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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5bn0 | ||||||
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タイトル | A new HIV fusion peptide inhibitor | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / Inhibitor | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane ...: / Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xue, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A new HIV fusion peptide inhibitor 著者: Xue, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4491.876 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 627-661 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: (ACE) is acetyl modification of the N terminal 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: UniProt: B2CPZ5, UniProt: P04578*PLUS #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4126.805 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 35-70 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q1HMR5, UniProt: P04578*PLUS #3: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 4465.839 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 627-661 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: UniProt: B2CPZ5, UniProt: P04578*PLUS #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.14 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M Calcium chloride 0.1 M Sodium acetate pH 4.6 15 %PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→26.74 Å / Num. obs: 11921 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 2.27 % / Net I/σ(I): 22.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.056 Å2 / ksol: 0.295 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→26.735 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→3.5265 Å
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