PDB-5bmn: Crystal Structure of APO form of Phosphoglucomutase from Xanthomo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bmn

タイトル

Crystal Structure of APO form of Phosphoglucomutase from Xanthomonas citri

要素

Phosphoglucomutase

キーワード

ISOMERASE / Phosphoglucomutase citrus canker

機能・相同性

機能・相同性情報

intramolecular phosphotransferase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.27 Å

データ登録者

Goto, L.S. / Pereira, H.M. / Novo Mansur, M.T.M. / Brandao-Neto, J.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2016
タイトル: Structural and functional characterization of the phosphoglucomutase from Xanthomonas citri subsp. citri.
著者: Goto, L.S. / Vessoni Alexandrino, A. / Malvessi Pereira, C. / Silva Martins, C. / D'Muniz Pereira, H. / Brandao-Neto, J. / Marques Novo-Mansur, M.T.

履歴

登録	2015年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.2	2016年9月28日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bmn.cif.gz	198.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bmn.ent.gz	155.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bmn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5bmn_validation.pdf.gz	429.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5bmn_full_validation.pdf.gz	431.1 KB	表示
XML形式データ	5bmn_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	5bmn_validation.cif.gz	37 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/5bmn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/5bmn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5bmpC 5kl0C 2k2yS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6n1e-d 6mnv-d 6ysa-5 1gnl-2 6nns-d 1upx-1 4uhn-d 6np8-d 4pby-2 3mpq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoglucomutase

ヘテロ分子

51.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.980, 55.180, 174.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Phosphoglucomutase 分子量: 51217.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (バクテリア) 株: 306 / 遺伝子: xanA, XAC3579 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) 参照: UniProt: Q8PGN7, phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 581 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.08 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 12.5 % PEG 1000, 12.5 % PEG 3350, 12.5 % MPD, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 100 mM MOPS/HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96861 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.27→52.62 Å / Num. obs: 112663 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 20

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	Rejects	% possible all
1.27-1.3	5.8	0.643	1	0	97.8
5.68-52.62	5.8	0.024	1	0	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2K2Y

2k2y

解像度: 1.27→35.096 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1869	5639	5.01 %	Random selection
R_work	0.1649	106918	-	-
obs	0.166	112557	99.47 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 85.1 Å² / B_iso mean: 20.7957 Å² / B_iso min: 9.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.27→35.096 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3450	0	1	581	4032
B_iso mean	-	-	15.54	32.41	-
残基数	-	-	-	-	448

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3524
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.118	4783
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	525
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	636
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.491	1290

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.27-1.2844	0.257	182	0.2502	3484	X-RAY DIFFRACTION	97
1.2844-1.2995	0.2455	178	0.236	3440	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2995-1.3154	0.2555	177	0.2355	3523	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3154-1.332	0.2363	191	0.2186	3475	X-RAY DIFFRACTION	98
1.332-1.3496	0.2304	195	0.215	3511	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3496-1.3681	0.2259	221	0.2135	3472	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3681-1.3876	0.2136	166	0.2042	3526	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3876-1.4083	0.2043	196	0.2032	3523	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4083-1.4303	0.2108	168	0.2019	3506	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4303-1.4538	0.2335	215	0.1927	3520	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4538-1.4788	0.208	195	0.1815	3512	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4788-1.5057	0.1885	190	0.1783	3568	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5057-1.5347	0.1825	166	0.1709	3544	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5347-1.566	0.1791	221	0.1667	3547	X-RAY DIFFRACTION	100
1.566-1.6001	0.1806	188	0.1633	3537	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6001-1.6373	0.1867	207	0.1612	3551	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6373-1.6782	0.1907	188	0.1708	3557	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6782-1.7236	0.2	186	0.1679	3575	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7236-1.7743	0.1901	188	0.1706	3545	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7743-1.8316	0.1715	177	0.1614	3595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8316-1.8971	0.1917	179	0.1647	3579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8971-1.973	0.1841	163	0.166	3607	X-RAY DIFFRACTION	100
1.973-2.0628	0.1638	203	0.158	3544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0628-2.1715	0.1708	190	0.1545	3607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1715-2.3076	0.1905	149	0.163	3648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3076-2.4857	0.2005	182	0.1654	3592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4857-2.7358	0.1987	193	0.1697	3650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7358-3.1314	0.1991	193	0.1669	3643	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1314-3.9444	0.166	191	0.1475	3690	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9444-35.1	0.1699	201	0.1462	3847	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6598	-0.4741	-0.8366	0.7634	0.9098	2.2646	-0.0434	-0.0094	-0.0525	0.0093	0.0476	-0.004	0.1707	0.1225	-0.0039	0.1266	0.0131	0.0066	0.1229	-0.0118	0.1365	39.1506	40.1081	22.7457
2	0.1521	-0.1614	-0.0045	0.4959	-0.2923	0.9996	-0.0314	0.0005	-0.0163	0.0052	0.0001	0.0106	-0.0385	-0.036	0.0306	0.1147	-0.0018	0.0134	0.1292	-0.014	0.1301	26.6398	56.6934	28.4743
3	1.4719	0.0978	0.0914	1.2875	-0.0114	1.5388	0.0719	0.2169	-0.0423	-0.1585	-0.0152	0.0502	-0.0249	-0.0048	-0.0655	0.1389	0.0182	-0.0067	0.1243	-0.0101	0.1338	14.0632	63.9853	10.4256

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 23 through 219 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 220 through 399 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 400 through 470 )	A

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