PDB-5bsy: Crystal structure of GII.10 P domain in complex with lemon juice

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bsy

タイトル

Crystal structure of GII.10 P domain in complex with lemon juice

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / citrate / lemon / norovirus / protruding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norwalk virus (ノロウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Koromyslova, A.D. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: Virology / 年: 2015
タイトル: Treatment of norovirus particles with citrate.
著者: Koromyslova, A.D. / White, P.A. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2015年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bsy.cif.gz	269.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bsy.ent.gz	215.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bsy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5bsy_validation.pdf.gz	474.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5bsy_full_validation.pdf.gz	477 KB	表示
XML形式データ	5bsy_validation.xml.gz	30.1 KB	表示
CIF形式データ	5bsy_validation.cif.gz	46.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/5bsy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/5bsy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5bsxC 3onuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z4u-d 4z4s-d 4z4t-d 3q6q-d 4wze-d 4z4v-d 3q38-d 5hza-d 5f4o-d 3ry8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (4)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
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グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
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糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

ヘテロ分子

69.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.080, 79.750, 69.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.980, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Auth seq-ID: 225 - 538 / Label seq-ID: 2 - 315

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B

#1: タンパク質	Capsid protein 分子量: 34506.660 Da / 分子数: 2 / 断片: protruding domain, residues 224-538 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norwalk virus (ノロウイルス) / 株: GII.10 / プラスミド: pMBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5F4T5
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#4: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 668 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.04 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: sodium nitrate, bis-tris propane, PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9845 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月4日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9845 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→43.45 Å / Num. obs: 91761 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 19.23 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_rim(I) all: 0.064 / R_sym value: 0.061 / Χ²: 0.985 / Net I/σ(I): 15.04 / Num. measured all: 397784

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.64		4.3	0.705	0.661	1.8	28685	6777	6666	0.755	98.4
1.64-1.68			0.799	0.541	2.26	28840	6606	6600	0.617	99.9
1.68-1.73			0.866	0.428	2.87	27748	6453	6441	0.489	99.8
1.73-1.79			0.906	0.344	3.46	25577	6261	6208	0.394	99.2
1.79-1.85			0.938	0.279	4.47	25698	6062	6032	0.319	99.5
1.85-1.91			0.963	0.23	5.57	26150	5877	5871	0.261	99.9
1.91-1.98			0.974	0.184	6.91	24984	5685	5672	0.209	99.8
1.98-2.06			0.985	0.141	8.79	23409	5414	5405	0.161	99.8
2.06-2.16			0.989	0.113	10.75	21378	5248	5206	0.129	99.2
2.16-2.26			0.991	0.098	12.7	21817	5003	4982	0.111	99.6
2.26-2.38			0.994	0.081	15.41	21318	4759	4756	0.092	99.9
2.38-2.53			0.995	0.071	17.65	19994	4505	4492	0.081	99.7
2.53-2.7			0.996	0.062	20.18	18313	4226	4221	0.07	99.9
2.7-2.92			0.998	0.048	24.54	16489	3942	3912	0.055	99.2
2.92-3.2			0.999	0.037	33.53	16700	3671	3661	0.042	99.7
3.2-3.57			0.999	0.029	41.9	14694	3287	3279	0.033	99.8
3.57-4.13			0.999	0.024	48.75	11894	2928	2904	0.027	99.2
4.13-5.05			0.999	0.02	57.98	11184	2471	2469	0.023	99.9
5.05-7.15			0.999	0.022	52.77	8387	1921	1913	0.025	99.6
	7.15		1	0.018	63.4	4525	1091	1071	0.02	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ONU

3onu

解像度: 1.6→43.446 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1886	4585	5 %
R_work	0.16	87135	-
obs	0.1615	91720	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.54 Å² / B_iso mean: 27.2384 Å² / B_iso min: 11.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→43.446 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4758	0	37	668	5463
B_iso mean	-	-	40.1	37.82	-
残基数	-	-	-	-	624

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5024
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.05	6902
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	770
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	923
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.95	1781

