登録情報 データベース : PDB / ID : 5bpf 構造の表示 ダウンロードとリンクタイトル Crystal structure of ADP complexed D-alanine-D-alanine ligase(DDL) from Yersinia pestis 要素D-alanine-D-alanine ligase 詳細 キーワード LIGASE / D-alanine-D-alanine ligase (DDL) / drug target / bacterial cell wall synthesis / Yersinia pestis機能・相同性 機能・相同性情報分子機能 ドメイン・相同性 構成要素
D-alanine-D-alanine ligase / D-alanine-D-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / ATP binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 D-alanine--D-alanine ligase/VANA/B/C, conserved site / D-alanine--D-alanine ligase / D-alanine--D-alanine ligase, C-terminal / D-alanine--D-alanine ligase, N-terminal domain / D-ala D-ala ligase N-terminus / D-ala D-ala ligase C-terminus / D-alanine--D-alanine ligase signature 1. / D-alanine--D-alanine ligase signature 2. / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain ... D-alanine--D-alanine ligase/VANA/B/C, conserved site / D-alanine--D-alanine ligase / D-alanine--D-alanine ligase, C-terminal / D-alanine--D-alanine ligase, N-terminal domain / D-ala D-ala ligase N-terminus / D-ala D-ala ligase C-terminus / D-alanine--D-alanine ligase signature 1. / D-alanine--D-alanine ligase signature 2. / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 ACETATE ION / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / D-alanine--D-alanine ligase 類似検索 - 構成要素生物種 Yersinia pestis (ペスト菌)手法 X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度 : 2.28 Å 詳細データ登録者 Tran, H.T. / Kang, L.W. / Hong, M.K. 引用ジャーナル : Acta Crystallogr D Struct Biol / 年 : 2016タイトル : Structure of D-alanine-D-alanine ligase from Yersinia pestis: nucleotide phosphate recognition by the serine loop.著者 : Tran, H.T. / Hong, M.K. / Ngo, H.P. / Huynh, K.H. / Ahn, Y.J. / Wang, Z. / Kang, L.W. 履歴 登録 2015年5月28日 登録サイト : RCSB / 処理サイト : PDBJ改定 1.0 2016年3月2日 Provider : repository / タイプ : Initial release改定 1.1 2023年11月8日 Group : Data collection / Database references ... Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ : chem_comp_atom / chem_comp_bond ... chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item : _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ... _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
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