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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5b7q | ||||||
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タイトル | Structures and functional analysis of periplasmic 5-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase from Aeromonas hydrophila | ||||||
![]() | MTA/SAH nucleosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Aeromonas hydrophila / MtaN-1 / MtaN-2 / SAH / MTA / 5-DAO | ||||||
機能・相同性 | ![]() methylthioadenosine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / nucleoside metabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xu, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Functional Analyses of Periplasmic 5'-Methylthioadenosine/S-Adenosylhomocysteine Nucleosidase from Aeromonas hydrophila. 著者: Xu, Y. / Wang, L. / Chen, J. / Zhao, J. / Fan, S. / Dong, Y. / Ha, N.C. / Quan, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 205.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 165.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27235.615 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 6-254 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 7966 / DSM 30187 / JCM 1027 / KCTC 2358 / NCIMB 9240 遺伝子: mtnN-1, AHA_0953 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0KGU9, methylthioadenosine nucleosidase, adenosylhomocysteine nucleosidase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.06 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.6 詳細: 6% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.1 M sodium acetate trihydrate (pH 4.6) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.903 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.49→24.25 Å / Num. obs: 115439 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.7 % / Net I/σ(I): 19.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.493→24.25 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 15.81
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.493→24.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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