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- PDB-5bpe: Crystal structure of EV71 3Cpro in complex with a potent and sele... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bpe
タイトルCrystal structure of EV71 3Cpro in complex with a potent and selective Inhibitor
要素EV71 3Cpro
キーワードHYDROLASE / protease / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2~{S})-~{N}-[(1~{R},2~{S})-1-cyano-1-oxidanyl-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepiperidin-3-yl]propan-2-yl]-3-phenyl-2-[[(~{E})-3-phenylprop-2-enoyl]amino]propanamide / Chem-E22 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Luqing, S. / Yin, Z.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Cyanohydrin as an Anchoring Group for Potent and Selective Inhibitors of Enterovirus 71 3C Protease
著者: Zhai, Y. / Zhao, X. / Cui, Z. / Wang, M. / Wang, Y. / Li, L. / Sun, Q. / Yang, X. / Zeng, D. / Liu, Y. / Sun, Y. / Lou, Z. / Shang, L. / Yin, Z.
履歴
登録2015年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22016年1月20日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EV71 3Cpro
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4802
ポリマ－20,0051
非ポリマー4751
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8240 Å2
2
A: EV71 3Cpro
ヘテロ分子

A: EV71 3Cpro
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9594
ポリマ－40,0102
非ポリマー9492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area1390 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.766, 63.271, 38.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-313-

HOH

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要素

#1: タンパク質 EV71 3Cpro / Human enterovirus type 71


分子量: 20005.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0X1KHD2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-E22 / (2~{S})-~{N}-[(1~{R},2~{S})-1-cyano-1-oxidanyl-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepiperidin-3-yl]propan-2-yl]-3-phenyl-2-[[(~{E})-3-phenylprop-2-enoyl]amino]propanamide


タイプ: Peptide-like / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 474.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H30N4O4
参照: (2~{S})-~{N}-[(1~{R},2~{S})-1-cyano-1-oxidanyl-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepiperidin-3-yl]propan-2-yl]-3-phenyl-2-[[(~{E})-3-phenylprop-2-enoyl]amino]propanamide
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.34 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM Tris-HCl (pH 7.7), 200mM sodium citrate and 20% polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 4147 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 8.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.7→34.21 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.78 / 位相誤差: 30.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2814 199 4.8 %
Rwork0.1625 --
obs0.1679 4147 89.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→34.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1399 0 35 13 1447
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091464
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1931971
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.308545
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048215
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004254
LS精密化 シェル解像度: 2.6904→34.2126 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2814 199 -
Rwork0.1625 3948 -
obs--89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.63120.1032-0.15731.6969-0.46071.25920.14860.00480.02630.1202-0.05280.01060.023-0.1325-0.08460.2098-0.0053-0.00760.1876-0.00970.204613.34210.10415.977
20.2620.0419-0.02970.04510.03480.07850.0412-0.06820.13030.0213-0.03510.0045-0.0297-0.0609-0.10640.0329-0.01950.07810.122700.188.1889-1.029420.3601
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 180)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 301 through 313)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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