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- PDB-5b8h: Crystal Structure of Type III pantothenate kinase (PanK III) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b8h
タイトルCrystal Structure of Type III pantothenate kinase (PanK III) from Burkholderia cenocepacia complexed with pantothenate, imidodiphosphate, and AMP
要素Type III pantothenate kinase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Type III pantothenate kinase / Burkholderia cenocepacia / coaX / CoA biosynthesis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type III pantothenate kinase / Type III pantothenate kinase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDODIPHOSPHORIC ACID / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PANTOTHENOIC ACID / Type III pantothenate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1999 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Type III pantothenate kinase (PanK III) from Burkholderia cenocepacia complexed with pantothenate, imidodiphosphate, and AMP
著者: SSGCID / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2015年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III pantothenate kinase
B: Type III pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7569
ポリマ－61,4922
非ポリマー1,2647
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area19770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.210, 72.750, 154.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Type III pantothenate kinase / PanK-III / Pantothenic acid kinase


分子量: 30745.955 Da / 分子数: 2 / 断片: BuceA.17924.a.ER1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (strain ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610) (バクテリア)
株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610
遺伝子: coaX, BceJ2315_06870, BCAL0693 / プラスミド: BuceA.17924.a.ER1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4E9P3, pantothenate kinase

-
非ポリマー , 5種, 229分子

#2: 化合物 ChemComp-2PN / IMIDODIPHOSPHORIC ACID / イミドジホスファ-ト


分子量: 176.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H5NO6P2
#3: 化合物 ChemComp-PAU / PANTOTHENOIC ACID / N-[(2R)-2,4-DIHYDROXY-3,3-DIMETHYLBUTANOYL]-BETA-ALANINE / パントテン酸


タイプ: peptide-like / 分子量: 219.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17NO5
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.3 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: BuceA.17924.a.ER1.PD00352 at 10.1 mg/ml incubated with 3 mM MgCl2, pantothenate, AMPPNP, then mixed 1:1 with MCSG2(a11): 20% PEG-3350, 0.2 M Lithium Chloride, cryoprotected with 20% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月2日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1999→50 Å / Num. obs: 25825 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 19.53 Å2 / Rmerge F obs: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rrim(I) all: 0.165 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 8.69 / Num. measured all: 85516
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.2-2.263.30.6610.5492.546275187818710.65799.6
2.26-2.320.7290.4632.866127184718390.55599.6
2.32-2.390.8130.423.235926178417770.50399.6
2.39-2.460.8250.3693.575852176017500.44299.4
2.46-2.540.8320.3344.035581167916700.40199.5
2.54-2.630.8850.2994.365486165916490.35899.4
2.63-2.730.9070.2475.235268158415790.29699.7
2.73-2.840.9290.2175.985101153915320.2699.5
2.84-2.970.950.1787.084904147514660.21399.4
2.97-3.110.9570.1568.064606139413870.18799.5
3.11-3.280.9850.1189.744481136313550.14199.4
3.28-3.480.9850.111.554200127612570.11998.5
3.48-3.720.990.08113.983954120711950.09699
3.72-4.020.9920.06715.853684113111150.0898.6
4.02-4.40.9940.05519.023372104110200.06598
4.4-4.920.9960.0519.8530899649400.0697.5
4.92-5.680.9950.05418.3526688478260.06497.5
5.68-6.960.9950.05816.9722397206980.0796.9
6.96-9.840.9980.03923.8717785875640.04796.1
9.84-500.9980.03226.379253703350.03990.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.66 Å44.21 Å
Translation4.66 Å44.21 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
ARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2O5F

2o5f


解像度: 2.1999→19.698 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2279 1307 5.08 %
Rwork0.1878 24433 -
obs0.1899 25740 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.67 Å2 / Biso mean: 23.6565 Å2 / Biso min: 3.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1999→19.698 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3702 0 79 222 4003
Biso mean--38.11 24.86 -
残基数----509
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023898
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6655348
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027618
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002687
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5981334
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1999-2.28780.28751430.241426672810100
2.2878-2.39180.28541400.230226732813100
2.3918-2.51760.25231390.224927042843100
2.5176-2.6750.30581350.221127032838100
2.675-2.8810.24981530.21326812834100
2.881-3.16980.24211400.1932749288999
3.1698-3.6260.20521330.17742724285799
3.626-4.5590.19021530.14572726287998
4.559-19.69890.18521710.15822806297797
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.06560.4251.21152.65460.5011.7181-0.30320.09140.5053-0.12890.0127-0.008-0.40850.09530.10850.1738-0.04-0.02350.1909-0.0650.301918.338432.015936.3843
20.9147-0.05470.06220.47930.13440.6457-0.02720.01750.0141-0.01290.00220.02220.03080.050.02310.0718-0.00720.00170.0916-0.00140.08636.97218.623130.165
32.1297-0.88371.14441.10580.39744.20020.0360.07890.4224-0.238-0.0516-0.0707-0.41070.04710.02450.14230.03380.03620.09770.01620.2062-4.179124.077130.1425
46.50260.23531.80935.43831.7651.5472-0.2306-0.63560.22690.3543-0.05660.1023-0.0126-0.54190.23780.10980.02990.01480.1751-0.030.194210.973726.02245.0279
56.01583.98570.90566.24540.67011.6642-0.06320.2312-0.45970.0525-0.35130.57350.4994-0.55840.3640.28970.01720.04530.3418-0.12850.39063.374-6.1415-3.0476
63.4639-0.5157-0.12171.45910.81865.3055-0.0370.0811-0.7636-0.18620.1533-0.31440.78120.3328-0.15980.36380.01630.04160.2425-0.04730.371211.5184-9.3216-1.3466
70.32050.4610.16590.9945-0.30630.99740.09940.321-0.3323-0.3545-0.1065-0.22210.13850.136-0.020.25260.05330.06940.2671-0.08970.193210.4732-0.4421-8.4645
81.57330.17341.50611.22830.35552.8026-0.00240.1516-0.0498-0.2231-0.02430.09130.1045-0.06730.01210.11830.01280.00260.1812-0.03230.1077-3.61428.38335.4112
91.05970.63730.24783.59260.57052.70060.08620.1465-0.4441-0.0663-0.0569-0.12570.1877-0.3045-0.0860.12050.0345-0.02730.12880.02950.21327.40782.299529.3036
103.3205-1.07772.45960.8409-0.83724.5379-0.15710.027-0.09620.00960.02950.0964-0.0923-0.41850.08730.1324-0.05440.03430.13770.01780.1391-5.54599.049920.6915
112.4982-0.247-1.00490.70851.46243.13710.16270.1778-0.24670.0511-0.0284-0.08910.3634-0.455-0.15730.1815-0.0418-0.03580.15380.00250.2171-7.453-0.28319.0639
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 51 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 52 through 216 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 217 through 245 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 246 through 257 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 4 through 25 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 26 through 51 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 52 through 87 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 88 through 161 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 162 through 188 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 189 through 216 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 217 through 257 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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