PDB-5b6d: Crystal Structure of cytidine monophosphate hydroxymethylase MilA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5b6d

タイトル

Crystal Structure of cytidine monophosphate hydroxymethylase MilA with CMP

要素

CMP 5-hydroxymethylase

キーワード

TRANSFERASE / CMP hydroxymethylase

機能・相同性

Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / methyltransferase activity / methylation / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP 5-hydroxymethylase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces rimofaciens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Gong, Z. / Wu, G. / He, X.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural basis of the substrate preference towards CMP for a thymidylate synthase MilA involved in mildiomycin biosynthesis
著者: Zhao, G. / Chen, C. / Xiong, W. / Gao, T. / Deng, Z. / Wu, G. / He, X.

履歴

登録	2016年5月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5b6d.ent.gz	219.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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CIF形式データ	5b6d_validation.cif.gz	43.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/5b6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/5b6d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5b6eC 5jnhSC 5jp9C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jnh-d 5jp9-d 5j5a-2 4eg8-2 4mvx-2 4zt2-2 4zt3-2 4mwc-2 3g1z-d 3a5y-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CMP 5-hydroxymethylase

B: CMP 5-hydroxymethylase

ヘテロ分子

73.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.601, 109.601, 113.432
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-771- HOH
2	1	B-731- HOH

#1: タンパク質	CMP 5-hydroxymethylase / cytidine monophosphate hydroxymethylase 分子量: 36528.031 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 5-329 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces rimofaciens (バクテリア) 遺伝子: milA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4Y380
#2: 化合物	ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP 分子量: 323.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₃O₈P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 547 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.31 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M sodium cacodylate trihydrate(pH 6.5), 1.4 M sodium acetate trihydrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.97912 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97912 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 91579 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 20.86 Å² / R_merge(I) obs: 0.132 / Net I/av σ(I): 13.553 / Net I/σ(I): 4.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.65-1.71	6.9	0.885	1	100
1.71-1.78	6.7	0.649	1	100
1.78-1.86	6.7	0.459	1	100
1.86-1.96	6	0.351	1	94.2
1.96-2.08	6.9	0.238	1	100
2.08-2.24	6.5	0.192	1	93.9
2.24-2.46	6.9	0.154	1	85.5
2.46-2.82	6.7	0.134	1	100
2.82-3.55	7	0.114	1	100
3.55-50	6.3	0.094	1	92.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5JNH

5jnh

解像度: 1.65→47.459 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.61

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1935	4588	5.01 %
R_work	0.1714	-	-
obs	0.1726	91516	96.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.17 Å² / B_iso mean: 24.5545 Å² / B_iso min: 10.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→47.459 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5061	0	42	547	5650
B_iso mean	-	-	18.61	35.37	-
残基数	-	-	-	-	633

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5254
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.811	7157
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	753
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	941
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.453	3044

