PDB-5bqa: Structure of the yeast F1FO ATPase C10 ring with oligomycin C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bqa

タイトル

Structure of the yeast F1FO ATPase C10 ring with oligomycin C

要素

ATP synthase subunit 9, mitochondrial

キーワード

MEMBRANE PROTEIN/ANTIBIOTIC / C10 ring / F1FO ATP synthase / oligomycin C / mitochondria / membrane / protein-antibiotic complex / MEMBRANE PROTEIN-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / lipid binding / mitochondrion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Symersky, J. / Xu, T. / Mueller, D.M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the yeast F1FO ATPase C10 ring with oligomycin C
著者: Mueller, D.M.

履歴

登録	2015年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月11日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5bqa.ent.gz	239.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	5bqa_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
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関連構造データ

関連構造データ	4f4sS 5bps 5bq6 5bqj S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5bqj-2 5bps-2 5bps-1 4f4s-2 5bqj-1 5bq6-1 6a09-4 4f4s-1 5bq6-2 3u32-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (7) #72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

B: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

C: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

D: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

E: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

K: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

L: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

M: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

N: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

O: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

ヘテロ分子

83.3 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

B: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

C: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

D: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

E: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

ヘテロ分子

A: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

B: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

C: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

D: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

E: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
84.1 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

K: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

L: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

M: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

N: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

O: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

ヘテロ分子

K: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

L: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

M: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

N: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

O: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.6 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.068, 76.068, 488.485
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質	ATP synthase subunit 9, mitochondrial / Lipid-binding protein / Oligomycin resistance protein 1 分子量: 7790.385 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: P61829, 加水分解酵素; 酸無水物に作用
#2: 化合物	ChemComp-EF4 / oligomycin C 分子量: 775.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₅H₇₄O₁₀
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.45 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 68% MPD, 8% propylene glycol, 0.3 M sodium chloride, 2 mM magnesium sulfate, 50 mM MES, pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月1日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 42547 / Num. obs: 42547 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 22.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.557 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.6.0117	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 4F4S

4f4s

解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 10.653 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24983	2144	5 %	RANDOM
R_work	0.20342	-	-	-
obs	0.20581	40381	99.13 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.49 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5299	0	385	117	5801

