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- PDB-5b5m: Crystal structure of the Sr-substituted LH1-RC complex from Tch. ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b5m
タイトルCrystal structure of the Sr-substituted LH1-RC complex from Tch. tepidum
要素
  • (Photosynthetic reaction center ...) x 4
  • LH1 alpha polypeptide
  • LH1 beta polypeptide
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Bacterial photosynthesis / Light-harvesting complex
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / photosynthesis / endomembrane system / electron transfer activity ...organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / photosynthesis / endomembrane system / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit ...Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Multiheme cytochrome c family profile. / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Multiheme cytochrome superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / SPIRILLOXANTHIN / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / MENAQUINONE 8 / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-PGW / PHOSPHATE ION / STRONTIUM ION ...BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / SPIRILLOXANTHIN / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / MENAQUINONE 8 / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-PGW / PHOSPHATE ION / STRONTIUM ION / Ubiquinone-8 / Reaction center protein M chain / LH1 beta polypeptide / LH1 alpha polypeptide / Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / Photosynthetic reaction center H subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wang-Otomo, Z.-Y. / Yu, L.-J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for the Unusual Qy Red-Shift and Enhanced Thermostability of the LH1 Complex from Thermochromatium tepidum.
著者: Yu, L.J. / Kawakami, T. / Kimura, Y. / Wang-Otomo, Z.Y.
履歴
登録2016年5月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32024年3月20日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_nat

