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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5bs1 | ||||||
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Title | Crystal structure of RbcX-IIa from Chlamydomonas reinhardtii | ||||||
![]() | CrRbcX-IIa | ||||||
![]() | CHAPERONE / RbcX | ||||||
Function / homology | ![]() ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / carbon fixation / protein folding chaperone / photosynthesis Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bracher, A. / Hauser, T. / Liu, C. / Hartl, F.U. / Mayer-Hartl, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Analysis of the Rubisco-Assembly Chaperone RbcX-II from Chlamydomonas reinhardtii. Authors: Bracher, A. / Hauser, T. / Liu, C. / Hartl, F.U. / Hayer-Hartl, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 111.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 93.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 455.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 462.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 23.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 34.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 14214.679 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 35-155 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-MG / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.93 Å3/Da / Density % sol: 36.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: 5 % PEG-3350, 0.2 M MgCl2, 50 mM Tris-HCl pH 8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 25, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 2.4 % / Number: 137620 / Rsym value: 0.049 / D res high: 1.498 Å / D res low: 48.87 Å / Num. obs: 56366 / % possible obs: 84.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.498→48.87 Å / Num. all: 56366 / Num. obs: 56366 / % possible obs: 84.2 % / Redundancy: 2.4 % / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.087 / Rsym value: 0.049 / Net I/av σ(I): 9.455 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 137620 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 58.4 Å2 / Biso mean: 18.804 Å2 / Biso min: 6.38 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→30 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
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