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- PDB-5b7z: Crystal Structure of Hyperthermophilic Thermotoga maritima L-Keto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b7z
タイトルCrystal Structure of Hyperthermophilic Thermotoga maritima L-Ketose-3-Epimerase with Ni2+
要素Uncharacterized protein TM_0416
キーワードISOMERASE / epimerase / Ni2+ / hyperthermophilic / eubacterium
機能・相同性
機能・相同性情報


異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; アルドース - ケトースの相互変換 / 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; 炭水化物およびその類縁体に作用 / inositol metabolic process / isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PG / NICKEL (II) ION / 5-keto-L-gluconate epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Cao, T.P. / Shin, S.M. / Lee, D.W. / Lee, S.H.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation2013R1A1A2057465 韓国
National Research Foundation2014R1A2A2A01006765 韓国
引用ジャーナル: Appl. Environ. Microbiol. / 年: 2017
タイトル: TM0416, a Hyperthermophilic Promiscuous Nonphosphorylated Sugar Isomerase, Catalyzes Various C5and C6Epimerization Reactions
著者: Shin, S.M. / Cao, T.P. / Choi, J.M. / Kim, S.B. / Lee, S.J. / Lee, S.H. / Lee, D.W.
履歴
登録2016年6月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32023年11月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein TM_0416
B: Uncharacterized protein TM_0416
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,07213
ポリマ－65,3552
非ポリマー1,71711
水12,070670
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area22460 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)50.225, 55.220, 58.693
Angle α, β, γ (deg.)107.16, 102.23, 92.35
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein TM_0416 / L-Ketose-3-Epimerase


分子量: 32677.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM_0416 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9WYP7
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物
ChemComp-1PG / 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘキサデカン-1-オ-ル


分子量: 252.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 670 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 100mM MES, 5%(w/w) PEG1000, 20%(v/v) PEG200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月3日
放射モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 90302 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 13.27
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.13 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000data processing
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B7Y

5b7y


解像度: 1.5→41.513 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 20.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1972 4399 5.07 %
Rwork0.1722 --
obs0.1735 86681 91.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→41.513 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4264 0 105 670 5039
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074449
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1125968
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1571687
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046668
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005756
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4973-1.51430.2817880.21931635X-RAY DIFFRACTION56
1.5143-1.53210.2373900.22091999X-RAY DIFFRACTION66
1.5321-1.55080.29241150.21232153X-RAY DIFFRACTION72
1.5508-1.57040.24921520.20872399X-RAY DIFFRACTION80
1.5704-1.59110.23841230.21152552X-RAY DIFFRACTION85
1.5911-1.61290.27041610.2072655X-RAY DIFFRACTION91
1.6129-1.63590.26741520.20192803X-RAY DIFFRACTION93
1.6359-1.66030.24971520.19662834X-RAY DIFFRACTION95
1.6603-1.68630.19761380.18812820X-RAY DIFFRACTION95
1.6863-1.71390.18721440.18432876X-RAY DIFFRACTION96
1.7139-1.74350.23041590.17542843X-RAY DIFFRACTION96
1.7435-1.77520.22861620.18262873X-RAY DIFFRACTION96
1.7752-1.80930.19621280.17792883X-RAY DIFFRACTION96
1.8093-1.84630.22551590.17772851X-RAY DIFFRACTION96
1.8463-1.88640.221560.17462884X-RAY DIFFRACTION96
1.8864-1.93030.17681560.17392862X-RAY DIFFRACTION96
1.9303-1.97860.20481320.17192881X-RAY DIFFRACTION96
1.9786-2.0320.2041560.17222877X-RAY DIFFRACTION97
2.032-2.09180.20581530.16832880X-RAY DIFFRACTION97
2.0918-2.15940.18821580.16712867X-RAY DIFFRACTION97
2.1594-2.23650.19011570.16442896X-RAY DIFFRACTION97
2.2365-2.32610.19231670.16552903X-RAY DIFFRACTION98
2.3261-2.43190.22191470.1682932X-RAY DIFFRACTION97
2.4319-2.56010.18531500.17212896X-RAY DIFFRACTION98
2.5601-2.72050.19051530.16952924X-RAY DIFFRACTION98
2.7205-2.93050.19521660.16742939X-RAY DIFFRACTION98
2.9305-3.22530.18461590.16962876X-RAY DIFFRACTION97
3.2253-3.69170.17821660.15712854X-RAY DIFFRACTION96
3.6917-4.65020.15871470.15332737X-RAY DIFFRACTION92
4.6502-41.52860.18191530.17462898X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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