+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5bs1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of RbcX-IIa from Chlamydomonas reinhardtii | ||||||
Components | CrRbcX-IIa | ||||||
Keywords | CHAPERONE / RbcX | ||||||
Function / homology | Function and homology information ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / carbon fixation / protein folding chaperone / photosynthesis Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Chlamydomonas reinhardtii (plant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Bracher, A. / Hauser, T. / Liu, C. / Hartl, F.U. / Mayer-Hartl, M. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2015 Title: Structural Analysis of the Rubisco-Assembly Chaperone RbcX-II from Chlamydomonas reinhardtii. Authors: Bracher, A. / Hauser, T. / Liu, C. / Hartl, F.U. / Hayer-Hartl, M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5bs1.cif.gz | 111.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5bs1.ent.gz | 93.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5bs1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5bs1_validation.pdf.gz | 455.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5bs1_full_validation.pdf.gz | 462.7 KB | Display | |
Data in XML | 5bs1_validation.xml.gz | 23.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5bs1_validation.cif.gz | 34.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/5bs1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/5bs1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 14214.679 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 35-155 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chlamydomonas reinhardtii (plant) / Gene: CGL41, CHLREDRAFT_162607 / Plasmid: pHue / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A8HQH2 #2: Chemical | ChemComp-MG / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.93 Å3/Da / Density % sol: 36.11 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: 5 % PEG-3350, 0.2 M MgCl2, 50 mM Tris-HCl pH 8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 25, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 2.4 % / Number: 137620 / Rsym value: 0.049 / D res high: 1.498 Å / D res low: 48.87 Å / Num. obs: 56366 / % possible obs: 84.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.498→48.87 Å / Num. all: 56366 / Num. obs: 56366 / % possible obs: 84.2 % / Redundancy: 2.4 % / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.087 / Rsym value: 0.049 / Net I/av σ(I): 9.455 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 137620 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-Phasing
Phasing | Method: SAD |
---|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / WRfactor Rfree: 0.2142 / WRfactor Rwork: 0.1831 / FOM work R set: 0.8778 / SU B: 1.719 / SU ML: 0.061 / SU R Cruickshank DPI: 0.1058 / SU Rfree: 0.0999 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.1 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 58.4 Å2 / Biso mean: 18.804 Å2 / Biso min: 6.38 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→30 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
|