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万見
- PDB-5bca: BETA-AMYLASE FROM BACILLUS CEREUS VAR. MYCOIDES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bca
タイトルBETA-AMYLASE FROM BACILLUS CEREUS VAR. MYCOIDES
要素PROTEIN (1,4-ALPHA-D-GLUCAN MALTOHYDROLASE.)
キーワードHYDROLASE / BETA-AMYLASE / RAW-STARCH BINDING DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-amylase / beta-amylase activity / starch binding / polysaccharide catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-amylase, CBM20 domain / Glycoside hydrolase, family 14A, bacterial / Beta-amylase active site 2. / Glycoside hydrolase, family 14, conserved site / Beta-amylase active site 1. / Glycoside hydrolase, family 14 / Glycosyl hydrolase family 14 / Carbohydrate binding module family 20 / Starch binding domain / CBM20 (carbohydrate binding type-20) domain profile. ...Beta-amylase, CBM20 domain / Glycoside hydrolase, family 14A, bacterial / Beta-amylase active site 2. / Glycoside hydrolase, family 14, conserved site / Beta-amylase active site 1. / Glycoside hydrolase, family 14 / Glycosyl hydrolase family 14 / Carbohydrate binding module family 20 / Starch binding domain / CBM20 (carbohydrate binding type-20) domain profile. / Starch binding domain / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-amylase / Beta-amylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Oyama, T. / Kusunoki, M. / Kishimoto, Y. / Takasaki, Y. / Nitta, Y.
引用
ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of beta-amylase from Bacillus cereus var. mycoides at 2.2 A resolution.
著者: Oyama, T. / Kusunoki, M. / Kishimoto, Y. / Takasaki, Y. / Nitta, Y.
#1: ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 1998
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Beta-Amylase from Bacillus Cereus Var. Mycoides
著者: Oyama, T. / Kusunoki, M. / Kishimoto, Y. / Takasaki, Y. / Nitta, Y.
#2: ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 1996
タイトル: Kinetic Study of Active Site Structure of Beta-Amylase from Bacillus Cereus Var. Mycoides
著者: Nitta, Y. / Shirakawa, M. / Takasaki, Y.
#3: ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 1996
タイトル: Cloning, Sequencing, and Expression of a Beta-Amylase Gene from Bacillus Cereus Var. Mycoides and Characterization of its Products
著者: Yamaguchi, T. / Matsumoto, Y. / Shirakawa, M. / Kibe, M. / Hibino, T. / Kozaki, S. / Takasaki, Y. / Nitta, Y.
履歴
登録1999年3月12日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (1,4-ALPHA-D-GLUCAN MALTOHYDROLASE.)
B: PROTEIN (1,4-ALPHA-D-GLUCAN MALTOHYDROLASE.)
C: PROTEIN (1,4-ALPHA-D-GLUCAN MALTOHYDROLASE.)
D: PROTEIN (1,4-ALPHA-D-GLUCAN MALTOHYDROLASE.)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,5948
ポリマ－233,4344
非ポリマー1604
水13,547752
1
A: PROTEIN (1,4-ALPHA-D-GLUCAN MALTOHYDROLASE.)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3992
ポリマ－58,3591
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (1,4-ALPHA-D-GLUCAN MALTOHYDROLASE.)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3992
ポリマ－58,3591
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PROTEIN (1,4-ALPHA-D-GLUCAN MALTOHYDROLASE.)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3992
ポリマ－58,3591
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PROTEIN (1,4-ALPHA-D-GLUCAN MALTOHYDROLASE.)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3992
ポリマ－58,3591
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)177.900, 112.900, 146.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.705536, -0.458632, 0.540255), (-0.462537, 0.279566, 0.841369), (-0.536916, -0.843504, -0.01489)9.3968, 42.0681, 68.0321
2given(-0.950033, 0.071478, 0.303856), (0.085982, -0.875849, 0.474864), (0.300075, 0.477262, 0.825939)71.9516, 60.8634, -28.0591
3given(-0.869138, 0.207822, -0.448787), (0.206265, -0.672425, -0.710844), (-0.449505, -0.710391, 0.541563)86.6692, 57.9276, 51.888

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (1,4-ALPHA-D-GLUCAN MALTOHYDROLASE.)


分子量: 58358.523 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus cereus (バクテリア) / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR / Variant: MYCOIDES / 株: BACILLUS CEREUS / 参照: UniProt: Q9Z4N9, UniProt: P36924*PLUS, beta-amylase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 752 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化pH: 9 / 詳細: pH 9.0
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Oyama, T., (1998) Protein Pept.Lett., 5, 349.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
250 mMammonium chloride1drop
36-8 %(w/v)PEG60001reservoir
450 mMammonium chloride1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: PHOTON FACTORY / 検出器: WEISSENBERG IMAGE PLATE / 詳細: BENT QUARTZ CRYSTAL
放射モノクロメーター: PHOTON FACTORY / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→95.3 Å / Num. obs: 113923 / % possible obs: 81.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 24.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 71.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 649891
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 71.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.25
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 5370 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs-102087 74 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16476 0 4 752 17232
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0390.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0410.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.7062
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.573
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.0962
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.1363
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1350.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1940.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2190.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.57
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor20.715
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor3120
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_deg25.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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