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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5bo4 | ||||||
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タイトル | Structure of SOCS2:Elongin C:Elongin B from DMSO-treated crystals | ||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN / Ubiquitin Ligase / Suppressor of Cytokine Signalling | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of growth hormone receptor signaling pathway / JAK pathway signal transduction adaptor activity / phosphorylation-dependent protein binding / cytokine receptor binding / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / elongin complex / growth hormone receptor binding / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex ...negative regulation of growth hormone receptor signaling pathway / JAK pathway signal transduction adaptor activity / phosphorylation-dependent protein binding / cytokine receptor binding / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / elongin complex / growth hormone receptor binding / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / growth hormone receptor signaling pathway / negative regulation of multicellular organism growth / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / mammary gland alveolus development / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of signal transduction / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Negative regulation of FLT3 / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Growth hormone receptor signaling / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / cellular response to hormone stimulus / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / insulin-like growth factor receptor binding / lactation / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / positive regulation of neuron differentiation / Interleukin-7 signaling / transcription corepressor binding / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of cell growth / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytokine-mediated signaling pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to estradiol / Neddylation / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / intracellular signal transduction / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gadd, M.S. / Bulatov, E. / Ciulli, A. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Serendipitous SAD Solution for DMSO-Soaked SOCS2-ElonginC-ElonginB Crystals Using Covalently Incorporated Dimethylarsenic: Insights into Substrate Receptor Conformational Flexibility in Cullin RING Ligases. 著者: Gadd, M.S. / Bulatov, E. / Ciulli, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 763.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 632.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 538 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 548.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 71.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 93 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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6 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19377.250 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 11852.389 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 10974.616 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.31 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: PEG 3350, CaOAc, Sodium cacodylate, Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月31日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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Reflection | 冗長度: 119.8 % / 数: 5659871 / Rsym value: 0.12 / D res high: 3.1 Å / D res low: 160.97 Å / Num. obs: 47227 / % possible obs: 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.9→46.3 Å / Num. obs: 56676 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 59.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/av σ(I): 5.176 / Net I/σ(I): 15.6 / Num. measured all: 219197 / Scaling rejects: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 172.18 Å2 / Biso mean: 77.311 Å2 / Biso min: 33.97 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→46.3 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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