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.6688	0.3071	168	0.2644	2932	3100	100
1.6688-1.6884	0.2945	160	0.2458	2991	3151	100
1.6884-1.709	0.273	160	0.2365	2964	3124	100
1.709-1.7306	0.2808	140	0.2225	2968	3108	100
1.7306-1.7534	0.263	151	0.2138	2992	3143	100
1.7534-1.7774	0.2332	134	0.1976	2996	3130	100
1.7774-1.8028	0.2466	150	0.1956	2996	3146	100
1.8028-1.8297	0.1998	145	0.1774	3005	3150	100
1.8297-1.8583	0.2209	169	0.1811	2969	3138	100
1.8583-1.8888	0.248	164	0.179	2968	3132	100
1.8888-1.9214	0.4324	124	0.37	2553	2677	85
1.9214-1.9563	0.2196	162	0.215	2883	3045	97
1.9563-1.9939	0.1916	135	0.1709	2987	3122	100
1.9939-2.0346	0.1959	133	0.157	3008	3141	100
2.0346-2.0789	0.1945	168	0.1608	2965	3133	100
2.0789-2.1272	0.1719	162	0.1603	3000	3162	100
2.1272-2.1804	0.193	155	0.1628	2987	3142	100
2.1804-2.2394	0.1826	159	0.1595	2402	2561	82
2.2394-2.3053	0.2001	93	0.1664	1683	1776	57
2.3053-2.3797	0.204	164	0.1605	3005	3169	100
2.3797-2.4647	0.1792	163	0.1576	3000	3163	100
2.4647-2.5634	0.1927	161	0.1613	2975	3136	100
2.5634-2.6801	0.1874	188	0.1612	2985	3173	100
2.6801-2.8213	0.1763	154	0.1741	3018	3172	100
2.8213-2.9981	0.2154	177	0.1714	2996	3173	100
2.9981-3.2295	0.1885	160	0.1698	3046	3206	100
3.2295-3.5544	0.1649	161	0.1613	3021	3182	100
3.5544-4.0685	0.168	129	0.152	2326	2455	76
4.0685-5.1249	0.1493	155	0.1356	3095	3250	100
5.1249-47.4782	0.1762	144	0.1752	3212	3356	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5696	-0.3574	0.1566	0.6215	0.008	0.6283	0.0425	0.0995	-0.0505	-0.0741	-0.0329	0.0414	-0.0179	-0.0174	0	0.159	-0.0117	-0.0064	0.1441	-0.0077	0.1243	-17.29	62.3161	118.7462
2	0.1639	-0.0359	-0.1415	0.2674	-0.0298	0.3103	-0.0963	-0.1264	0.0136	0.1075	0.13	0.1447	-0.0365	-0.026	-0	0.1901	0.0117	0.0048	0.1492	0.005	0.1899	-22.9183	70.2184	137.5918
3	0.2278	-0.042	0.1737	0.2983	0.3021	0.4808	0.0979	-0.1891	0.0183	0.0331	-0.0036	-0.0402	-0.0053	0.0781	0	0.1727	-0.0176	-0.0063	0.1644	-0.013	0.1504	-1.8049	68.0399	138.0375
4	0.0586	-0.051	0.1163	0.6654	0.0006	0.2287	0.0399	-0.0214	0.0306	0.0063	0.0058	0.0686	-0.0232	0.0224	0	0.1404	-0.0195	0.0061	0.153	0.0035	0.1172	-7.0718	60.2107	130.9214
5	0.3336	-0.3258	0.179	0.255	-0.0592	0.2395	0.0195	-0.0029	-0.0223	-0.1206	-0.0324	0.0535	-0.0438	-0.0335	-0	0.1506	-0.0152	-0.0087	0.1206	-0.0028	0.1205	-13.5596	65.1503	121.1058
6	0.3834	-0.5412	-0.0768	0.7273	0.0714	0.364	-0.0353	0.0294	0.1457	0.0098	0.0157	-0.0602	-0.0808	0.0057	0	0.2338	-0.0158	-0.0102	0.1077	0.0175	0.1936	-15.3038	86.2603	127.7321
7	0.1059	0.197	0.0893	0.4366	-0.1657	0.3961	0.1035	0.1262	0.2503	-0.2324	-0.0252	0.2044	-0.2521	-0.2025	-0.0001	0.2721	0.0287	-0.0293	0.184	0.021	0.239	-25.5108	84.5286	117.8654
8	0.2526	-0.2837	-0.1972	0.8542	-0.431	0.4704	-0.0005	0.0037	-0.0789	-0.1392	-0.0205	-0.0761	0.0899	0.0982	-0	0.1947	-0.0048	0.0061	0.1642	-0.0172	0.1247	6.451	43.3285	123.1022
9	0.1282	-0.1877	-0.1553	0.848	0.0342	0.3486	-0.1262	-0.135	0.0299	0.1848	0.134	-0.0498	0.0248	0.0639	0	0.1973	0.0281	0.0017	0.1761	0.02	0.1558	1.6976	44.9507	143.358
10	0.3538	-0.6116	-0.0799	0.9249	-0.035	0.2642	0.009	-0.1785	-0.0963	0.0843	0.0234	-0.0129	0.0312	0.0167	-0	0.1614	-0.0125	-0.0044	0.1739	0.002	0.1443	-4.8343	52.2595	135.966
11	0.4173	-0.3162	-0.0538	0.7239	0.0145	0.2627	0.0031	-0.025	-0.037	-0.1749	-0.0117	0.0239	0.0888	0.088	0.0001	0.1769	0.0104	-0.0008	0.1416	-0.0019	0.1301	1.7047	42.6447	126.4927
12	0.9987	-0.318	0.1241	1.004	-0.0746	0.3798	-0.0823	-0.2735	-0.4475	0.0709	0.1254	0.1625	0.0723	-0.0796	0	0.2284	0.027	0.0491	0.1883	0.0748	0.2883	2.2963	25.1845	141.997
13	0.2483	-0.0914	-0.063	0.4924	-0.0989	0.3015	-0.0613	-0.0168	-0.2502	-0.0115	0.0514	-0.0215	0.148	0.0778	-0	0.2298	0.0379	0.0272	0.1505	0.0137	0.2366	12.1483	23.5155	134.1108

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 74 )	A	5 - 74
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 75 through 103 )	A	75 - 103
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 104 through 128 )	A	104 - 128
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 129 through 181 )	A	129 - 181
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 182 through 230 )	A	182 - 230
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 231 through 299 )	A	231 - 299
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 300 through 329 )	A	300 - 329
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 5 through 74 )	B	5 - 74
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 75 through 128 )	B	75 - 128
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 129 through 164 )	B	129 - 164
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 165 through 230 )	B	165 - 230
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 231 through 282 )	B	231 - 282
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 283 through 329 )	B	283 - 329

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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