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万見
- PDB-5b6k: Crystal structure of Ketoreductase 1 from Candida glabrata -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b6k
タイトルCrystal structure of Ketoreductase 1 from Candida glabrata
要素Uncharacterized protein CgKR1
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ketoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Epimerase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Candida glabrata (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.701 Å
データ登録者Qin, B. / Mori, T. / Abe, I. / You, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Engineering of Candida glabrata Ketoreductase 1 for Asymmetric Reduction of alpha-Halo Ketones
著者: Qin, F. / Qin, B. / Mori, T. / Wang, Y. / Meng, L. / Zhang, X. / Jia, X. / Abe, I. / You, S.
履歴
登録2016年5月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein CgKR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8522
ポリマ－40,7561
非ポリマー961
水6,341352
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area14890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.620, 61.620, 189.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein CgKR1


分子量: 40755.969 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 8-352 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida glabrata (strain ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65) (菌類)
株: ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65 / 遺伝子: GRE2(A), CAGL0E05170g / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q6FV31
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100mM sodium citrate buffer (pH 5.5), 1995mM (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月26日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 44487 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.58 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 25.32
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 7.37 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 5.23 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.701→35.473 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1905 2225 5 %
Rwork0.1678 --
obs0.169 44485 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.701→35.473 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2643 0 5 352 3000
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072701
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8393654
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.735987
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056415
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005467
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7006-1.73750.24371390.22332627X-RAY DIFFRACTION100
1.7375-1.7780.25811380.20842634X-RAY DIFFRACTION100
1.778-1.82240.24971390.19352642X-RAY DIFFRACTION100
1.8224-1.87170.21951410.182668X-RAY DIFFRACTION100
1.8717-1.92680.17921380.17442634X-RAY DIFFRACTION100
1.9268-1.9890.22171410.18192671X-RAY DIFFRACTION100
1.989-2.060.22561380.17782629X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.14250.1761390.17572635X-RAY DIFFRACTION100
2.1425-2.240.19121380.16742628X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.35810.1981410.16862677X-RAY DIFFRACTION100
2.3581-2.50580.21621380.17022618X-RAY DIFFRACTION100
2.5058-2.69920.18221400.17712652X-RAY DIFFRACTION100
2.6992-2.97070.17011390.17882643X-RAY DIFFRACTION100
2.9707-3.40030.19851400.16282659X-RAY DIFFRACTION100
3.4003-4.28280.15621380.14242630X-RAY DIFFRACTION99
4.2828-35.48090.18591380.15822613X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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