PDB-5bs5: EPSP synthase from Acinetobacter baumannii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bs5

タイトル

EPSP synthase from Acinetobacter baumannii

要素

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Shikimate Pathway / Nucleoside monophosphate (NMP) kinase family / amino acid biosynthesis / ATP-binding / Kinase / nucleotide binding / Synthase

機能・相同性

Enolpyruvate transferase domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Sutton, K.A. / Schultz, L.W. / Russo, T.A. / Breen, J. / Umland, T.C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: EPSP synthase from Acinetobacter baumannii
著者: Sutton, K.A. / Schultz, L.W. / Russo, T.A. / Breen, J. / Umland, T.C.

履歴

登録	2015年6月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bs5.cif.gz	477.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bs5.ent.gz	400.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bs5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5bs5_validation.pdf.gz	425.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5bs5_full_validation.pdf.gz	427.3 KB	表示
XML形式データ	5bs5_validation.xml.gz	32.7 KB	表示
CIF形式データ	5bs5_validation.cif.gz	47 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/5bs5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/5bs5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5buf-2 1rf5-4 4e7f-2 4e7e-1 4e7e-4 1pn3-2 4e7c-4 4e7d-4 3roi-1 2gg4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

B: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

93.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.807, 103.896, 113.155
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and segid A
2	1	chain B and segid A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A and segid A	A	0
2	1	1	chain B and segid A	B	0

#1: タンパク質	3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / EPSP synthase 分子量: 46877.328 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 312-756 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 株: ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377 / 遺伝子: A1S_2276 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A3M705, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / EPSP synthase

分子量: 46877.328 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 312-756 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377 / 遺伝子: A1S_2276 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A3M705, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.42 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M Bis-Tris Propane, pH 7.0, 0.1M Potassium Bromide, 40% PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.033 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.49→31.958 Å / Num. obs: 30902 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 32.25 Å² / R_merge(I) obs: 0.103 / Χ²: 1.273 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 134827

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.49-2.57	4.4	0.471	1525	1.845	96
2.54-2.59	4.4	0.434	1519	1.567	100
2.59-2.64	4.4	0.357	1545	2.785	99.4
2.64-2.69	4.4	0.352	1494	1.602	99.5
2.69-2.75	4.4	0.301	1548	1.469	99.5
2.75-2.82	4.4	0.264	1509	1.01	99.8
2.82-2.89	4.4	0.228	1533	1.045	99.9
2.89-2.96	4.4	0.198	1559	1.052	99.7
2.96-3.05	4.4	0.188	1512	1.344	99.7
3.05-3.15	4.4	0.163	1548	1.145	99.8
3.15-3.26	4.4	0.138	1519	1.044	99.7
3.26-3.39	4.4	0.119	1549	1.083	99.9
3.39-3.55	4.4	0.095	1553	1.015	99.9
3.55-3.73	4.4	0.082	1543	1.021	99.8
3.73-3.97	4.3	0.069	1563	1.021	99.9
3.97-4.27	4.3	0.056	1560	1.071	99.9
4.27-4.7	4.3	0.048	1568	1.057	99.8
4.7-5.38	4.3	0.047	1586	1.138	99.9
5.38-6.78	4.2	0.049	1617	1.001	99.9
6.78-50	3.9	0.032	1660	1.112	97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1682)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 2.49→31.958 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2249	1556	5.04 %
R_work	0.1722	29346	-
obs	0.1749	30902	99.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 128.38 Å² / B_iso mean: 41.3601 Å² / B_iso min: 12.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.49→31.958 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6481	0	0	328	6809
B_iso mean	-	-	-	32.63	-
残基数	-	-	-	-	881

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6587
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.791	8900
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	1028
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1165
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.569	2422

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4940	X-RAY DIFFRACTION	14.376	TORSIONAL
1	2	B	4940	X-RAY DIFFRACTION	14.376	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.49-2.5708	0.2905	114	0.234	2564	2678	96
2.5708-2.6626	0.3049	135	0.24	2635	2770	99
2.6626-2.7692	0.2828	140	0.2319	2617	2757	99
2.7692-2.8952	0.2468	134	0.2101	2645	2779	100
2.8952-3.0477	0.2892	142	0.1967	2652	2794	100
3.0477-3.2385	0.2553	143	0.1999	2659	2802	100
3.2385-3.4882	0.2647	154	0.1913	2653	2807	100
3.4882-3.8387	0.2199	130	0.1604	2681	2811	100
3.8387-4.393	0.1716	161	0.133	2698	2859	100
4.393-5.53	0.1834	142	0.1329	2720	2862	100
5.53-31.9609	0.1835	161	0.1409	2822	2983	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2244	1.8363	1.2111	1.7157	0.6692	1.3825	-0.1077	0.2489	-0.1864	-0.0013	0.1749	-0.2665	-0.0175	0.3663	-0.0019	0.2485	0.0046	0.0318	0.2441	0.0251	0.2029	2.2755	35.0783	-18.9194
2	2.0815	0.0831	-0.2611	2.1176	0.1524	2.3824	0.0275	-0.1677	-0.0002	0.1497	-0.0396	-0.0041	0.1002	0.2103	0.0295	0.198	-0.0108	-0.0062	0.2165	0.0029	0.1885	-2.4095	10.4668	-24.0992
3	0.4814	1.2514	0.413	3.0987	1.1537	1.2274	0.0401	-0.1079	0.0551	0.2527	-0.1872	0.373	-0.0393	-0.0916	0.156	0.2234	0.0321	0.0464	0.2613	-0.0294	0.2794	-9.1989	29.2692	-12.6321
4	3.0135	-0.2305	1.0424	2.5333	0.6167	2.6701	0.0143	0.041	-0.1505	0.2886	0.0706	-0.0381	0.1936	0.1651	-0.084	0.2716	0.0298	0.0024	0.2201	-0.0229	0.2187	6.4809	35.988	-5.852
5	1.3385	-0.097	-0.1898	2.5648	-1.5424	1.9849	0.0528	-0.1977	0.0616	0.4591	-0.0017	0.1543	-0.4142	-0.1699	-0.0742	0.321	-0.0052	-0.0617	0.2864	0.0256	0.2601	37.0809	26.9704	-38.6212
6	3.0919	0.9196	-0.6308	1.3117	-0.2087	1.4932	-0.0747	-0.3122	-0.4787	0.0122	-0.0483	-0.1475	0.0448	0.0444	0.0923	0.233	0.0165	0.0024	0.2607	0.0841	0.3351	29.0092	2.5811	-32.7616
7	1.4664	0.6716	-1.0461	3.8922	-1.3847	1.4104	0.0058	-0.1034	-0.2956	-0.2079	-0.2348	-0.3279	0.0054	0.0958	0.2473	0.2069	0.0135	-0.0236	0.3102	0.0312	0.2767	44.3636	16.3823	-44.2279
8	2.6239	-1.6075	0.4443	2.9881	-1.1143	2.8913	0.2449	0.3457	-0.1927	-0.3546	-0.1089	0.4514	-0.2573	-0.5374	-0.1075	0.3647	0.0658	-0.0624	0.382	-0.0086	0.3638	34.398	29.9399	-51.9689

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 312:345 )	A	312 - 345
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 346:517 )	A	346 - 517
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 518:594 )	A	518 - 594
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 595:756 )	A	595 - 756
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 313:344 )	B	313 - 344
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 345:517 )	B	345 - 517
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 518:594 )	B	518 - 594
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 595:756 )	B	595 - 756

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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