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2804	X-RAY DIFFRACTION	7.385	TORSIONAL
1	2	B	2804	X-RAY DIFFRACTION	7.385	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5984-1.6165	0.3504	147	0.3049	2798	2945	97
1.6165-1.6356	0.2541	152	0.2598	2886	3038	100
1.6356-1.6555	0.2681	154	0.2498	2931	3085	100
1.6555-1.6765	0.2691	152	0.2321	2893	3045	100
1.6765-1.6985	0.2445	151	0.2186	2867	3018	100
1.6985-1.7218	0.2748	154	0.2131	2924	3078	100
1.7218-1.7464	0.2569	153	0.2114	2908	3061	100
1.7464-1.7725	0.2073	153	0.1943	2888	3041	99
1.7725-1.8001	0.2251	149	0.1885	2840	2989	98
1.8001-1.8297	0.2035	154	0.1754	2920	3074	100
1.8297-1.8612	0.2101	153	0.166	2908	3061	100
1.8612-1.8951	0.1693	152	0.1682	2881	3033	100
1.8951-1.9315	0.2063	154	0.164	2927	3081	100
1.9315-1.9709	0.1984	151	0.1637	2872	3023	100
1.9709-2.0138	0.1986	153	0.1638	2913	3066	100
2.0138-2.0606	0.1676	153	0.163	2900	3053	100
2.0606-2.1122	0.176	154	0.1506	2922	3076	100
2.1122-2.1693	0.1775	151	0.1562	2883	3034	98
2.1693-2.2331	0.1962	152	0.1582	2879	3031	100
2.2331-2.3052	0.1851	154	0.1583	2916	3070	100
2.3052-2.3876	0.1651	154	0.1501	2931	3085	100
2.3876-2.4831	0.1868	153	0.1558	2909	3062	100
2.4831-2.5961	0.1912	154	0.1577	2918	3072	100
2.5961-2.733	0.1825	152	0.1602	2904	3056	100
2.733-2.9042	0.178	153	0.1581	2898	3051	99
2.9042-3.1284	0.1797	154	0.1579	2933	3087	100
3.1284-3.4431	0.1566	154	0.1517	2944	3098	100
3.4431-3.941	0.1757	153	0.1388	2913	3066	100
3.941-4.9641	0.1713	155	0.1256	2953	3108	100
4.9641-43.4624	0.2	157	0.1634	2976	3133	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1119	-0.1088	0.1449	2.2914	-0.0641	2.2111	-0.0014	0.1486	-0.051	-0.1547	0.0083	-0.0003	0.0463	0.0258	0.0094	0.1159	-0.0018	0.0139	0.1404	-0.0088	0.1003	10.0529	-0.8064	2.1956
2	4.6198	-1.9553	-3.9497	1.7791	2.4555	6.5233	0.0474	-0.0037	0.2599	0.0014	0.1435	-0.0785	-0.3315	0.1354	-0.206	0.1202	-0.0252	-0.0113	0.0901	-0.0037	0.1268	13.6281	9.7306	12.9699
3	7.0636	-0.1201	-3.477	3.9148	-0.0859	4.2665	-0.1439	0.0961	0.1751	0.1148	0.1661	0.3686	-0.142	-0.3908	-0.0717	0.2111	0.0378	-0.0553	0.1506	-0.0185	0.1595	0.7278	16.3611	24.3848
4	1.2446	-0.2645	0.6813	1.4564	-0.7245	3.7627	-0.074	-0.1849	0.1332	0.2389	0.1014	-0.0027	-0.2917	-0.1795	-0.023	0.1722	0.045	0.0048	0.1221	-0.0233	0.1585	2.5274	11.5545	24.01
5	0.9845	0.0465	0.0044	1.1735	-0.0472	1.3565	-0.0495	0.1654	0.0677	-0.1239	0.1147	0.0992	-0.0932	-0.1508	-0.0638	0.1266	0.0076	-0.0051	0.1639	0.0176	0.1357	0.3022	5.5652	6.7108
6	2.7384	0.8785	0.5153	1.4424	0.0942	2.2144	0.0127	0.3844	-0.1835	-0.2093	0.0411	-0.1278	0.147	0.2332	-0.0327	0.1998	0.0211	0.0354	0.2409	-0.0349	0.1484	15.3536	-3.2013	-3.6153
7	7.5201	2.819	0.4454	1.733	-1.7707	5.6317	-0.2416	0.7662	-0.1459	-0.3604	0.121	0.126	-0.051	0.2018	0.1235	0.3574	0.0265	0.0777	0.3546	-0.1037	0.2033	17.843	-3.1774	-12.9609
8	1.8108	0.7313	0.3663	1.2853	0.0266	0.7162	0.0648	-0.124	-0.065	0.1202	-0.0084	-0.0277	0.0592	0.0078	-0.049	0.1413	0.0163	-0.0066	0.1217	0.0026	0.1518	17.659	-8.6033	24.5405
9	2.0972	-0.3823	0.6014	1.1584	-0.0787	1.2271	0.0349	-0.0873	-0.292	0.0245	0.0659	0.1145	0.1465	-0.116	-0.09	0.1537	-0.022	0.0083	0.1257	0.0422	0.1778	6.421	-14.4535	26.0443
10	2.2408	-0.2798	-0.0405	0.9803	0.2783	1.3862	0.019	0.0601	0.0898	0.0137	0.0786	-0.2843	-0.1012	0.2725	-0.105	0.1582	-0.0104	-0.0133	0.1886	-0.0268	0.2332	33.3675	-0.9847	23.5098

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 225 through 266 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 267 through 290 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 291 through 317 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 318 through 390 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 391 through 455 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 456 through 521 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 522 through 538 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 225 through 307 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 308 through 426 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 427 through 538 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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