / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / neuron projection development / intracellular protein localization / cell-cell signaling
類似検索 - 分子機能
14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / : / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. ...14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / : / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated protein tau / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ottmann, C. / Schumacher, B. / Bartel, M.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2015
タイトル: Involvement of 14-3-3 in tubulin instability and impaired axon development is mediated by Tau.
著者: Joo, Y. / Schumacher, B. / Landrieu, I. / Bartel, M. / Smet-Nocca, C. / Jang, A. / Choi, H.S. / Jeon, N.L. / Chang, K.A. / Kim, H.S. / Ottmann, C. / Suh, Y.H.
履歴
登録2015年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: Microtubule-associated protein tau - peptide pS324
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0126
ポリマ－26,8882
非ポリマー1244
水5,693316
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: Microtubule-associated protein tau - peptide pS324
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: Microtubule-associated protein tau - peptide pS324
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,02512
ポリマ－53,7764
非ポリマー2488
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area22160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.550, 112.310, 62.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

MG

21A-456-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AP

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26475.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Microtubule-associated protein tau - peptide pS324


分子量: 412.333 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 323-326 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10636*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 320分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Hepes/NaOH pH 7.5, 0.2 M CaCl2, 28% PEG 400, 5% glycerol, 2 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→10 Å / Num. obs: 31463 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.379 % / Biso Wilson estimate: 22.595 Å2 / Rmerge F obs: 0.079 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 22.03 / Num. measured all: 125780
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.7-1.80.3330.2455.3919000501349840.28599.4
1.8-20.1930.1468.8628052730872400.16899.1
2-2.50.0690.0620.3237872964394680.06998.2
2.5-30.0340.03632.0517114429441500.04196.6
3-40.0190.02546.1413768345432680.02894.6
4-60.0160.02352.577098181516670.02691.8
6-100.0160.02155.0623546295540.02488.1
100.0110.0260.675221941320.02268

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
精密化解像度: 1.7→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / WRfactor Rfree: 0.1883 / WRfactor Rwork: 0.1494 / FOM work R set: 0.8831 / SU B: 1.705 / SU ML: 0.057 / SU R Cruickshank DPI: 0.0919 / SU Rfree: 0.0969 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2025 1574 5 %RANDOM
Rwork0.1599 ---
obs0.162 29888 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.36 Å2 / Biso mean: 16.626 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3----0.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1816 0 4 316 2136
Biso mean--22.33 29.88 -
残基数----232
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0222026
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1581.9882777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.2835.068293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.10924.79296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.98315.038400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6041515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1640.2315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021536
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3541.51248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2322033
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7873778
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.8754.5711
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 117 -
Rwork0.216 2214 -
all-2331 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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