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
L: Photosynthetic reaction center L subunit
M: Photosynthetic reaction center M subunit
H: Photosynthetic reaction center H subunit
A: LH1 alpha polypeptide
B: LH1 beta polypeptide
D: LH1 alpha polypeptide
E: LH1 beta polypeptide
F: LH1 alpha polypeptide
G: LH1 beta polypeptide
I: LH1 alpha polypeptide
J: LH1 beta polypeptide
K: LH1 alpha polypeptide
N: LH1 beta polypeptide
O: LH1 alpha polypeptide
P: LH1 beta polypeptide
Q: LH1 alpha polypeptide
R: LH1 beta polypeptide
S: LH1 alpha polypeptide
T: LH1 beta polypeptide
U: LH1 alpha polypeptide
V: LH1 beta polypeptide
W: LH1 alpha polypeptide
X: LH1 beta polypeptide
Y: LH1 alpha polypeptide
Z: LH1 beta polypeptide
1: LH1 alpha polypeptide
2: LH1 beta polypeptide
3: LH1 alpha polypeptide
4: LH1 beta polypeptide
5: LH1 alpha polypeptide
6: LH1 beta polypeptide
7: LH1 alpha polypeptide
8: LH1 beta polypeptide
9: LH1 alpha polypeptide
0: LH1 beta polypeptide
o: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
x: Photosynthetic reaction center L subunit
y: Photosynthetic reaction center M subunit
t: Photosynthetic reaction center H subunit
m: LH1 alpha polypeptide
n: LH1 beta polypeptide
p: LH1 alpha polypeptide
q: LH1 beta polypeptide
r: LH1 alpha polypeptide
s: LH1 beta polypeptide
u: LH1 alpha polypeptide
v: LH1 beta polypeptide
w: LH1 alpha polypeptide
z: LH1 beta polypeptide
AA: LH1 alpha polypeptide
AB: LH1 beta polypeptide
AC: LH1 alpha polypeptide
AD: LH1 beta polypeptide
AE: LH1 alpha polypeptide
AF: LH1 beta polypeptide
AG: LH1 alpha polypeptide
AH: LH1 beta polypeptide
AI: LH1 alpha polypeptide
AJ: LH1 beta polypeptide
AK: LH1 alpha polypeptide
AL: LH1 beta polypeptide
d: LH1 alpha polypeptide
e: LH1 beta polypeptide
f: LH1 alpha polypeptide
g: LH1 beta polypeptide
h: LH1 alpha polypeptide
i: LH1 beta polypeptide
j: LH1 alpha polypeptide
k: LH1 beta polypeptide
l: LH1 alpha polypeptide
c: LH1 beta polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)780,577256
ポリマ－666,88672
非ポリマー113,691184
水1086
1
C: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
L: Photosynthetic reaction center L subunit
M: Photosynthetic reaction center M subunit
H: Photosynthetic reaction center H subunit
A: LH1 alpha polypeptide
B: LH1 beta polypeptide
D: LH1 alpha polypeptide
E: LH1 beta polypeptide
F: LH1 alpha polypeptide
G: LH1 beta polypeptide
I: LH1 alpha polypeptide
J: LH1 beta polypeptide
K: LH1 alpha polypeptide
N: LH1 beta polypeptide
O: LH1 alpha polypeptide
P: LH1 beta polypeptide
Q: LH1 alpha polypeptide
R: LH1 beta polypeptide
S: LH1 alpha polypeptide
T: LH1 beta polypeptide
U: LH1 alpha polypeptide
V: LH1 beta polypeptide
W: LH1 alpha polypeptide
X: LH1 beta polypeptide
Y: LH1 alpha polypeptide
Z: LH1 beta polypeptide
1: LH1 alpha polypeptide
2: LH1 beta polypeptide
3: LH1 alpha polypeptide
4: LH1 beta polypeptide
5: LH1 alpha polypeptide
6: LH1 beta polypeptide
7: LH1 alpha polypeptide
8: LH1 beta polypeptide
9: LH1 alpha polypeptide
0: LH1 beta polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)390,289128
ポリマ－333,44336
非ポリマー56,84692
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area211480 Å2
ΔGint-2386 kcal/mol
Surface area102440 Å2
手法PISA
2
o: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
x: Photosynthetic reaction center L subunit
y: Photosynthetic reaction center M subunit
t: Photosynthetic reaction center H subunit
m: LH1 alpha polypeptide
n: LH1 beta polypeptide
p: LH1 alpha polypeptide
q: LH1 beta polypeptide
r: LH1 alpha polypeptide
s: LH1 beta polypeptide
u: LH1 alpha polypeptide
v: LH1 beta polypeptide
w: LH1 alpha polypeptide
z: LH1 beta polypeptide
AA: LH1 alpha polypeptide
AB: LH1 beta polypeptide
AC: LH1 alpha polypeptide
AD: LH1 beta polypeptide
AE: LH1 alpha polypeptide
AF: LH1 beta polypeptide
AG: LH1 alpha polypeptide
AH: LH1 beta polypeptide
AI: LH1 alpha polypeptide
AJ: LH1 beta polypeptide
AK: LH1 alpha polypeptide
AL: LH1 beta polypeptide
d: LH1 alpha polypeptide
e: LH1 beta polypeptide
f: LH1 alpha polypeptide
g: LH1 beta polypeptide
h: LH1 alpha polypeptide
i: LH1 beta polypeptide
j: LH1 alpha polypeptide
k: LH1 beta polypeptide
l: LH1 alpha polypeptide
c: LH1 beta polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)390,289128
ポリマ－333,44336
非ポリマー56,84692
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area212550 Å2
ΔGint-2385 kcal/mol
Surface area102100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.888, 148.946, 210.226
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
Photosynthetic reaction center ... , 4種, 8分子 CoLxMyHt

#1: タンパク質 Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit


分子量: 36630.484 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-333 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: D2Z0P5
#2: タンパク質 Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 31520.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: D2Z0P3
#3: タンパク質 Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 35975.992 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-319 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: A8ASG6
#4: タンパク質 Photosynthetic reaction center H subunit


分子量: 28213.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: D2Z0P9

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 64分子 ADFIKOQSUWY13579mpruwAAACAEAGAIAKdfh...

#5: タンパク質 ...
LH1 alpha polypeptide


分子量: 7034.442 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: D2Z0P2
#6: タンパク質・ペプチド ...
LH1 beta polypeptide


分子量: 5534.452 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: D2Z0P1

-
非ポリマー , 12種, 190分子

#7: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: C34H32FeN4O4
#8: 化合物...
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#9: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#10: 化合物
ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C55H76N4O6
#11: 化合物 ChemComp-UQ8 / Ubiquinone-8 / 2,3-dimethoxy-5-methyl-6-[(6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30-oc taen-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione / ユビキノン8


分子量: 727.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C49H74O4
#12: 化合物
ChemComp-PEF / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 3-[AMINOETHYLPHOSPHORYL]-[1,2-DI-PALMITOYL]-SN-GLYCEROL / DPPE


