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- PDB-5bt3: Crystal structure of EP300 bromodomain in complex with SGC-CBP30 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bt3
タイトルCrystal structure of EP300 bromodomain in complex with SGC-CBP30 chemical probe
要素Histone acetyltransferase p300
キーワードTRANSCRIPTION / p300 / transcription regulation / histone acetyltransferase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


behavioral defense response / negative regulation of protein oligomerization / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / swimming / peptide butyryltransferase activity / regulation of tubulin deacetylation ...behavioral defense response / negative regulation of protein oligomerization / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / swimming / peptide butyryltransferase activity / regulation of tubulin deacetylation / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H2B acetyltransferase activity / internal protein amino acid acetylation / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / protein propionyltransferase activity / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / thigmotaxis / L-lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / positive regulation of TORC2 signaling / internal peptidyl-lysine acetylation / histone H4 acetyltransferase activity / cellular response to L-leucine / histone H3 acetyltransferase activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / acetylation-dependent protein binding / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / NGF-stimulated transcription / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K18 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / histone H3K27 acetyltransferase activity / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Polo-like kinase mediated events / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / host-mediated activation of viral transcription / TGFBR3 expression / regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of mitochondrion organization / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / RUNX3 regulates NOTCH signaling / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / face morphogenesis / platelet formation / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / regulation of glycolytic process / TRAF6 mediated IRF7 activation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / megakaryocyte development / protein-lysine-acetyltransferase activity / nuclear androgen receptor binding / acyltransferase activity / STAT family protein binding / protein acetylation / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / acetyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / PI5P Regulates TP53 Acetylation / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / fat cell differentiation / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Zygotic genome activation (ZGA) / histone acetyltransferase complex / RUNX3 regulates p14-ARF / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / canonical NF-kappaB signal transduction / NF-kappaB binding / negative regulation of gluconeogenesis / pre-mRNA intronic binding / Attenuation phase / somitogenesis / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / cellular response to nutrient levels / histone acetyltransferase activity / skeletal muscle tissue development / histone acetyltransferase / regulation of cellular response to heat / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / : / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / positive regulation of TORC1 signaling / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / CD209 (DC-SIGN) signaling / negative regulation of autophagy / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / lung development / SUMOylation of transcription cofactors / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2LO / ISOPROPYL ALCOHOL / Histone acetyltransferase p300
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Tallant, C. / Hay, D. / Krojer, T. / Nunez-Alonso, G. / Picaud, S. / Newman, J.A. / Fedorov, O. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Tallant, C. / Hay, D. / Krojer, T. / Nunez-Alonso, G. / Picaud, S. / Newman, J.A. / Fedorov, O. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Brennan, P.E. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of EP300 bromodomain in complex with a 3,5-dimethylisoxazol ligand
著者: Tallant, C. / Hay, D. / Krojer, T. / Nunez-Alonso, G. / Picaud, S. / Newman, J.A. / Fedorov, O. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Brennan, P.E. / Knapp, S.
履歴
登録2015年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone acetyltransferase p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3963
ポリマ－13,8271
非ポリマー5692
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area180 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area6920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.431, 53.431, 77.003
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Histone acetyltransferase p300 / p300 HAT / E1A-associated protein p300 / EP300


分子量: 13826.797 Da / 分子数: 1 / 断片: bromodomain, UNP residues 1048-1161 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EP300, P300 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 詳細 (発現宿主): LIC-cloning / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: Q09472, histone acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-2LO / 2-[2-(3-chloro-4-methoxyphenyl)ethyl]-5-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-1-[(2S)-2-(morpholin-4-yl)propyl]-1H-benzimidazole / CBP-30


分子量: 509.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H33ClN4O3
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M tri-sodium citrate dihydrate pH 5.6, 20% iso-propanol, 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→46.27 Å / Num. all: 604305 / Num. obs: 56052 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 6.234 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.021 / Net I/av σ(I): 4.6 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.05→1.1 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.374 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3I3J

3i3j


解像度: 1.05→46.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 0.321 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.178 2776 5 %RANDOM
Rwork0.16498 ---
obs0.1656 53225 95.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.313 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.02 Å2-0 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.05→46.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数958 0 40 189 1187
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.021049
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.02982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3842.0281432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9893.0162271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2275119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.1924.70651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.25615179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.14156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02233
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5280.774467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5150.77466
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8671.158586
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.8681.161587
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8340.873582
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8330.873583
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.3511.266846
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.3457.4891479
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.3447.491480
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.047→1.075 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 116 -
Rwork0.241 2619 -
obs--63.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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