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万見
- PDB-5b81: Solution NMR structure of a 16-mer DNA duplex containing quadrupl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b81
タイトルSolution NMR structure of a 16-mer DNA duplex containing quadruple GC mismatches showing staggered base pairing, and consequent rescue of canonical double helical characteristics
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA / Mismatch / MutS alpha / B-DNA / Watson-Crick base pairing
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者De, M. / Chatterjee, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of BiotechnologyBT/PR3106/INF/22/138/2011 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution NMR structure of a 16-mer DNA duplex containing quadruple GC mismatches showing staggered base pairing, and consequent rescue of canonical double helical characteristics
著者: De, M. / Chatterjee, S.
履歴
登録2016年6月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_prerelease_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8002
ポリマ－9,8002
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1570 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area6180 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 4900.167 Da / 分子数: 1
変異: None. Mismatches (transversion mutations) present in strand 2
由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*C)-3')


分子量: 4900.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
221isotropic22D 1H-1H NOESY
131isotropic12D 1H-1H TOCSY
241isotropic22D DQF-COSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1350 uM Unlabelled Mismatched DNA, 95% H2O/5% D2ODNA samples suspended in a buffer solution of pH 7.2, containing 20mM sodium phosphate buffer (pH 7.0) and 50mM sodium chloride. pH was raised by sodium hydroxide. DNA duplexes annealed by heating to 95 degree Celcius and gradual cooling to room temperature (25 degree Celcius). 2 microlitre trimethylsilyl propanoic acid was used as internal chemical shift reference.Unlabelled. 1H.95% H2O/5% D2O
solution2350 uM Unlabelled Mismatch DNA, 100% D2ODNA samples suspended in a buffer solution of pH 7.2, containing 20mM sodium phosphate buffer (pH 7.0) and 50mM sodium chloride. pH was raised by sodium hydroxide. DNA duplexes annealed by heating to 95 degree Celcius and gradual cooling to room temperature (25 degree Celcius). 2 microlitre trimethylsilyl propanoic acid was used as internal chemical shift reference.Unlabelled. 1H100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
350 uMMismatched DNAUnlabelled1
350 uMMismatch DNAUnlabelled2
試料状態

イオン強度: 50, sodium, chloride mM / Ionic strength err: 0.5 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 288 K / Temperature err: 0.01

Conditions-ID詳細LabelpH
1Condition for sample prepared in water.Condition_17.2
2Condition for sample prepared in D2O.Condition_27.2 pD

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
Sparky3.114Goddardchemical shift assignment
Sparky3.114Goddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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