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.02	5996
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.344	2.066	8204
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.002	5	827
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.105	23.178	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.367	15	894
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.592	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4068
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	128	-
R_work	0.241	2596	-
obs	-	-	95.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.862	-0.0397	-2.1116	0.5091	-0.8559	19.2513	0.1291	-0.2122	0.1133	0.1012	0.1081	-0.0491	-0.5345	0.5329	-0.2372	0.0486	-0.0154	-0.0136	0.076	-0.0238	0.1026	48.5705	8.2129	32.0586
2	0.6106	-0.2042	-1.4338	0.3404	-0.4084	22.0471	-0.1634	-0.1816	-0.0256	0.1442	-0.029	-0.1165	-0.1207	1.0314	0.1924	0.1939	-0.0795	0.0002	0.1647	-0.0045	0.2089	51.231	16.0077	28.1034
3	0.8057	-0.0189	-1.0561	0.4477	-1.903	21.0965	0.1173	-0.194	0.119	0.1575	0.0793	0.0657	-0.6261	0.2198	-0.1966	0.0899	0.0038	0.0142	0.0641	-0.014	0.1115	41.7123	12.7898	32.0194
4	0.6539	-0.1597	-0.3538	0.3026	-2.0601	18.895	-0.067	-0.2028	0.1313	0.2306	0.0026	-0.044	-1.296	0.3484	0.0644	0.3318	-0.0506	0.0102	0.0784	-0.0545	0.192	39.2821	20.7464	28.5651
5	1.0537	0.1583	0.4059	0.5446	-2.8108	17.6095	0.2346	-0.175	0.1166	0.1911	0.0566	0.0841	-0.6039	-0.1133	-0.2912	0.1213	0.0246	0.0238	0.1083	-0.0164	0.0973	33.4356	12.5244	32.1563
6	0.6307	0.344	0.7158	0.4691	-1.9194	20.5893	-0.011	-0.2302	0.086	0.1563	-0.0971	0.0122	-1.1207	-0.3961	0.1081	0.2402	0.1072	0.0169	0.1388	-0.0298	0.2032	26.8982	17.4725	28.5694
7	0.9469	-0.0383	1.3025	0.6461	-1.5192	19.3641	0.0863	-0.1957	0.0353	0.1872	0.1444	0.1016	-0.4163	-0.2451	-0.2307	0.0652	0.022	0.0247	0.0798	-0.0066	0.1117	27.0371	7.4494	32.5532
8	0.3619	0.0391	1.1572	0.3898	-0.5458	21.7295	-0.0112	-0.1685	0.0673	0.1579	-0.0415	0.0542	-0.5787	-0.8193	0.0527	0.1089	0.0667	0.0342	0.1985	-0.0087	0.1876	18.792	7.6893	28.3046
9	0.8916	-0.1442	1.8583	0.5652	-0.3714	20.373	0.0817	-0.2312	-0.1149	0.1456	0.159	0.1268	0.1265	-0.4391	-0.2406	0.054	0.0121	0.0285	0.0926	0.0319	0.1103	24.6877	-0.5132	32.221
10	0.7504	-0.3971	3.4459	0.5468	-0.5533	21.0003	-0.117	-0.2154	-0.0153	0.1928	-0.0474	0.0853	-0.0764	-1.375	0.1644	0.084	-0.074	0.0225	0.2709	0.0158	0.1989	17.8689	-5.143	28.2697
11	0.8108	0.1091	1.4739	0.6847	2.0418	20.8672	0.2499	-0.2544	-0.1126	0.1816	0.0953	0.0369	0.4389	-0.0686	-0.3452	0.1234	-0.054	-0.0004	0.1068	0.03	0.0843	-8.3698	27.7229	31.8563
12	0.4462	-0.0824	-0.2483	0.7611	1.6881	14.0846	-0.1138	-0.1733	-0.05	0.2616	-0.2198	0.0244	0.7103	-0.5527	0.3335	0.1809	-0.0849	0.012	0.1807	0.0275	0.1835	-9.3526	19.483	28.6249
13	0.6615	0.118	1.7843	0.9461	2.4681	22.5163	0.1815	-0.23	-0.1064	0.2241	0.0519	-0.1109	0.3078	-0.2224	-0.2333	0.1234	-0.0511	-0.0374	0.0917	0.0375	0.1197	-0.746	24.7157	31.7879
14	0.7813	-0.0529	-0.5242	0.5037	1.9919	20.2855	-0.079	-0.2464	-0.1393	0.2276	-0.0848	-0.0592	1.0056	-0.1425	0.1637	0.1646	-0.011	-0.0261	0.0998	0.0634	0.1813	3.2664	17.3969	28.706
15	0.5	0.0841	-0.2397	0.8931	1.7505	21.4216	0.1561	-0.2086	-0.0867	0.2214	-0.0004	-0.0954	0.2829	0.2809	-0.1557	0.092	-0.0566	-0.0349	0.0892	0.0377	0.099	7.2519	26.7288	32.1337
16	1.0031	0.3112	-1.1407	0.9559	3.2624	26.4039	0.0365	-0.239	-0.0812	0.2697	-0.0827	-0.099	1.0266	0.4304	0.0462	0.1282	0.0437	-0.0415	0.1297	0.041	0.1872	14.9785	23.6421	27.6795
17	0.9714	0.1776	-1.3147	0.7918	0.8425	21.7741	0.1519	-0.2396	-0.0247	0.2362	0.0291	-0.1091	0.2421	0.2577	-0.181	0.0821	-0.0202	-0.0386	0.0737	0.0214	0.11	12.4875	33.1785	32.4447
18	0.9289	0.3702	-1.844	0.6403	0.8015	22.6962	-0.0024	-0.274	-0.0815	0.1688	-0.1152	-0.0566	0.4627	0.9414	0.1176	0.0638	0.0015	-0.0342	0.1413	0.0404	0.172	20.5197	34.8012	28.6601
19	0.9086	0.0922	-1.4849	0.8268	0.2966	16.7248	0.0832	-0.2365	0.0006	0.2029	-0.0215	-0.1309	-0.2213	0.2486	-0.0618	0.0566	-0.0199	-0.0341	0.0672	0.0167	0.0918	12.8943	41.4833	32.2406
20	0.7553	0.1601	-2.6255	0.6275	-1.1639	22.7648	-0.0684	-0.2583	0.0254	0.1915	-0.2351	-0.1157	0.0993	0.9405	0.3034	0.1136	-0.0784	-0.0181	0.1842	-0.0002	0.1742	18.4455	47.5322	28.6202

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 41
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	42 - 74
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 41
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	42 - 75
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 41
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	42 - 75
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 41
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	42 - 74
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	1 - 41
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	42 - 74
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	1 - 41
12	X-RAY DIFFRACTION	12	K	42 - 75
13	X-RAY DIFFRACTION	13	L	1 - 41
14	X-RAY DIFFRACTION	14	L	42 - 75
15	X-RAY DIFFRACTION	15	M	1 - 41
16	X-RAY DIFFRACTION	16	M	42 - 75
17	X-RAY DIFFRACTION	17	N	1 - 41
18	X-RAY DIFFRACTION	18	N	42 - 75
19	X-RAY DIFFRACTION	19	O	1 - 41
20	X-RAY DIFFRACTION	20	O	42 - 75

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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