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- PDB-5bn0: A new HIV fusion peptide inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bn0
タイトルA new HIV fusion peptide inhibitor
要素
  • (Envelope glycoprotein gp160) x 2
  • Envelope glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane ...: / Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160 / Env polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Xue, Y.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A new HIV fusion peptide inhibitor
著者: Xue, Y.
履歴
登録2015年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Envelope glycoprotein gp160
N: Envelope glycoprotein
A: Envelope glycoprotein gp160
B: Envelope glycoprotein
D: Envelope glycoprotein gp160
E: Envelope glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8306
ポリマ－25,8306
非ポリマー00
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11400 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area10600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.150, 52.340, 60.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein gp160 / Endogenous retrovirus group K member 113 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 13- ...Endogenous retrovirus group K member 113 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 13-1 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 18 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 19 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 21 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 24 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 25 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 6 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 7 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 9 Env polyprotein / Envelope glycoprotein gp160


分子量: 4491.876 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 627-661 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: (ACE) is acetyl modification of the N terminal
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: B2CPZ5, UniProt: P04578*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein


分子量: 4126.805 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 35-70 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q1HMR5, UniProt: P04578*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein gp160 / Endogenous retrovirus group K member 113 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 13- ...Endogenous retrovirus group K member 113 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 13-1 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 18 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 19 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 21 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 24 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 25 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 6 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 7 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 9 Env polyprotein / Envelope glycoprotein gp160


分子量: 4465.839 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 627-661 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: B2CPZ5, UniProt: P04578*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Calcium chloride 0.1 M Sodium acetate pH 4.6 15 %PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→26.74 Å / Num. obs: 11921 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 2.27 % / Net I/σ(I): 22.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.4_486精密化
d*TREKデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→26.735 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2883 247 4.95 %Random selection
Rwork0.2706 ---
obs0.2715 4994 93.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.056 Å2 / ksol: 0.295 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.1434 Å2-0 Å20.6922 Å2
2---9.2057 Å20 Å2
3----12.8803 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→26.735 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1775 0 0 29 1804
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081796
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1552425
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.359677
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003315
LS精密化 シェル解像度: 2.8→3.5265 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 131 -
Rwork0.2411 2397 -
obs--95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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