PDB-5b7p: Structures and functional analysis of periplasmic 5-methylthioade...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5b7p

タイトル

Structures and functional analysis of periplasmic 5-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase from Aeromonas hydrophila

要素

MTA/SAH nucleosidase

キーワード

HYDROLASE / Aeromonas hydrophila / MtaN-1 / MtaN-2 / SAH / MTA / 5-DAO

機能・相同性

機能・相同性情報

methylthioadenosine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / nucleoside metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeromonas hydrophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Xu, Y.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Structural and Functional Analyses of Periplasmic 5'-Methylthioadenosine/S-Adenosylhomocysteine Nucleosidase from Aeromonas hydrophila.
著者: Xu, Y. / Wang, L. / Chen, J. / Zhao, J. / Fan, S. / Dong, Y. / Ha, N.C. / Quan, C.

履歴

登録	2016年6月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5b7p.cif.gz	205.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5b7p.ent.gz	165.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5b7p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5b7p_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5b7p_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5b7p_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	5b7p_validation.cif.gz	42.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/5b7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/5b7p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5b7gC 5b7nC 5b7qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5b7n-d 6ayt-2 5b7q-d 6ytp-2 2yg7-2 7bwb-d 2pgs-d 2nsx-4 3fko-d 5dbu-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MTA/SAH nucleosidase

B: MTA/SAH nucleosidase

ヘテロ分子

55.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.725, 102.725, 118.653
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-709- HOH

#1: タンパク質	MTA/SAH nucleosidase 分子量: 27235.615 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 6-254 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア) 株: ATCC 7966 / DSM 30187 / JCM 1027 / KCTC 2358 / NCIMB 9240 遺伝子: mtnN-1, AHA_0953 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0KGU9, methylthioadenosine nucleosidase, adenosylhomocysteine nucleosidase
#2: 化合物	ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン分子量: 297.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₁H₁₅N₅O₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 759 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.55 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.6 詳細: 6% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.1 M sodium acetate trihydrate (pH 4.6)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.903 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.903 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→24.16 Å / Num. obs: 117632 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 16.8 % / Net I/σ(I): 37.59

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-2000		data processing
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 1.49→24.157 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 12.57

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1555	5896	5.01 %
R_work	0.134	-	-
obs	0.1351	117632	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→24.157 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3857	0	0	759	4616

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3943
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.268	5365
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.707	1389
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	599
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	697

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4901-1.5071	0.214	153	0.1641	3377	X-RAY DIFFRACTION	90
1.5071-1.5248	0.1886	214	0.1523	3657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5248-1.5434	0.1748	189	0.1487	3719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5434-1.5629	0.1704	214	0.1433	3678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5629-1.5835	0.1645	170	0.137	3750	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5835-1.6052	0.1683	215	0.1347	3700	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6052-1.6281	0.1364	172	0.1342	3695	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6281-1.6524	0.1478	208	0.132	3706	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6524-1.6782	0.151	193	0.1304	3727	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6782-1.7057	0.1298	196	0.1272	3712	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7057-1.7351	0.1365	183	0.1247	3696	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7351-1.7667	0.1616	200	0.1294	3719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7667-1.8006	0.1669	196	0.1302	3710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8006-1.8374	0.1406	205	0.1285	3676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8374-1.8773	0.1472	177	0.1275	3759	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8773-1.921	0.1433	179	0.1252	3728	X-RAY DIFFRACTION	100
1.921-1.969	0.1491	204	0.1268	3700	X-RAY DIFFRACTION	100
1.969-2.0222	0.1491	208	0.1251	3718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0222-2.0817	0.1415	189	0.127	3756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0817-2.1488	0.1477	167	0.1234	3770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1488-2.2256	0.1447	228	0.1237	3699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2256-2.3146	0.1363	216	0.1199	3719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3146-2.4199	0.1376	175	0.1229	3776	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4199-2.5473	0.1412	198	0.1312	3720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5473-2.7067	0.1801	206	0.1286	3789	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7067-2.9154	0.1672	219	0.1385	3727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9154-3.2081	0.1669	196	0.1373	3792	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2081-3.671	0.1496	212	0.1359	3798	X-RAY DIFFRACTION	100
3.671-4.6197	0.1406	208	0.1251	3818	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6197-24.1601	0.194	206	0.1731	3945	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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