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- PDB-5bs1: Crystal structure of RbcX-IIa from Chlamydomonas reinhardtii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bs1
タイトルCrystal structure of RbcX-IIa from Chlamydomonas reinhardtii
要素CrRbcX-IIa
キーワードCHAPERONE / RbcX
機能・相同性
機能・相同性情報


ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / carbon fixation / protein folding chaperone / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Chaperonin-like RbcX / Chaperonin-like RbcX superfamily / RbcX protein / Chaperonin-like RbcX / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Bracher, A. / Hauser, T. / Liu, C. / Hartl, F.U. / Mayer-Hartl, M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Structural Analysis of the Rubisco-Assembly Chaperone RbcX-II from Chlamydomonas reinhardtii.
著者: Bracher, A. / Hauser, T. / Liu, C. / Hartl, F.U. / Hayer-Hartl, M.
履歴
登録2015年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CrRbcX-IIa
B: CrRbcX-IIa
C: CrRbcX-IIa
D: CrRbcX-IIa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8835
ポリマ－56,8594
非ポリマー241
水6,990388
1
A: CrRbcX-IIa
B: CrRbcX-IIa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4543
ポリマ－28,4292
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area13180 Å2
手法PISA
2
C: CrRbcX-IIa
D: CrRbcX-IIa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4292
ポリマ－28,4292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area12690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.133, 52.989, 61.561
Angle α, β, γ (deg.)76.490, 81.100, 70.100
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A34 - 156
2010B34 - 156
1020A34 - 153
2020C34 - 153
1030A34 - 154
2030D34 - 154
1040B34 - 153
2040C34 - 153
1050B34 - 154
2050D34 - 154
1060C34 - 154
2060D34 - 154

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
CrRbcX-IIa


分子量: 14214.679 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 35-155 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: CGL41, CHLREDRAFT_162607 / プラスミド: pHue / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8HQH2
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 5 % PEG-3350, 0.2 M MgCl2, 50 mM Tris-HCl pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.9791
Reflection冗長度: 2.4 % / 数: 137620 / Rsym value: 0.049 / D res high: 1.498 Å / D res low: 48.87 Å / Num. obs: 56366 / % possible obs: 84.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
4.7348.8710.0330.0332.5
3.344.7310.0330.0332.4
2.733.3410.0380.0382.5
2.362.7310.0450.0452.6
2.112.3610.0560.0562.4
1.932.1110.0750.0752.6
1.791.9310.1170.1172.4
1.671.7910.1760.1762.5
1.581.6710.2330.2332.4
1.4991.5810.3080.3082
反射解像度: 1.498→48.87 Å / Num. all: 56366 / Num. obs: 56366 / % possible obs: 84.2 % / 冗長度: 2.4 % / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.087 / Rsym value: 0.049 / Net I/av σ(I): 9.455 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 137620
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.498-1.5820.3082.4713934990.2730.3082.436.8
1.58-1.672.40.2333.21497263160.2080.2333.468.1
1.67-1.792.50.1764.22083483290.1540.1764.595.1
1.79-1.932.40.1176.11887377870.1070.1176.495.7
1.93-2.112.60.0759.21856072370.0730.0759.796.3
2.11-2.362.40.05612.41592765230.060.05612.896.9
2.36-2.732.60.04514.81487758250.050.0451697.6
2.73-3.342.50.03816.21212549390.0450.03819.398
3.34-4.732.40.03317.8917638190.0370.0332498.3
4.73-48.872.50.03317513720920.0450.03324.298.6

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.9データスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / WRfactor Rfree: 0.2142 / WRfactor Rwork: 0.1831 / FOM work R set: 0.8778 / SU B: 1.719 / SU ML: 0.061 / SU R Cruickshank DPI: 0.1058 / SU Rfree: 0.0999 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 2585 5 %RANDOM
Rwork0.1772 ---
obs0.1787 49112 94.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.4 Å2 / Biso mean: 18.804 Å2 / Biso min: 6.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å20.37 Å2-0.04 Å2
2---0.13 Å20.04 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3658 0 1 388 4047
Biso mean--32.9 29.4 -
残基数----471
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193871
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.023687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5091.9895224
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.41338426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9265492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.2122.473186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.94815565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2341547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02940
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A57090.18
12B57090.18
21A63140.12
22C63140.12
31A55510.18
32D55510.18
41B54410.18
42C54410.18
51B57480.13
52D57480.13
61C54390.18
62D54390.18
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 137 -
Rwork0.229 2589 -
all-2726 -
obs--66.6 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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