分子量: 691.959 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: C37H74NO8P / コメント: リン脂質*YM
#13: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe
#14: 化合物 ChemComp-MQ8 / MENAQUINONE 8 / 2-METHYL-3-(3,7,11,15,19,23,27,31-OCTAMETHYL-DOTRIACONTA-2,6,10,14,18,22,26,30-OCTAENYL)-[1,4]NAPTHOQUINONE


分子量: 717.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C51H72O2
#15: 化合物...
ChemComp-CRT / SPIRILLOXANTHIN / RHODOVIOLASCIN


分子量: 596.925 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: C42H60O2
#16: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4
#17: 化合物 ChemComp-PGW / (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Palmitoyl-2-Oleoyl-sn-Glycero-3-[Phospho-(1-glycerol)] / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / POPG


分子量: 749.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#18: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3000, strontium chloride, decylphosphocholine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→48.182 Å / Num. obs: 142696 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WMM

3wmm


解像度: 3.3→48.182 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3093 7021 4.92 %
Rwork0.2713 --
obs0.2732 142691 98.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→48.182 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数44418 0 7457 6 51881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.03553919
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.26174475
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.23418873
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1597670
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0128810
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.33750.46042180.41684457X-RAY DIFFRACTION97
3.3375-3.37670.42592800.40464488X-RAY DIFFRACTION98
3.3767-3.41790.45142160.39314474X-RAY DIFFRACTION98
3.4179-3.46120.42162720.38534507X-RAY DIFFRACTION99
3.4612-3.50670.41182250.36244535X-RAY DIFFRACTION99
3.5067-3.55470.39422270.35724518X-RAY DIFFRACTION99
3.5547-3.60550.36812360.33864483X-RAY DIFFRACTION99
3.6055-3.65930.34492160.32474569X-RAY DIFFRACTION99
3.6593-3.71640.37892220.32284543X-RAY DIFFRACTION99
3.7164-3.77740.34582170.32074561X-RAY DIFFRACTION99
3.7774-3.84250.36082490.30524554X-RAY DIFFRACTION99
3.8425-3.91230.31532160.28914554X-RAY DIFFRACTION99
3.9123-3.98750.33582260.28014506X-RAY DIFFRACTION99
3.9875-4.06890.3162470.26454539X-RAY DIFFRACTION99
4.0689-4.15730.29222050.24844569X-RAY DIFFRACTION99
4.1573-4.25390.29172160.23784601X-RAY DIFFRACTION99
4.2539-4.36030.30782340.23564568X-RAY DIFFRACTION99
4.3603-4.47810.30072630.24484530X-RAY DIFFRACTION99
4.4781-4.60970.2732160.23274573X-RAY DIFFRACTION99
4.6097-4.75840.27762320.22614550X-RAY DIFFRACTION99
4.7584-4.92830.27132110.22024589X-RAY DIFFRACTION99
4.9283-5.12540.24222310.22094594X-RAY DIFFRACTION99
5.1254-5.35840.27152300.23094575X-RAY DIFFRACTION99
5.3584-5.64050.30652310.23254556X-RAY DIFFRACTION99
5.6405-5.99330.27742570.23394620X-RAY DIFFRACTION100
5.9933-6.4550.30792530.2384590X-RAY DIFFRACTION100
6.455-7.10280.29562550.24074601X-RAY DIFFRACTION99
7.1028-8.12630.2732400.24924574X-RAY DIFFRACTION99
8.1263-10.22220.25942810.23974522X-RAY DIFFRACTION98
10.2222-48.18740.33351990.31153770X-RAY DIFFRACTION79
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -106.4617 Å / Origin y: -13.4516 Å / Origin z: 448.4792 Å
111213212223313233
T0.4305 Å2-0.1822 Å2-0.3175 Å2-0.2349 Å2-0.0855 Å2--1.039 Å2
L1.4826 °20.0243 °2-2.4587 °2-0.4723 °2-0.0208 °2--6.334 °2
S0.0339 Å °-0.2166 Å °-0.0539 Å °0.0743 Å °-0.1089 Å °-0.017 Å °-0.0503 Å °0.238 Å °-0.0357 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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