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- PDB-5bob: Crystal Structure of the Meningitis Pathogen Streptococcus suis a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bob
タイトルCrystal Structure of the Meningitis Pathogen Streptococcus suis adhesion Fhb
要素Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
キーワードTRANSLATION / beta sandwich core
機能・相同性fibrinogen binding / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / translation initiation factor activity / peptidoglycan-based cell wall / membrane / Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
機能・相同性情報
生物種Streptococcus suis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
Model details??sandwich core
データ登録者Jiang, Y. / Zhang, C. / Yu, Y.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015
タイトル: Expression, purification, crystallization and structure determination of the N terminal domain of Fhb, a factor H binding protein from Streptococcus suis.
著者: Zhang, C. / Yu, Y. / Yang, M. / Jiang, Y.
履歴
登録2015年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
B: Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
C: Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
D: Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
E: Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,63716
ポリマ－128,6245
非ポリマー1,01311
水19,4201078
1
A: Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9093
ポリマ－25,7251
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0014
ポリマ－25,7251
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8172
ポリマ－25,7251
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9093
ポリマ－25,7251
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0014
ポリマ－25,7251
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.075, 77.341, 131.642
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.930, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Translation initiation factor 2 (IF-2 GTPase)


分子量: 25724.871 Da / 分子数: 5 / 断片: ligand binding domain (UNP RESIDUES 139-323) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus suis (strain 05ZYH33) (バクテリア)
株: 05ZYH33 / 遺伝子: SSU05_0272 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4VT01
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1078 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.91 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS AND I _PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, Sodium citrate tribasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 169683 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 1.364 / Net I/av σ(I): 40.567 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 2610781
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
1.5-1.557.20.95346690.8050.381.0395.6
1.55-1.627.30.69348610.8840.2751.07996.10.743
1.62-1.697.30.493348620.9360.1961.13896.40.531
1.69-1.787.30.329349130.9670.131.19796.70.354
1.78-1.897.40.208353220.9860.0821.27797.20.224
1.89-2.047.40.125352610.9940.0491.38797.60.134
2.04-2.247.50.084355140.9970.0331.453980.09
2.24-2.567.60.063356960.9980.0241.52198.50.067
2.56-3.237.50.049358710.9990.0191.88598.90.053
3.23-507.50.031358480.9990.0121.60399.10.033

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0110精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→39.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.027 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS AND I _PLUS/MINUS COLUMNS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1892 8949 5 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.1625 169683 97.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.7 Å2 / Biso mean: 20.321 Å2 / Biso min: 9.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20.08 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→39.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7911 0 66 1078 9055
Biso mean--22.73 31.44 -
残基数----996
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0228154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3841.9311055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9715994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.79125.729398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.704151374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3221525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1740.21223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0216173
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5111.54963
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.55928047
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.59433191
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6244.53005
LS精密化 シェル解像度: 1.497→1.536 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 615 -
Rwork0.256 11970 -
all-12585 -
obs--93.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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