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- PDB-5bpu: Crystal structure of Norrin, a Wnt signalling activator, Crystal ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bpu
タイトルCrystal structure of Norrin, a Wnt signalling activator, Crystal Form I
要素
  • (GGL)EEE
  • (GGL)EEEEEE
  • Norrin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Wnt signalling pathway / Norrie disease protein / cystine-knot like growth factor / ligand for Frizzled 4 receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


retina blood vessel maintenance / cone retinal bipolar cell differentiation / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / re-entry into mitotic cell cycle / retinal blood vessel morphogenesis / retinal rod cell differentiation / ubiquitin-dependent endocytosis / glycine metabolic process / retina layer formation ...retina blood vessel maintenance / cone retinal bipolar cell differentiation / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / re-entry into mitotic cell cycle / retinal blood vessel morphogenesis / retinal rod cell differentiation / ubiquitin-dependent endocytosis / glycine metabolic process / retina layer formation / retinal pigment epithelium development / endothelial cell differentiation / microglial cell proliferation / dendritic spine development / establishment of blood-retinal barrier / vacuole organization / protein targeting to lysosome / microglia differentiation / establishment of blood-brain barrier / optic nerve development / frizzled binding / retinal ganglion cell axon guidance / lens development in camera-type eye / smoothened signaling pathway / exploration behavior / decidualization / action potential / blood vessel remodeling / canonical Wnt signaling pathway / response to axon injury / tricarboxylic acid cycle / visual perception / glutathione metabolic process / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cytokine activity / nervous system development / mitotic cell cycle / : / neuron apoptotic process / angiogenesis / cellular response to hypoxia / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein ubiquitination / inflammatory response / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Norrie disease protein / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine ...Norrie disease protein / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chang, T.-H. / Hsieh, F.-L. / Harlos, K. / Jones, E.Y.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G0900084 英国
Cancer Research UKC375/A10976 英国
Wellcome Trust090532/Z/09/Z 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Structure and functional properties of Norrin mimic Wnt for signalling with Frizzled4, Lrp5/6, and proteoglycan.
著者: Chang, T.H. / Hsieh, F.L. / Zebisch, M. / Harlos, K. / Elegheert, J. / Jones, E.Y.
履歴
登録2015年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 1.22015年7月29日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Advisory / Author supporting evidence
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / pdbx_data_processing_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.62024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Norrin
B: Norrin
C: Norrin
D: Norrin
E: Norrin
F: Norrin
H: (GGL)EEEEEE
I: (GGL)EEE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,1458
ポリマ－83,1458
非ポリマー00
水2,954164
1
A: Norrin
B: Norrin
H: (GGL)EEEEEE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1513
ポリマ－28,1513
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Norrin
D: Norrin
H: (GGL)EEEEEE
I: (GGL)EEE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6864
ポリマ－28,6864
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Norrin
F: Norrin
I: (GGL)EEE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7643
ポリマ－27,7643
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.370, 79.100, 234.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Norrin / Norrie disease protein / X-linked exudative vitreoretinopathy 2 protein


分子量: 13614.706 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 25-133 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NDP, EVR2 / プラスミド: pHLIgK-STR-8H-SUMO-1D4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q00604
#2: タンパク質・ペプチド (GGL)EEEEEE


分子量: 921.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質・ペプチド (GGL)EEE


分子量: 534.470 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 5.0, 5% PGA-LM, 30% PEG550MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 33.3 % / 数: 499350 / Rmerge(I) obs: 0.167 / D res high: 3.18 Å / D res low: 116.39 Å / Num. obs: 14982 / % possible obs: 99.9 / Rejects: 4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRedundancy
3.183.2610.7489.9
14.22116.3910.08327.7
反射解像度: 2.4→65.56 Å / Num. obs: 34791 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 46.95 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 194342 / Scaling rejects: 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible allRmerge(I) obs
2.4-2.495.71.92054135810.3510.423100
8.98-65.56520.539367880.9950.0299.80.039

