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- PDB-5bnh: Crystal structure of the HLTF HIRAN domain with a ssDNA fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bnh
タイトルCrystal structure of the HLTF HIRAN domain with a ssDNA fragment
要素
  • DNA (5'-D(*(GD)P*GP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*(TD)P*TP*G)-3')
  • Helicase-like transcription factor
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA damage / DNA recognition / DNA binding domain / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / regulation of neurogenesis / ATP-dependent activity, acting on DNA / helicase activity / mRNA transcription by RNA polymerase II / RING-type E3 ubiquitin transferase / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear matrix / ubiquitin protein ligase activity ...hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / regulation of neurogenesis / ATP-dependent activity, acting on DNA / helicase activity / mRNA transcription by RNA polymerase II / RING-type E3 ubiquitin transferase / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear matrix / ubiquitin protein ligase activity / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / chromatin organization / protein ubiquitination / DNA repair / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HIRAN domain / HIRAN domain / HIRAN / : / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Zinc finger, RING-type, conserved site ...HIRAN domain / HIRAN domain / HIRAN / : / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Helicase conserved C-terminal domain / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PHOSPHATE ION / DNA / Helicase-like transcription factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Neculai, D. / Walker, J.R. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Dhe-Paganon, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Co-crystal structure of the HLTF HIRAN domain with a ssDNA fragment
著者: Neculai, D. / Walker, J.R. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2015年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Source and taxonomy
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*(GD)P*GP*TP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*(TD)P*TP*G)-3')
A: Helicase-like transcription factor
D: Helicase-like transcription factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,24512
ポリマ－28,7734
非ポリマー4728
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.469, 50.117, 102.763
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*(GD)P*GP*TP*G)-3')


分子量: 917.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*(TD)P*TP*G)-3')


分子量: 892.634 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#3: タンパク質 Helicase-like transcription factor / DNA-binding protein/plasminogen activator inhibitor 1 regulator / HIP116 / RING finger protein 80 / ...DNA-binding protein/plasminogen activator inhibitor 1 regulator / HIP116 / RING finger protein 80 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 3 / Sucrose nonfermenting protein 2-like 3


分子量: 13481.369 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 55-175 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLTF / 発現宿主: Enterobacteria phage L1 (ファージ)
参照: UniProt: Q14527, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D- ...参照: UniProt: Q14527, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

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非ポリマー , 4種, 156分子

#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 5.0, 40% 2-Methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→51.38 Å / Num. obs: 28334 / % possible obs: 99.908 % / 冗長度: 9.4 % / Net I/σ(I): 3.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.7→51.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 4.137 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21353 1414 5 %RANDOM
Rwork0.16482 ---
obs0.16719 26849 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.656 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.35 Å20 Å20 Å2
2---1.48 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→51.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1898 96 28 148 2170
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192063
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021947
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9331.9122801
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90634464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7145244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.63725.21792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.60115326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.306158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02478
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8431.533986
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7161.524981
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5832.2771224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5832.2771225
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6912.0721077
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6512.0531070
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5852.8981566
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.73714.6042343
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.61514.2472295
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 103 -
Rwork0.236 1945 -
obs--99.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2564-0.1963-0.13130.3657-0.05320.20140.00410.0117-0.03730.00740.00420.0348-0.0289-0.0018-0.00830.0178-0.00570.01310.0404-0.00520.04225.4193-13.7611-8.5797
26.58280.46332.37610.35321.67977.99250.6119-0.38330.1357-0.099-0.0212-0.1264-0.4492-0.1198-0.59070.1194-0.03730.07280.0224-0.00960.06050.9577-3.62973.2442
31.85693.53420.23428.0277-2.0874.9675-0.19780.0018-0.0494-0.43450.0239-0.18540.1004-0.02390.17390.0320.01630.02080.0450.00760.047732.1508-43.4316-16.0556
40.3973-0.0106-0.34540.32580.08520.5412-0.00240.01750.0137-0.02370.01810.03030.01330.0128-0.01570.01140.00230.01380.04030.00080.03919.0181-37.3846-11.4873
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A53 - 175
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 3
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 3
4X-RAY DIFFRACTION4D53 - 175

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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