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万見
- PDB-5bqt: Structure of TrmBL2, an archaeal chromatin protein, shows a novel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bqt
タイトルStructure of TrmBL2, an archaeal chromatin protein, shows a novel mode of DNA binding.
要素Putative HTH-type transcriptional regulator TrmBL2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Chromatin binding protein / archaea
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / Transcription regulator TrmB, C-terminal / Archaeal transcriptional regulator TrmB / Transcription regulator TrmB, N-terminal / Sugar-specific transcriptional regulator TrmB / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...: / : / Transcription regulator TrmB, C-terminal / Archaeal transcriptional regulator TrmB / Transcription regulator TrmB, N-terminal / Sugar-specific transcriptional regulator TrmB / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative HTH-type transcriptional regulator TrmBL2
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ahmad, M.U. / Diederichs, K. / Welte, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural Insights into Nonspecific Binding of DNA by TrmBL2, an Archaeal Chromatin Protein.
著者: Ahmad, M.U. / Waege, I. / Hausner, W. / Thomm, M. / Boos, W. / Diederichs, K. / Welte, W.
履歴
登録2015年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact ...pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative HTH-type transcriptional regulator TrmBL2
B: Putative HTH-type transcriptional regulator TrmBL2
C: Putative HTH-type transcriptional regulator TrmBL2
D: Putative HTH-type transcriptional regulator TrmBL2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,7656
ポリマ－121,6854
非ポリマー802
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18750 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area47860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.298, 235.143, 63.511
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and ( resseq 2:225 or resseq 236:263 )
21chain B and ( resseq 2:225 or resseq 236:263 )
12chain C and (resseq 2:263)
22chain D and (resseq 2:263)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and ( resseq 2:225 or resseq 236:263 )A2 - 225
121chain A and ( resseq 2:225 or resseq 236:263 )A236 - 263
211chain B and ( resseq 2:225 or resseq 236:263 )B2 - 225
221chain B and ( resseq 2:225 or resseq 236:263 )B236 - 263
112chain C and (resseq 2:263)C2 - 263
212chain D and (resseq 2:263)D2 - 263

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質
Putative HTH-type transcriptional regulator TrmBL2


分子量: 30421.264 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U3H1
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2M Calcium acetate and 21% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 25362 / Num. obs: 25362 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.99
反射 シェル解像度: 3.001→3.108 Å / 冗長度: 6.4 % / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BPD

5bpd


解像度: 3→47.836 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.31 / 位相誤差: 34.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2888 2325 4.91 %
Rwork0.2326 --
obs0.2355 25362 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 776.03 Å2 / Biso mean: 146.3258 Å2 / Biso min: 55.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→47.836 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8482 0 2 0 8484
Biso mean--495.42 --
残基数----1038
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3048X-RAY DIFFRACTION9.134TORSIONAL
12B3048X-RAY DIFFRACTION9.134TORSIONAL
21C3208X-RAY DIFFRACTION9.134TORSIONAL
22D3208X-RAY DIFFRACTION9.134TORSIONAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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