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimless0.1.29データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIX精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→65.559 Å / FOM work R set: 0.7181 / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2628 1745 5.03 %
Rwork0.2166 32944 -
obs0.2189 34689 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 196.99 Å2 / Biso mean: 70 Å2 / Biso min: 24.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→65.559 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4829 0 101 164 5094
Biso mean--91.51 55.17 -
残基数----614
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045069
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9326751
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039731
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004865
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3122047
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.47060.40881400.352700X-RAY DIFFRACTION100
2.4706-2.55040.35941500.33312699X-RAY DIFFRACTION100
2.5504-2.64150.34421310.29742685X-RAY DIFFRACTION100
2.6415-2.74730.32351470.28582711X-RAY DIFFRACTION100
2.7473-2.87230.31691470.27812711X-RAY DIFFRACTION100
2.8723-3.02380.38031330.26932717X-RAY DIFFRACTION100
3.0238-3.21320.29841430.24782728X-RAY DIFFRACTION100
3.2132-3.46130.2761490.22992733X-RAY DIFFRACTION100
3.4613-3.80960.25851470.20782762X-RAY DIFFRACTION99
3.8096-4.36080.23351480.17082748X-RAY DIFFRACTION100
4.3608-5.49370.18251600.14772790X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3797-0.52230.93791.4837-0.73511.6466-0.07620.6461-0.69120.2656-0.9442-0.1467-0.5118-1.8703-0.25730.3913-0.31710.12660.39110.01640.4019-4.9092-4.8602-0.912
20.0513-0.2370.14070.27610.20380.2891-0.0684-0.09460.0497-0.02020.1029-0.05790.0516-0.19550.02840.3021-0.0014-0.07380.20640.09020.37973.932316.0318-0.6098
30.0637-0.09370.01710.0180.012-0.0503-0.54620.13850.13770.56620.5406-0.4838-0.50330.04470.02080.3586-0.0081-0.11380.54150.17110.567323.37352.061529.4545
40.1546-0.1117-0.3758-0.23280.71141.1205-0.102-0.10130.0755-0.1689-0.1055-0.41560.14110.0086-0.00440.3203-0.0167-0.07880.24670.05310.405511.044915.3503-3.2627
50.1558-0.10440.03530.0341-0.10870.00910.51590.2646-0.4506-0.0928-0.3394-0.7394-0.12810.2590.0010.71530.05320.0010.80130.03430.641423.217911.33743.4599
60.52970.13-0.54850.7534-0.58760.7146-0.2185-0.159-0.0053-0.32660.1646-0.20390.3281-0.4547-0.07780.30130.0041-0.09420.19770.06190.403910.6762-4.271223.5768
70.17-0.00090.16480.1331-0.13810.08720.0402-0.17790.21840.3561-0.0597-0.0945-0.55080.11650.1650.4813-0.0132-0.1630.25130.06250.53612.649620.24320.4613
81.44780.3565-0.31890.16960.27770.4968-0.1847-0.7681-0.1632-0.0130.28560.15120.0524-0.4809-0.06510.36830.0241-0.05160.4950.0920.269617.5092-2.127834.0683
9-0.07460.04230.15320.04850.1070.17910.21390.02270.18130.21850.20080.1338-1.1846-0.17010.00090.5561-0.0055-0.03840.4647-0.03530.36216.87418.417520.9561
100.94660.78530.27920.62060.21190.0913-0.4634-0.9872-0.03240.6888-0.12750.9310.09040.0281-0.47690.31970.07550.1740.78120.09630.5923-7.94481.7566-29.5222
110.02290.03180.0346-0.04310.05860.13830.0445-0.40260.4234-0.744-0.02950.3331-0.1122-0.35120.00070.5568-0.0532-0.07920.47440.1530.58366.13897.9398-38.831
120.20730.03180.27040.29690.13240.1752-0.1435-0.55230.4549-0.1887-0.40140.3703-0.5902-0.4971-0.06680.6473-0.16760.0490.22650.4840.078816.975711.0413-41.4053
130.05680.0531-0.18290.059-0.26670.01230.19480.2575-0.105-0.4958-0.1205-0.20160.8275-0.3923-0.00020.5270.0060.03250.42020.07310.41690.439-7.8084-18.2167
140.1815-0.1807-0.01460.064-0.0325-0.047-0.518-0.2015-0.43790.5675-0.6487-0.53740.19370.8556-0.00070.68720.03130.05410.44580.13490.64614.4006-20.9111-7.9024
150.0567-0.12230.00390.06190.09630.1135-0.5546-0.16930.0724-0.50810.4614-0.47010.22430.00460.00840.3531-0.10040.06060.41630.06580.3916.3638-12.9205-15.3083
160.4746-0.1390.21680.4990.3760.31250.1131-0.1052-0.1977-0.38020.2684-0.11290.00840.50860.01570.4788-0.11420.06290.5402-0.06860.31910.4983-1.6807-39.7339
170.03780.027-0.0220.06240.04920.0287-0.05341.4780.4262-0.75020.58930.2971-0.2792-0.4481-0.00010.8593-0.3790.13351.58420.18161.259827.232313.3251-51.937
180.62740.1841-0.18510.2823-0.01380.05970.21940.30871.3124-0.5754-0.1505-0.1062-0.19250.0316-0.00370.6451-0.09840.13680.57520.02310.450215.41182.0597-44.0233
190.2561-0.1348-0.28720.16850.05510.13560.44390.2775-0.043-0.12430.40680.2860.50460.4930.00050.526-0.02640.00430.62610.02840.34036.3206-8.1221-30.5116
200.0574-0.0107-0.09520.0497-0.00870.09310.1235-0.28550.662-0.94710.26660.12160.6576-0.4894-0.00010.5394-0.1356-0.03160.5490.06940.7262-5.50722.3604-11.0074
210.3052-0.6403-0.07410.5953-0.1558-0.1625-0.249-0.1577-0.46490.21110.4710.81930.0746-0.3820.01740.5703-0.03080.01710.24210.09520.61411.6979-20.8933-3.7773
220.6365-0.083-0.13090.1187-0.46020.62010.6113-0.07240.2615-0.05760.19590.0244-0.59940.35840.18770.3460.020.04420.49870.0860.37284.50862.0226-24.3091
