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- PDB-5btp: Fusobacterium ulcerans ZTP riboswitch bound to ZMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5btp
タイトルFusobacterium ulcerans ZTP riboswitch bound to ZMP
要素RNA (62-MER)
キーワードRNA
機能・相同性AMINOIMIDAZOLE 4-CARBOXAMIDE RIBONUCLEOTIDE / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.816 Å
データ登録者Jones, C.P. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Recognition of the bacterial alarmone ZMP through long-distance association of two RNA subdomains.
著者: Jones, C.P. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2015年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22015年9月16日Group: Database references
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RNA (62-MER)
A: RNA (62-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,40217
ポリマ－48,3952
非ポリマー1,00715
水1267
1
B: RNA (62-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,74510
ポリマ－24,1971
非ポリマー5479
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: RNA (62-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6577
ポリマ－24,1971
非ポリマー4606
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.661, 92.661, 121.172
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-104-

MG

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要素

#1: RNA鎖 RNA (62-MER)


分子量: 24197.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-AMZ / AMINOIMIDAZOLE 4-CARBOXAMIDE RIBONUCLEOTIDE / AICAR / AICAR


分子量: 338.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N4O8P
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.36 % / 解説: Hexagonal bipyramids
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: LiSO4 and PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.816→30.33 Å / Num. obs: 14947 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 26.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化解像度: 2.816→30.33 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 1448 9.73 %
Rwork0.1858 --
obs0.1892 14885 99.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.816→30.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2653 57 7 2717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023015
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8294692
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.851494
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031626
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003128
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8162-2.91680.45721360.41171267X-RAY DIFFRACTION96
2.9168-3.03350.38331340.30841355X-RAY DIFFRACTION100
3.0335-3.17140.27941500.24321312X-RAY DIFFRACTION100
3.1714-3.33840.26881410.20391335X-RAY DIFFRACTION100
3.3384-3.54730.23151650.19071333X-RAY DIFFRACTION100
3.5473-3.82070.28591510.20641288X-RAY DIFFRACTION97
3.8207-4.20430.15741360.14841364X-RAY DIFFRACTION100
4.2043-4.81050.17561350.14721362X-RAY DIFFRACTION100
4.8105-6.05290.19751550.15141371X-RAY DIFFRACTION100
6.0529-30.33220.20261450.18871450X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.0221-2.42152.35663.29562.53056.57840.77241.1471-1.1534-0.9964-0.2012.46451.0527-2.1781-0.49880.94670.0774-0.2781.87840.34421.522915.4382-22.6429-54.573
25.03383.9766-2.39363.1264-0.59576.02310.32780.4813-0.0465-0.0219-0.0134-0.55870.12940.2664-0.28010.2508-0.0097-0.04140.6710.04740.729931.0328-33.7682-33.1163
37.6957-5.2362-6.02075.48413.94575.4826-0.3689-1.01081.29212.14850.6145-1.2690.29741.7822-0.2550.7509-0.06350.00010.9702-0.14390.876241.881-24.3305-28.1897
44.76841.52250.63974.4957-0.84784.10140.30811.19020.832-0.41070.50841.5908-0.6571-0.92280.12170.56250.11130.02911.02470.4291.186821.3223-22.5777-42.1807
56.6729-5.63652.4096.77760.85055.27270.18030.42582.01380.29440.97161.992-2.3337-1.08610.2130.882-0.02270.2540.94960.56211.635425.7369-13.7136-38.0374
63.79772.1922-5.44134.0593-4.61949.3525-1.5721-0.5190.85160.60881.6261-3.17041.2181.9737-0.271.53190.10830.27921.7825-0.6541.897730.1932-53.1662-58.5688
74.37773.86232.76042.99481.68795.81110.3693-0.3134-0.36580.4465-0.1495-0.01470.2301-0.1575-0.26730.4236-0.049-0.02570.70120.00820.761310.6449-50.3529-33.8271
83.62172.5801-0.63083.1705-0.40313.7255-0.21350.691-1.4639-0.53550.4794-1.39790.56210.83971.12940.69170.04820.11441.0975-0.44321.32523.0936-57.0059-45.9194
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 6 through 14 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 15 through 28 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 29 through 34 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 35 through 69 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 70 through 75 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 6 through 13 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 14 through 34 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 35 through 75 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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