+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5boi | ||||||
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Title | Bacillus megaterium YpeB C-terminal domain | ||||||
Components | Germination protein YpeB | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / PepSY domain / inhibitory protein | ||||||
Function / homology | Spore germination YpeB / YpeB sporulation, PepSY1 and PepSY2 domains / spore germination / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / Germination protein YpeB Function and homology information | ||||||
Biological species | Bacillus megaterium QM B1551 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / AB INITIO PHASING / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Christie, G. / Chirgadze, D.Y. / Ustok, F.I. | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2015 Title: Crystal structure of the PepSY-containing domain of the YpeB protein involved in germination of bacillus spores. Authors: Ustok, F.I. / Chirgadze, D.Y. / Christie, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5boi.cif.gz | 109.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5boi.ent.gz | 85.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5boi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/5boi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/5boi | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28205.895 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus megaterium QM B1551 (bacteria) Gene: ypeB, BMQ_4349 / Plasmid: pBADcLIC / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Top10 / References: UniProt: D5DRI0 | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.5 % / Description: thin plate-type |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 0.27 M lithium sulphate, 44 % (v/v) PEG 400, 0.1 M sodium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Aug 2, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→47.91 Å / Num. obs: 23741 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 15.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.9 Å / Redundancy: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: AB INITIO PHASING / Resolution: 1.8→46.34 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.44 / Phase error: 25.01 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→46.34 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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