23-0.04560.120.08240.65420.68620.33930.0746-0.56470.38780.12510.4728-0.20620.18470.7560.01180.304-0.0353-0.05030.44640.0590.520118.21160.022-35.7464
240.4103-0.5917-0.32550.68090.33420.0876-0.07660.0587-0.1590.4299-0.0103-0.105-0.21540.17490.02790.4815-0.0191-0.08650.28390.09760.41789.3031-14.986-4.2878
251.0402-0.37260.46120.52130.30531.5379-0.0625-0.07280.0843-0.1265-0.15790.1358-0.20.1466-0.05020.36120.06340.12110.46070.07970.453-19.8765-9.8101-34.3442
260.0179-0.1619-0.48970.4198-0.85080.77720.14280.1372-0.19490.385-0.111-0.08150.36060.14150.00670.41180.02710.08920.50220.03480.5124-3.7429-11.8319-62.6436
270.761-0.43990.61350.5680.73661.30160.1668-0.0796-0.24130.2574-0.0346-0.18060.02670.16280.41690.2641-0.02260.02220.390.12070.3283-13.6352-16.9295-35.6831
280.270.0703-0.21050.09370.19970.26990.1418-0.18510.56790.32560.2794-0.43-0.70340.3480.01980.68450.18850.19580.53670.15370.4895-3.7705-0.1334-68.0989
290.0651-0.0345-0.05690.02410.03240.01450.02820.3621-0.1202-0.0541-0.75410.05450.29520.4833-0.00041.05020.31080.05221.0193-0.09410.825212.0437-20.1464-75.7691
300.1597-0.270.06550.199-0.1330.13280.047-0.3155-0.24540.08890.0251-0.2120.21780.57060.00020.47810.02150.09540.6163-0.00820.290.2345-5.738-72.9196
310.1374-0.2423-0.36070.2155-0.36090.25940.2179-0.01580.2206-0.08970.0887-0.0274-0.2193-0.38250.07370.3560.09920.10090.45330.02170.3324-14.1197-4.1108-49.2596
32-0.06340.0817-0.05160.0376-0.0512-0.04330.0743-0.85980.3370.77690.1114-0.06780.3647-0.192-0.00010.4601-0.08840.06770.51420.07970.6924-18.0872-24.0509-38.9874
330.05070.16120.01160.9330.04440.01420.01980.1520.3237-0.12860.050.86470.3506-0.21280.03220.3547-0.02250.16190.7147-0.01350.5041-15.6924-11.7337-46.4081
340.6660.20580.45560.11620.0240.2965-0.16260.3130.0618-0.19810.01740.27680.18770.1697-0.04850.4210.09860.0090.83540.06910.3517-6.1105-11.8319-72.6402
350.05790.04660.02940.03880.04290.02810.46810.1756-0.0505-0.24720.42050.12570.1023-0.17770.00171.0880.57070.07791.30960.12431.340511.5114-25.1837-83.0847
360.78330.16750.14980.19090.24980.6545-0.34980.8986-0.5498-1.62630.3694-0.17580.5456-1.0075-0.05340.9584-0.06610.28950.8341-0.2160.6016-1.7018-15.9903-77.2746
370.13710.24360.393.91570.69832.38731.13411.0359-0.16361.5631.02590.8411.4395-0.4940.3410.3257-0.00950.05680.93920.00380.3533-13.8781-8.2085-61.5511
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 30 through 39 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 77 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 78 through 88 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 89 through 130 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 131 through 141 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 35 through 77 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 78 through 93 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 94 through 123 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 124 through 133 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 33 through 39 )C0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 40 through 48 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 49 through 66 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 67 through 77 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 78 through 88 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 89 through 93 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 94 through 108 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 109 through 115 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 116 through 123 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 124 through 135 )C0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 32 through 39 )D0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 40 through 66 )D0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 67 through 77 )D0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 78 through 93 )D0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 94 through 133 )D0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 34 through 66 )E0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 67 through 93 )E0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 94 through 133 )E0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 35 through 48 )F0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 49 through 57 )F0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 58 through 66 )F0
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 67 through 77 )F0
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 78 through 88 )F0
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 89 through 93 )F0
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 94 through 109 )F0
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 110 through 114 )F0
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 115 through 123 )F0
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 124 through 133 )F0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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