PDB-5b7q: Structures and functional analysis of periplasmic 5-methylthioade...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5b7q

タイトル

Structures and functional analysis of periplasmic 5-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase from Aeromonas hydrophila

要素

MTA/SAH nucleosidase

キーワード

HYDROLASE / Aeromonas hydrophila / MtaN-1 / MtaN-2 / SAH / MTA / 5-DAO

機能・相同性

機能・相同性情報

methylthioadenosine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / nucleoside metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeromonas hydrophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.493 Å

データ登録者

Xu, Y.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Structural and Functional Analyses of Periplasmic 5'-Methylthioadenosine/S-Adenosylhomocysteine Nucleosidase from Aeromonas hydrophila.
著者: Xu, Y. / Wang, L. / Chen, J. / Zhao, J. / Fan, S. / Dong, Y. / Ha, N.C. / Quan, C.

履歴

登録	2016年6月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5b7q.cif.gz	205.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5b7q.ent.gz	165.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5b7q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/5b7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/5b7q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5b7gC 5b7nC 5b7pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5b7g-d 5b7n-d 5b7p-d 4cg9-d 6yut-1 2vt0-2 3nm5-d 6dyv-2 5xu6-2 6k2q-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MTA/SAH nucleosidase

B: MTA/SAH nucleosidase

ヘテロ分子

55 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.129, 103.129, 119.002
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	MTA/SAH nucleosidase 分子量: 27235.615 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 6-254 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア) 株: ATCC 7966 / DSM 30187 / JCM 1027 / KCTC 2358 / NCIMB 9240 遺伝子: mtnN-1, AHA_0953 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0KGU9, methylthioadenosine nucleosidase, adenosylhomocysteine nucleosidase
#2: 化合物	ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン分子量: 251.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₃ 参照: methylthioadenosine nucleosidase, adenosylhomocysteine nucleosidase
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 711 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.06 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.6 詳細: 6% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.1 M sodium acetate trihydrate (pH 4.6)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.903 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.903 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→24.25 Å / Num. obs: 115439 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.7 % / Net I/σ(I): 19.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-2000		data processing
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 1.493→24.25 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 15.81

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1768	5771	5 %
R_work	0.1531	-	-
obs	0.1543	115439	97.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.493→24.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3865	0	0	711	4576

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3953
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.268	5383
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.949	1397
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	601
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	701

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4932-1.5101	0.304	119	0.2546	2531	X-RAY DIFFRACTION	68
1.5101-1.5279	0.2758	170	0.2532	3067	X-RAY DIFFRACTION	82
1.5279-1.5465	0.2901	180	0.264	3298	X-RAY DIFFRACTION	89
1.5465-1.5661	0.2784	206	0.2526	3508	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5661-1.5867	0.2724	181	0.2494	3570	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5867-1.6084	0.2567	199	0.2388	3650	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6084-1.6314	0.2554	167	0.2272	3653	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6314-1.6558	0.2339	175	0.2224	3677	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6558-1.6816	0.2142	215	0.212	3668	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6816-1.7092	0.2213	182	0.2078	3731	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7092-1.7387	0.224	205	0.1891	3674	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7387-1.7703	0.2016	169	0.186	3771	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7703-1.8043	0.2193	208	0.1823	3739	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8043-1.8411	0.2066	190	0.1802	3706	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8411-1.8811	0.2048	181	0.1669	3738	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8811-1.9249	0.1845	207	0.1555	3705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9249-1.973	0.1652	182	0.15	3767	X-RAY DIFFRACTION	100
1.973-2.0263	0.1719	181	0.1417	3755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0263-2.0859	0.1804	173	0.1356	3757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0859-2.1532	0.1572	208	0.1312	3751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1532-2.2301	0.1539	210	0.1229	3728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2301-2.3193	0.1607	207	0.128	3737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3193-2.4248	0.144	220	0.1153	3749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4248-2.5525	0.1303	207	0.1223	3763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5525-2.7122	0.1514	203	0.1248	3779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7122-2.9213	0.1502	200	0.13	3763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9213-3.2147	0.1425	202	0.1255	3794	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2147-3.6785	0.1677	207	0.126	3813	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6785-4.6292	0.1284	209	0.1178	3841	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6292-24.2542	0.1797	208	0.1633	3985	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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