PDB-5boi: Bacillus megaterium YpeB C-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5boi

タイトル

Bacillus megaterium YpeB C-terminal domain

要素

Germination protein YpeB

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / PepSY domain / inhibitory protein

機能・相同性

Spore germination YpeB / : / YpeB sporulation, PepSY1 and PepSY2 domains / YpeB N-terminal / spore germination / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / Germination protein YpeB

機能・相同性情報

生物種

Bacillus megaterium QM B1551 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Christie, G. / Chirgadze, D.Y. / Ustok, F.I.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the PepSY-containing domain of the YpeB protein involved in germination of bacillus spores.
著者: Ustok, F.I. / Chirgadze, D.Y. / Christie, G.

履歴

登録	2015年5月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月16日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5boi.cif.gz	109.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5boi.ent.gz	85.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5boi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5boi_validation.pdf.gz	442.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5boi_full_validation.pdf.gz	446.2 KB	表示
XML形式データ	5boi_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	5boi_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/5boi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/5boi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3t9k-2 3t9k-1 1xtn-d 5fq3-4 1zgw-d 5fq3-2 6x9n-4 3jue-2 6ieo-d 1rz5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Germination protein YpeB

ヘテロ分子

28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.208, 110.104, 85.806
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-655- HOH
2	1	A-700- HOH

#1: タンパク質	Germination protein YpeB 分子量: 28205.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus megaterium QM B1551 (バクテリア) 遺伝子: ypeB, BMQ_4349 / プラスミド: pBADcLIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: D5DRI0
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.5 % / 解説: thin plate-type
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.27 M lithium sulphate, 44 % (v/v) PEG 400, 0.1 M sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→47.91 Å / Num. obs: 23741 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.06 / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.8→46.34 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 25.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2265	1997	8.43 %
R_work	0.1953	-	-
obs	0.198	23700	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1810	0	10	100	1920

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1871
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.109	2522
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.613	716
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	281
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	326

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.845	0.2982	138	0.2989	1528	X-RAY DIFFRACTION	100
1.845-1.8949	0.2803	141	0.2524	1510	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8949-1.9507	0.2647	140	0.2285	1526	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9507-2.0137	0.249	139	0.2082	1510	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0137-2.0856	0.2487	142	0.188	1540	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0856-2.1691	0.2684	141	0.197	1541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1691-2.2679	0.2671	142	0.1934	1546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2679-2.3874	0.2367	142	0.2	1536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3874-2.537	0.2444	143	0.2121	1557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.537-2.7328	0.2673	142	0.2102	1541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7328-3.0078	0.2592	143	0.209	1552	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0078-3.4429	0.216	146	0.1934	1571	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4429-4.3372	0.1802	145	0.1687	1590	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3372-46.3506	0.2114	153	0.1907	1655	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.237	0.05	-0.187	0.1048	-0.0954	0.1643	0.4309	-1.3622	0.4966	0.19	-0.2361	-0.0822	-0.7903	0.6678	-0.0198	0.7275	-0.1223	0.0884	0.9535	-0.2619	0.6804	59.3536	82.3064	38.0588
2	1.3001	0.0435	0.1009	0.1501	-0.122	2.862	-0.1648	-0.481	1.3108	0.5511	-0.1479	-0.4397	-1.3267	0.3501	-0.136	0.576	-0.1136	-0.0746	0.3065	0.0543	0.8597	59.9602	82.9567	29.4023
3	0.388	-0.5056	0.7069	2.4379	-0.4948	1.993	-0.6597	0.7167	0.9498	-0.0249	0.1238	-0.3512	-0.3895	0.6404	-0.9076	0.4722	-0.1495	0.0051	0.6292	-0.0828	0.6794	66.2592	75.7118	27.8792
4	0.8622	0.2503	0.3676	0.6943	0.0058	1.4447	0.0746	-0.5696	0.3429	-0.2878	0.0669	-0.1854	-0.2404	0.1101	-0.0058	0.2482	-0.0488	0.0426	0.2638	-0.0834	0.2714	60.3382	68.1776	29.2994
5	0.2557	-0.3745	-0.3049	0.271	0.535	0.6169	-0.454	-1.0086	-0.5532	0.6496	0.0885	0.5164	0.3674	0.6463	-0.0176	0.3009	-0.0464	0.0108	0.4424	-0.0428	0.2116	56.372	59.5417	38.2579
6	0.9126	-0.1673	0.1964	0.0509	-0.427	0.7274	-0.0736	-0.088	0.0415	0.0272	0.0708	0.0308	0.0096	0.2016	-0.0001	0.239	0.0036	0.0242	0.2542	-0.0421	0.2478	48.7057	61.9589	32.9482
7	1.9551	0.0019	-0.7519	0.4855	0.2415	1.9842	0.0215	-0.1016	0.1657	0.0081	-0.0057	0.1206	-0.0062	-0.0965	0.0002	0.2169	0.0282	-0.0046	0.1868	0.0174	0.2388	37.9103	58.6335	32.9171
8	1.1047	1.0715	-0.0541	1.6316	-0.0838	2.1773	-0.1101	0.507	0.0425	-0.0338	0.056	-0.1684	0.1068	-0.0218	-0.0002	0.2254	-0.0044	0.0114	0.2859	0.0074	0.2101	34.9803	53.8628	26.4524

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 216 through 232 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 233 through 259 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 260 through 272 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 273 through 293 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 294 through 308 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 309 through 349 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 350 through 401 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 402 through 441 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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