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万見
- PDB-5bjt: Crystal structure of human FcRn with a peptide inhibitor at multi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bjt
タイトルCrystal structure of human FcRn with a peptide inhibitor at multiple sites
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • IgG receptor FcRn large subunit p51
  • peptide inhibitor
キーワードIMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / immunoglobulin binding protein / cell membrane / disulfide bond / glycoprotein / IgG-binding protein / immunoglobulin domain / receptor / transmembrane / amyloid / amyloidosis / disease mutation / glycation / immune response / MHC I / pyrrolidone carboxylic acid / secreted / IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / beta-2-microglobulin binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions ...IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / beta-2-microglobulin binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / early endosome membrane / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / endosome membrane / immune response / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IgG receptor FcRn large subunit p51 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Nienaber, V. / Badger, J.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Hepatic FcRn regulates albumin homeostasis and susceptibility to liver injury.
著者: Pyzik, M. / Rath, T. / Kuo, T.T. / Win, S. / Baker, K. / Hubbard, J.J. / Grenha, R. / Gandhi, A. / Kramer, T.D. / Mezo, A.R. / Taylor, Z.S. / McDonnell, K. / Nienaber, V. / Andersen, J.T. / ...著者: Pyzik, M. / Rath, T. / Kuo, T.T. / Win, S. / Baker, K. / Hubbard, J.J. / Grenha, R. / Gandhi, A. / Kramer, T.D. / Mezo, A.R. / Taylor, Z.S. / McDonnell, K. / Nienaber, V. / Andersen, J.T. / Mizoguchi, A. / Blumberg, L. / Purohit, S. / Jones, S.D. / Christianson, G. / Lencer, W.I. / Sandlie, I. / Kaplowitz, N. / Roopenian, D.C. / Blumberg, R.S.
履歴
登録2016年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月5日Group: Database references
改定 1.22017年4月19日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IgG receptor FcRn large subunit p51
B: Beta-2-microglobulin
C: IgG receptor FcRn large subunit p51
D: Beta-2-microglobulin
E: IgG receptor FcRn large subunit p51
F: Beta-2-microglobulin
G: IgG receptor FcRn large subunit p51
H: Beta-2-microglobulin
P: peptide inhibitor
Q: peptide inhibitor
R: peptide inhibitor
S: peptide inhibitor
T: peptide inhibitor
U: peptide inhibitor
V: peptide inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,98415
ポリマ－180,98415
非ポリマー00
水00
1
A: IgG receptor FcRn large subunit p51
B: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4692
ポリマ－41,4692
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area17200 Å2
手法PISA
2
C: IgG receptor FcRn large subunit p51
D: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4692
ポリマ－41,4692
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area17070 Å2
手法PISA
3
E: IgG receptor FcRn large subunit p51
F: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4692
ポリマ－41,4692
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area17420 Å2
手法PISA
4
G: IgG receptor FcRn large subunit p51
H: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4692
ポリマ－41,4692
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18820 Å2
手法PISA
5
P: peptide inhibitor


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 2.16 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1581
ポリマ－2,1581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1600 Å2
手法PISA
6
Q: peptide inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1581
ポリマ－2,1581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1720 Å2
手法PISA
7
R: peptide inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1581
ポリマ－2,1581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1710 Å2
手法PISA
8
S: peptide inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1581
ポリマ－2,1581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1530 Å2
手法PISA
9
T: peptide inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1581
ポリマ－2,1581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1450 Å2
手法PISA
10
U: peptide inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1581
ポリマ－2,1581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1540 Å2
手法PISA
11
V: peptide inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1581
ポリマ－2,1581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.917, 176.152, 245.515
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質
IgG receptor FcRn large subunit p51 / FcRn / IgG Fc fragment receptor transporter alpha chain / Neonatal Fc receptor


分子量: 29720.383 Da / 分子数: 4 / 断片: extracellular domain (UNP residues 24-290) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCGRT, FCRN
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P55899
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド
peptide inhibitor


分子量: 2158.483 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 20% glycerol, 0.8 M sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月31日
放射モノクロメーター: double crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 37736 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.718 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3M17

3m17


解像度: 3.2→49.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.879 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.79 / SU B: 29.352 / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.624
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.339 1885 5 %RANDOM
Rwork0.252 ---
obs0.257 35848 94.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 62.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11486 0 0 0 11486
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02111859
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9651.93116261
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.61351545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.43623.609496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.685151440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9321546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.21730
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0219444
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.97327751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.832.512125
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.84734108
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0954.54136
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.29 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.504 129
Rwork0.295 2540

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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